於謙義正辭嚴地說：“過去南宋朝廷隻滿足於呆在江南，不去收複失地，最後還是亡了國，這個教訓各位難道都忘記了嗎？京城是國家的根本，隻有保住根本，才能穩定大局，老百姓才能安心，請皇太後趕快傳令，征調各地的勤王兵馬來守衛北京。”
於謙這一番話，把那些想南遷的大臣都說得低下了頭，連皇太後也被他說服了。她就任命於謙為兵部尚書，負責保衛北京。
於謙一上任，首先辦了三件大事。第一件是鏟除王振的同黨。朝廷上有許多大臣早就對王振一夥人恨之入骨，這會兒還沒有等到皇太後下達命令，就扭住了王振的三個同黨，拳打腳踢地把他們打死了。於謙又下令將王振其餘的同黨全都革職查辦，算是讓大家出了一口氣。第二件是擴編軍隊。於謙一麵傳令給外地的軍隊火速來保衛京師，一麵又派了15位官員，分頭到山西、河南、山東等地去招兵。老百姓們聽說要保衛京師，抵抗瓦剌入侵，都踴躍報名，京師的隊伍迅速增加到22萬人。第三件是儲備糧草。當時通州官倉裏存著幾百萬石糧食，有的大臣主張把這些糧食全都燒掉，免得瓦剌軍來了讓他們搶去。於謙不同意。他征調了500輛大車，把通州的糧食運到北京，同時又動員京師的老百姓有車出車，有人出人，協助士兵運糧，沒有幾天工夫，就把通州的糧食全部運到北京。這樣，糧草問題也解決了。北京城經過這樣一番準備，變得像一座堡壘那樣堅強，士兵和老百姓都憋足了勁，準備給進犯的敵人一個迎頭痛擊。
過了不久，也先果然挾持著明英宗，帶領著大批瓦剌軍來了。他先派了一個使者進城麵見皇太後，說：“我們這回是特意送你們的皇上回來，請你們快把城門打開迎接。”有不少大臣聽了，都想借這個機會同瓦剌談判講和，於謙不同意。他說：“也先為人又凶殘又狡猾，他借口送還英宗，其實是想麻痹我們，好趁機打進城來。”
一位大臣說：“你不肯同他們談判，萬一惹惱他們，把皇上殺了，這個責任誰擔得起？”
於謙理直氣壯地說：“國家是第一位，皇上是第二位。我不能為了皇上一個人，就拿整個國家去同敵人做交換。”他幹脆下令把京城的9個城門都關閉得嚴嚴的，讓軍隊駐守在城外麵，還下了一道命令：兩軍交戰，誰要後退，一律處死。
也先見於謙不上圈套，就開始進攻。他先攻打北邊的德勝門。於謙早就做好了準備，故意放瓦剌軍靠近，然後命令城牆上的士兵發射火槍、火銃。埋伏在大道兩旁的明軍伏兵也趁機殺出來，副總兵範廣一馬當先，首先衝入敵陣，其餘的將士也人人奮勇，個個爭先，把瓦剌軍殺得大敗。
也先在德勝門吃了大虧，又調頭去打西直門，沒想到也吃了敗仗，他又去攻彰儀門，還是占不到便宜。這時候，北京周圍一帶的老百姓也自發地組織起來，截殺小股的瓦剌部隊，瓦剌軍就好像陷入明軍和老百姓的汪洋大海中，處處挨打。經過5天的戰鬥，瓦剌軍傷亡慘重，士氣越來越低落，也先隻好放棄攻打北京的計劃，垂頭喪氣地撤兵回去。
京師保衛戰，大敗瓦剌軍，使明朝能夠繼續存在下去，國家沒有遭到分割。由於京都解圍，英宗又安全無恙的回來，可以說是皆大歡喜。於謙“厥功偉矣”，卻“口不言功”，功歸下級。可是後來於謙竟然被明朝皇帝殺了，這是為什麼呢？
原來，自從明英宗在“土木之變”中當了瓦剌的俘虜，明朝的皇位就空著，這對國家來說是個不穩定因素。為了安定人心，抵抗瓦剌的入侵，於謙等人就擁戴英宗的弟弟朱祁鈺當了皇帝，就是明景帝。也先攻打北京失敗後，覺得留著明英宗已經沒有什麼用處了，放了他或許還會有些好處，就把他送還給明朝。英宗回來之後，由於景帝已即位，按禮製就成了“太上皇”。
明代宗即皇帝位之前，明英宗的兒子朱見深就是太子。明代宗在景泰三年，卻廢原太子為沂王，立自己的兒子朱見濟為太子。也許是造化弄人，朱見濟在第二年即景泰四年病死。由於明代宗當時沒有其他的兒子，這樣一來，大臣就上奏讓明代宗恢複朱見深的太子地位，明代宗不允。這場更立太子和複儲風波讓宮廷神情詭秘、血雨腥風。當時於謙是主張重立朱見深為太子的。在這種情況下，一場更大的陰謀在悄悄地醞釀著，其策劃者利用明英宗和明代宗的矛盾開始從中周旋，為己漁利。
明代宗身體曆來不好，景泰八年正月，明代宗病重。就在這個關鍵的時候，徐有貞、石亨、曹吉祥三人秘密謀劃一場陰險的宮廷政變，“認為立太子不如複上皇可邀功賞”，決定擁立幽居南宮的英宗複辟。他們利用明英宗是君的這個優勢，迎英宗複辟為自己“邀功賞”。