用艾灸治療疾病時，必須遵循一定的原則，這樣才能達到治病、防病、保健的效果。具體來說，艾灸治病的原則包括辨證與辨經、標本緩急、補虛瀉實等。
辨證與辨經
疾病發作時，總會表現出一定的症狀和體征。病症表現在一定部位，出現或寒熱、或虛實的不同特征，並發生在疾病的不同階段。這些關於疾病的病位、病性、病程等，都屬於辨證的內容。辨經，則是辨識疾病的具體部位。
標本緩急
標與本、緩與急是兩對相對的概念，在疾病的發生、發展過程中，疾病的標本緩急複雜多變。具體來說，疾病標本緩急的運用原則有以下幾點：
1.治病求本：弄清疾病的本質是什麼。通過辨證，由表及裏，由現象到本質進行分析，找出疾病發生的原因、病變的部位、病變的機製，然後針對疾病的本質進行治療。
2.急則治標：特殊情況下，標病急於本病，如果不能及時處理，標病可能會轉為危重病症，治療時要隨機應變。
3.緩則治本：一般情況下，病情穩定，或雖可引起其他病變，但不會引起危急證候，或標本同病，標病經治療緩解後，可按“緩則治本”的原則治療。
4.標本兼治：當標病與本病都比較急，或都不太急的情況下，可采用標本兼治法。
補虛瀉實
艾灸時的虛實補瀉，就是通過艾灸，激發患者機體自身的調節功能，進而產生補瀉的效果，達到扶正祛邪的目的。
虛實病症的補瀉原則
①以熱引熱：使邪外出達到以熱引熱，使邪熱泄之散之。並認為此灸火力猛峻，不能深入，很難循經深透遠達，故無入裏助熱之弊，此同氣相求之理，以熱引熱之法也
②開辟門戶，引邪外出：認為灸後的起皰發瘡，皆為給邪以出路
③溫通行散、消淤散結：因氣血得熱則行，行則通，通則散，故鬱滯可通，火源可清，淤毒可散
④灸法扶陽、陽生陰長：灸後可扶陽養陰，益氣生津
⑤熱因熱用：用於陰盛格陽之真寒假熱證，具有救急之意
總之，艾灸產生補瀉作用的機理可歸納為“雙重調節”作用，即當機體虛弱時灸之可補，邪實時灸之可瀉