在這期間，唐才常還在自己任主筆的《湘學報》和《湘報》上撰寫發表了許多論文，積極宣傳變法，並形成和發展了自己的改良思想體係。 他認為當時處在列強虎視眈眈下的中國，隻有趕緊變革，才可免於亡國。他從各國興衰史中吸取經驗教訓，寫了《最古各國政教興衰論》、《各國種類考》等文，總結出“尊新必盛，守舊必亡”的曆史教訓；同時又宣傳漢族是“神明之族，衣冠之胄”，隻要發奮改革，定能起衰為強。在當時中國麵臨亡國之禍、多次反抗均遭失敗的情況下，這些宣傳是有積極意義的。
同康有為等人一樣，唐才常還用進化論解釋自然界和人類曆史，認為地球從形成到萬物的產生、演變，人類從野番部落到“人世界，而多君，而一君”，都是“日新而不已”的過程。從曆史教訓和進化論出發，唐才常針對中國的內外形勢，進一步提出了各項變法主張。關於軍事，他繼續主張改革兵製、整頓武備，具體包括汰舊軍，編新軍；創設“韜略院”培養軍官；設立海軍統一指揮機構，配修船炮、工事，等等。
關於政治，他此時讚美資本主義的君主立憲製為“太平之公理，仁學之真銓”，要求政府“易官製以泰西為準，開國會以日本作則”，並痛斥秦代以來的封建專製為“孔教孽派”，千年“大癰”。在兩湖書院時，唐才常還以中國“風氣未齊，人心多惑”而反對“驟開議院”，而現在，他卻把目光投注到改革政治製度這個更為重要的問題上來了。他的腳步，是隨著時代潮流前進的。在社會改革方麵，唐才常提出禁止婦女纏足，禁止封建苛刑和封建迷信的“強種”三措施，把對人民疾苦的同情與變法的理想結合起來。此外，他繼續反對科舉製度。
以上是唐才常投身湖南維新運動期間的積極活動和思想，無論在廣度和深度上，他此時的變法思想都比前期有了發展，說明在參加維新運動的實踐中，他的改良思想體係最終形成並發展了。 但唐才常終究是個改良主義者，他對外國侵略者、清朝統治者和人民鬥爭的認識，一直存在十分嚴重的弱點和錯誤。他雖想通過變法救亡圖存，具有愛國思想；但同時又強調要與各國“開誠布公”，實行中外全麵的“通”、“融”，把中國人民的反帝活動視作“挾忿尋仇”之舉，大肆宣傳“今夫天之生人，無域無界，善承天者，必先融界域之見，始能治國平天下”。在世界已進入帝國主義時代後，古代那種老死不相往來的政策當然已要不得，唐才常的理論有打擊頑固派閉塞固執的一麵；但他不顧中國是半殖民地國家、中外關係是不平等的基本事實，不顧帝國主義的侵略本性，一味宣傳“融界域之見”，顯然是荒唐的。1898年春，正在列強掀起瓜分狂潮時，他還發表《論中國宜與英日聯盟》，主張“聯日以聯英”，主張與日本“無弗通”。並在《論興亞義會》中，提出“急聘”日本人來湘任各學堂的教習，將全省煤鐵、機器製造各業公諸日人等“長策”十條，這簡直要把湖南奉送給日本作殖民地了！同時，他還力主與白種人“通種”，當作黃種人存亡強弱的關鍵。
所有這些，都反映了唐才常對外國侵略者的幻想和政治上的軟弱，也一般地暴露了改良派思想上的矛盾：他們希望變法圖強，卻十分害怕帝國主義，不敢提出反帝要求，因而幻想用“開誠布公”和“通”、“融”達到與帝國主義妥協，甚至取得其對變法的幫助。當然，這些幻想的產生，也同某些帝國主義分子的拉攏、欺騙有一定的關係。
唐才常雖然痛斥了秦以來的封建專製統治，但不僅從未直接抨擊清朝的統治，而且還經常為清朝歌功頌德，諸如“本朝曆聖相承，超唐軼漢，通君民之權，破中外之界，拓種教之仁，觥觥皇猷，人天同忭”，責怪“自開國以來，未有通明政學、斟酌古今之大臣，讚襄盛美”，把封建專製主義達到頂峰的清朝說成“通君民之權”，把對外屈服稱作“破中外之界”，完全顛倒了黑白。甚至歌頌“聖清受命，仁德如天，網羅大弛，士氣寬和”，把苛政說成善政，把清朝的統治說成“受命”於天。多麼賣力地在維護清朝的統治啊！這類歌頌，也不同程度地出現在其他改良派人物的言辭中，這都明顯地暴露了資產階級改良主義在政治上的極端軟弱。與此適成對比的是，唐才常對人民的反帝反封建鬥爭始終抱著敵視態度。在他的筆下，太平天國起義是“大盜移國”，而曾國藩等則是“戡定大難，旋轉坤乾”的英雄，甚至對清朝前期殘酷的文字獄中的受害者，他也要加以攻擊，說呂留良“惑世誣民”，曾靜等人“大張其叛逆之焰”。這些都暴露出他反對“犯上作亂”、維護清朝統治的政治立場。