德瑪雷斯特認為：“像波斯尼亞瘟疫一樣的戰爭最終斷送了瑪雅文明。”關於城鎮之間戰爭的影響，考古學家似乎正在達成共識。而恰在這時，卻發現了一些新的證據，導致以環境因素來解釋瑪雅文明的消亡的古老觀點重又流行起來。1995年，古氣候學家在研究尤卡坦半島中部的奇徹坎努博湖底的沉積物時，發現在公元800～1000年這一時期的沉積物中，硫酸的含量很高。硫酸隻有在湖水很少的情況下——通常是在幹旱時期——才會沉到湖底。戴維·霍德爾和他的同事認為，這一時期可能曾發生過嚴重的幹旱，造成莊稼歉收，餓殍遍野、疾病盛行，這些都是導致瑪雅文明消亡的禍根。
這豈不是使科學家們又回到他們的起點了？未必盡然。首先，霍德爾並未把幹旱作為瑪雅文明消亡的唯一原因；他隻是把它作為引發了一係列環境和文化危機的一根導火線而已。同樣，那些強調戰爭的破壞作用的人也隻是把它作為眾多因素之一。實際上，自20世紀70年代以來，持不同立場的科學家都逐漸變得更加開明，他們開始考慮到各種相關因素的作用——包括環境的壓力和對外戰爭以及內戰的影響。可能曾有許多不同的因素削弱了瑪雅人的實力，使他們在最終的危機麵前不堪一擊。至於這最終危機的性質則因城鎮而異。
在過去的幾十年中，考古學家們也開始將他們的注意力從南部的瑪雅文明的中心地帶，延伸到了位於尤卡坦半島上的較北部的邊遠地區。這裏的一些城鎮雖然在規模上遠遠不及南方的城鎮，其存在的時間卻比南方的城鎮長了數百年；有些直至被西班牙人攻占才沒落下去。當位於南部的瑪雅人的中心地帶麵臨某種危機的時候，一些難民逃了出去，來到北方。北方的許多城市可能就是由這些難民建立起來的。
最近有人認為，瑪雅人的城鎮幾經變遷——這可能是連年戰亂的必然結果。發生於公元900年之前的南部大城鎮的衰落以及北方城鎮的興起，都是變遷過程中的一部分——當然隻是一個極端的部分。以威利斯·安德魯斯為代表的考古學家，甚至認為瑪雅文明並未消亡，隻是向北轉移了。
多數考古學家尚不能接受這種觀點。南部城鎮在取得如此輝煌的建築和藝術成就之後，竟然衰落到了這等地步，這在瑪雅的曆史甚至所有民族的曆史中都是前所未見的。北方城鎮的興起，有助於我們理解隨後發生了些什麼事情，但它們卻無法解釋是什麼導致了這些變故，也不能解釋瑪雅人為什麼沒有完全複興。這些都是謎，盡管不再像1840年時斯蒂芬斯所認為的那般神秘莫測，卻仍然頗令人費解。
印加文明之謎
素有“新世界的羅馬”之稱的印加帝國，是南美文明的集大成者。他們與中美洲的瑪雅文明並無繼承關係。然而，令人目眩的公路網、巨石建築群、巧奪天工的製金工藝……竟然出自僅有石器的印加人之手，實在是難以置信的奇跡。
南美安第斯山脈南段群山環抱的庫斯科，是美洲印第安文明的又一發祥地。庫斯科，印第安語為“離太陽最近的城市”，海拔3400米。據古代神話傳說，太陽神在的的喀喀湖中的太陽島創造了一男一女，男人叫曼科·卡帕克，女人叫瑪瑪·沃利奧。二人結為夫妻而後子孫繁衍，成為印加民族。“印加”一詞，印第安語的含義是“太陽的子孫”。太陽神傳授各種技藝並賜給他們金杖，曉諭他們率領印加族去尋找金杖沉沒的新居地。遵照神的旨意，他們開始跋涉。有一天來到庫斯科穀地，金杖一插入地便消失得無影無蹤。就這樣，太陽的子孫們找到了神靈指引之處，於是安居樂業，生息繁衍，建立起庫斯科城，繼而締造了聲名煊赫的印加古國，成為美洲三大文明中心之一。