9月26日。近畿陸軍全部歸陸軍部直轄。軍諮處奏陳，陸軍部於光緒三十二年奏設近畿督練一職，管理陸軍第一、三、五、六等鎮，陸軍第二、四兩鎮暫歸直隸總督袁世凱調遣訓練，隻是一時權宜之計。請求將陸軍各鎮全部歸陸軍部直接管轄，撤銷近畿督練所。第二、四兩鎮仍舊駐紮在直隸；第三、五兩鎮分別駐紮在東三省及山東。
四川鹽茶道改為鹽運使，增設奉天鹽運使。督辦鹽政處奏稱：四川省鹽業發達，遠銷數省，征收稅款多達數百萬。但按舊製，隻設有鹽茶道，造成職輕任重，於鹽業發展不利。建議將四川鹽茶道一缺改為四川都轉鹽運使司鹽運使，原來所管茶務劃歸勸業道管理。鹽政處還奏稱，奉天海灘遼闊，鹽產豐富，行銷本省和黑龍江、吉林以及蒙古各地，其稅收非常可觀。如果加意整頓，定可成為國家一大利源。建議設立奉天鹽運使一職，管理東三省鹽政事宜。清廷準奏。
9月27日。清廷令懲處未徹底禁止種煙的吉林等八省。本年4月19日，清廷責成度支部對各省禁煙成效及已報徹底禁止種煙省份的情況是否屬實，進行詳細核查。度支部奏報嚴行禁止，絕無私種者的省份隻有直隸和山東兩省。吉林、黑龍江、河南、山西、福建、廣西、雲南、新疆等省種植大煙的情況仍然比較嚴重。其中山西、吉林、雲南已報禁絕，並獲得獎勵。清廷下令將以上各省督撫交部議處，並撤銷山西、吉林、雲南以前獲得的獎勵。
9月28日。中、英、德簽訂《津浦鐵路續借款合同》。清廷督辦津浦鐵路大臣徐世昌、幫辦津浦鐵路大臣沈雲沛，與德國在上海開辦的德華銀行代表柯士達及英國倫敦華中鐵路有限公司代表梅爾思，在北京簽訂《津浦鐵路續借款合同》，共有八條23款，借款總額為480萬英鎊（實際上隻交付300萬英鎊）。
清廷授郵傳部尚書徐世昌為大學士，吏部尚書李殿林為協辦大學士。
9月29日。各省諮議局國會請願代表團舉行特別會議。會議決定利用資政院開院的機會，提前舉行第三次國會請願，並通過由孫洪伊提議的五項上書辦法：上書政府；上書攝政王，並要求麵陳一切；呈請都察院；上書資政院；由各省人民分別要求各省督撫代奏。
清廷嘉獎廓爾喀王。本日，清廷以廓爾喀王深明大義，傳旨給予嘉獎。
9月30日。度支部奏劾蔡乃煌貽誤要款。度支部稱，凡是歸度支部調撥的款項，全部先期存儲在江海關道衙門，以備隨時支用。曆任關道在辦理此事時，都不敢有絲毫貽誤。蔡乃煌接任以來，屢因周轉不敷，請求度支部給予接濟。涉外用款，事關外交，每當緊急時刻，皆須撥借騰挪其他款項應急，以免外交失信。蔡乃煌竟然以此作為經常使用的伎倆。應付給西方國家的九月賠款銀190萬兩，本日到期，蔡乃煌竟稱毫無準備。18日，在離還款期限隻有幾天時，蔡乃煌突然來電，請求迅速令大清銀行撥借款200萬兩，以救燃眉之急。並公然稱現有的200餘萬洋款全部存於各錢莊，無法提取，並稱如果此次無法還款，洋人必生枝節，貽誤不堪設想。度支部奏劾蔡乃煌營私罔利，居心狡詐，不顧大局。清廷立即下令將蔡乃煌即行革職，並限令兩個月內將所經手的款項全部繳清。
杭州於潛鄉民滋事。浙江杭州於潛鄉民本年7月將二所官立小學及禁煙公所搗毀。8月，省衙委派候補知縣蒯思曾到於潛。一日，於潛知縣蘇嘉淦和蒯思曾與管帶金富有磋商捉拿帶頭滋事的鄉民時，正巧徐水金、謝阿有等主要帶頭者到縣衙訴述學堂苛虐情形，當即被扣押，由金管帶和蒯委員派兵押往杭州府審訊。本日，蒯委員剛起身，便遭到四五百鄉民的追趕攔截。另有數百鄉民四處搜索校長姚江等諸紳董。諸紳董聞風躲避，教員陳瑞璿、學堂房東夏宣貴被鄉民掠去。蘇知縣派巡防營前往勸導解散眾人，鄉民隻放回了房東一人。當夜，鄉民鳴鑼聚眾，分赴各鄉搜尋，將校長姚江、研究所書記戎國俊等人劫去。數百鄉民擁進縣城，要求釋放徐水金等人。知縣許諾從輕發落徐水金等人，鄉民才散去。
外務部奏準續訂礦章。計礦務正章14章81款；附章9章46條。
本月。袁樹勳因病辭職，清廷任命張鳴岐為兩廣總督。
粵境內粵漢鐵路廣州至黎洞段通車。
10月
10月1日。廣（州）九（龍）鐵路建成通車。該路全長182公裏，香港英督承修深圳至九龍段，共計36公裏。