總之，琦善就這麼稀裏糊塗地由死罪變作活罪，由有罪變作無罪，特別是隨著戰事的推移，一係列的慘敗會讓道光體會當初琦善的良苦用心並原諒他，因為琦善搞的《穿鼻草約》比後來的《南京條約》要劃算多了。於是，戰事一結束，《南京條約》一簽訂，琦善最早被起用。1843年1月26日，道光賞琦善四等侍衛銜，充葉爾羌幫辦大臣。兩個月後，以二品頂戴授熱河都統。禦史陳慶鏞氣壞了，上折彈劾，一下子彈了三個大吏：琦善、奕經、奕山等，曆數三人罪狀，並重點說明公論不可違，大家都“切齒”於琦善這個“罪魁”呢。道光表示接受，收回任命，但為琦善等人辯解說：“琦善等革職治罪，因思從前辦理不善，總由朕無知人之明，以致喪師失律，迄無成功。朕惟有返躬自責，愧悔交深，何肯諉罪臣工，以自寬解。琦善等韜略未嫻，限於才力，現在年力正強，是以棄瑕錄用。予以自新。
”今見該禦史敢言直奏，朕也不是飾非文過之君，講的也是個公正，豈能因為發出了諭旨，“不便收還，自存回護耶？琦善、奕經著革職，即令閉門思過”。（《中國近代史資料叢刊·鴉片戰爭》第六冊，上海人民出版社2000年版，第364-365頁）單憑這段話，足可反映，道光實乃明君是也。半年之後，他就不讓琦善思過了，賞其二等侍銜，充葉爾羌參讚大臣。未幾，充駐藏大臣。1846年，授四川總督。1848年琦善，因實心整頓吏治營伍，受到道光皇上表揚：“四川總督誰為最好？……我看莫如琦善。其人絕頂聰明，封疆年久，何事未曾辦過？”（張集馨：《道鹹宦海見聞錄》，第117-118頁）據茅海建先生分析，所謂的“何事未曾辦過”，可能包含了道光皇上對琦善辦理夷務的理解。（茅海建：《天朝的崩潰：鴉片戰爭再研究》，第561頁）不管怎麼著吧，表揚過後是獎勵，道光發還琦善的頭品頂戴，不久遷其為協辦大學士，留總督任。
1849年，琦善調陝甘總督，兼署青海辦事大臣。
1850年，鹹豐繼位，對外持強硬態度，不喜歡這些當年主撫的軟骨頭們，於1851年下旨，把琦善發往吉林效力贖罪，但最後並沒有執行。時洪楊起事，鹹豐屢易統帥而皆不能製，遂起用琦善，授河南巡撫，令其駐防楚、豫界上。琦善出山，以捐餉有功受到新主子賞識，加都統銜，授欽差大臣，令其專辦防務。琦善與向榮分主大江南北軍事，固有敗績，但勝也不少。
1854年秋，琦善卒於鎮壓太平天國的帥帳中，也算因公殉職了，鹹豐追贈其為太子太保，協辦大學士，照總督例贈恤，諡文勤。其子孫後來混得也不錯，子恭鏜，黑龍江將軍。孫瑞洵，烏裏雅蘇台參讚大臣，孫瑞澄，兩湖總督。
身前，道光、鹹豐都算原諒琦善了，身後，琦善該得的尊榮也得到了，事情到此就該結束了。且慢，還有人不原諒琦善，那就是現在的某些史者與時人，不原諒他的結果，就是給他扣一個投降派的帽子，也算是替愛新覺羅家多情吧。琦善泉下有知，不知何感——俺跟俺主子的家事，做大清奴才都沒你們的份兒，你們扯什麼淡啊！
林則徐死得其時死得其所
1841年5月1日，林則徐接到道光帝要他離開廣州的處分：“賞給四品卿銜，迅即馳驛前赴浙江聽候諭旨。”（《籌辦夷務始末·道光朝》第二冊，中華書局1964年版，第940頁）5月3日，他就收拾行裝，奔赴前線。但是，他身在浙江，心在廣東。廣東戰事的命運，直接決定了他的命運。主和派琦善是倒了，廣州的後任們——靖夷將軍奕山、參讚隆文、參讚楊芳，那可全是奉皇命而來的主剿派。但結果很慘，廣州政府不但戰敗，還簽訂了《廣州和約》。