布魯諾早在英國出版的對話錄《論無限性、宇宙和諸世界》中，便批評了亞裏士多德關於彗星的學說。亞裏士多德把彗星和隕星算在“月世界”內，否定了它們的宇宙起源的可能性。而布魯諾，則把彗星當作天體，強調指出彗星不是繞地球運轉，而是它們自己的運動。因此，彗星作為一種特殊的星，向我們靠攏或離我們而去。它靠攏時，我們覺得它越來越大，越來越亮；離去時，我們覺得它越來越小，越來越暗。如今利用新的事實，證實了他的推斷。布拉蓋觀測1577年的彗星時，證明它是在“月下世界”的範圍以外運動的。據布魯諾看來，這個觀測結果徹底推翻了亞裏士多德認為彗星和隕星形成於大氣層內上麵幾層的見解。
布魯諾將他的部分講義收入兩篇專題論文《論盧爾的組合燈》和《論向前運動和邏輯學家的獵燈》中。這兩篇論文發表於1587年，並附有一封致維滕貝格大學校長和校務會議的長信，他不想忘恩負義。人們被布魯諾心胸的博愛精神及哲學家的使命感打動，接納他為大學的成員，準許他私人教學及公開講課。布魯諾常常發表許多不僅為維滕貝格器重的哲學家們所否定而且千百年來幾乎全世界都不接受的言論。當地人們的寬容令人驚異。他們並沒有對他嗤之以鼻，並不咬牙切齒，並不瞎起哄，並不是以經院哲學家的惡毒辱罵他。他們表現了明智的態度，使學校自由充分顯示了它的光輝。
布魯諾一一提到教授們的名字，不吝溢美之詞，對每個人都奉上悅耳的稱呼、動聽的恭維和高調的修飾語。
他利用一切機會喚醒沉睡的心靈。他以《論自然及宇宙一百二十題》為基礎，著手寫書。他擴充了那篇論文中的論據，薄薄的小冊子變成了厚厚的一本書，他起了一個玄奧的書名：《坎布雷芻言》。
但是，維滕貝格的空氣漸趨緊張，好勇鬥狠的加爾文教徒勢力日盛，黨派之爭激烈之極，並且波及到了大學。原先善待布魯諾的人失勢了，加爾文教徒容不得半點兒新思想。
1588年3月8日，他向維滕貝格大學發表《告別演說》，極力頌揚了大學及博士、學生們，他謹向他們這些科學明燈、科學明星們表示感激之情。
他來到布拉格。神聖羅馬帝國的皇帝、匈牙利暨捷克的國王魯道爾夫二世，曆來被認為是一個慷慨資助學者的人，他一半多時間住在布拉格。
這個城市是歐洲最重要的文化中心之一。
為了掙些錢並引起別人的注意，他再版了《組合燈》，補充了一篇《概念的拈來》，對盧爾的“偉大的藝術”作了新的注釋。
不久，他刊行了《駁當今數學家及哲學家一百六十題》。他責備數學家在哲學上依然囿於亞裏士多德的觀點，責備哲學家忽視數學。布魯諾除了闡述他關於宇宙的主要哲學觀念以外，還談了他對幾何的看法。他的數學觀點的形成，尼古拉、庫薩的理論起了決定性作用。尼古拉認為，無限大的三角形變成無限長的直線，無限大半徑的圓也變為直線。
《一百六十題》獻給了魯道爾夫二世。布魯諾再一次反複強調在哲學上不能隨聲附和別人的見解，必須通過自己的眼睛看到真理。在哲學王國裏，同偏見的暴政鬥爭是我們的責任。
魯道爾夫接受了布魯諾的這一禮物，對他優禮有加，賜給他三百塔勒（德國舊時銀幣，一塔勒值三馬克），但如果布魯諾研究的不是宇宙的理論而是煉金術，那皇帝會萬般熱烈地歡迎他。
1588年底，布魯諾離開布拉格。啟程赴赫爾姆施泰特，他為儒略學院的名聲所動。這所大學，雖然才成立了12年，但已名噪一時。儒略是新教徒，青年時代飽嚐剛愎自用的父親和天主教神父殘暴的虐待，終生痛恨教廷分子的宗教。他創辦大學時，特別注意自然科學，辦學不慎重金，聘請了優秀的教授，開辟了大規模的植物園，為了研究解剖學建造了專用的房舍。神學家在這所學校裏被置於微末的地位，這是一所出類拔萃的大學。1589年1月13日，來自諾拉的意大利人布魯諾的名字登上了儒略學院成員的名冊。
教學之餘，他寫拉丁文長詩。寫了《詩三重最小和廣度》。他論述了三種意義上的最小：在物理上，最小的就是原子；在數學上，最小的是點；在形而上學上，最小的是單子。但他強調指出，自然界中並不存在三個最小，而隻有一個三重最小，一切都歸結到此，最小是萬物的基質，是不變不滅，永恒存在的。
布魯諾發展了宇宙構造的原子理論。他對德謨克利特和伊壁鳩魯作了公正的評價，但不同意他們的太虛說。原子不是存在於太虛之中，它們靠物質以太結合在一起，要沒有以太，一群原子形成不了任何東西。原子不是互相滲透，互相混合，而隻是相切。使它們運動的不是什麼外界的原動力，而是它們本身具有的生命力。以太中發生的結合和分離，既見於最小的物，也見於巨大的天體。
布魯諾另一篇花了很多精力的長詩叫做《論單子、數和形》。把它作為他以往著作中闡發的思想的總結。
他嘲諷那些編製星占表的人，揶揄（yéyú）根據人誕生時分星座的位置來算命的做法。但是，他嘲笑滑頭星相家的同時，並沒有完全否定星占學。