2.保護區早期調研項目
中國於1993年簽署批準聯合國《生物多樣性公約》，是第一批批準該公約的國家。2004年2月，在《生物多樣性公約》第七次締約國大會上，中國政府接受了保護區工作方案。該工作方案的總體目標是要建立全麵的、有生態代表性的和有效管理的國家和區域保護區係統。這項工作的陸地生態係統的建立須在2010年前完成，海洋生態係統須在2012年完成。第七次締約國大會所提出的工作方案為中國生物多樣性夥伴關係框架（簡稱CBPF）提供可持續的生物多樣性保護行動指南。該項目正是要評估中國保護區體係，協助製定中國保護區發展的戰略規劃，幫助中國政府履行生物多樣性公約第七次締約國大會所提出的保護區工作方案。為中國生物多樣性夥伴關係框架創建有效的可持續生物多樣性保護夥伴關係，並為申請全球環境基金的項目建議書編寫提供支持。
保護區優先調研項目於2006年全麵實施，其主要內容包括：為中國保護區製定一套有時限可循且可衡量的目標和指標體係，以支持中國生物多樣性夥伴關係框架項目下的監測項目；開展中國保護區空缺分析試點；完成中國保護區管理能力需求的評價與能力建設項目設計；分析國家級保護區的資金來源、需求及滿足資金需求的多種途徑。
3.森林多重效益項目
基於保護生物多樣性、改善人類生存環境的宗旨，美國大自然保護協會、保護國際（CI）和國家林業局在全球生物多樣性關鍵地區之一的中國西南山地共同實施森林多重效益項目，簡稱“FCCB項目”（即森林、氣候、社區、生物多樣性項目）。該項目通過引入隨《京都議定書》應運而生的國際碳彙市場以及仍在探索階段的生態效益有償服務機製，在國家層麵上推動科學造林以促進片斷化生境的恢複工作，並試驗生態效益補償機製；旨在促進政府造林工程的生態服務功能最大化，並可為植樹造林和生物多樣性恢複帶來持續的資金支持；目標是在中國西南山地項目點恢複森林植被，緩解氣候變化，改善社區村民生產生活環境，保護和建立生物多樣性廊道帶，實現森林的綜合效益，為實施森林恢複和獲得碳彙受益提供示範。
2005年，美國大自然保護協會、保護國際、中國綠化基金會和國家林業局開始共同探討碳彙基金的設立，引導碳彙項目最大程度地惠及社區和生態環境，探索生物能源在中國的開發運用前景。項目另一政策層麵的重要產出是協助國家林業局等有關單位製訂了中國的“碳彙”優先發展規劃，將生物多樣性保護的目標和造林、減緩氣候變化的活動結合，擴大了“多重效益”概念的影響。項目組與國家林業局共同選擇了四川王朗和雲南高黎貢山兩個國家級自然保護區作為森林多重效益項目實驗點，與雲南省林業廳確定了雲南省的3個森林多重效益項目實施縣。在探索生態係統有償服務機製方麵，協會項目組選擇了麗江縣吉子水庫進行生態係統有償服務試點。2007年，中國FCCB騰衝項目獲得首批CCBA金牌認證。保護國際和美國大自然保護協會合作的騰衝項目是第一個獲得CCBA標準認證的項目。項目位於著名的雲南高黎貢山西坡、高黎貢山自然保護區南段。雲南也是全球生物多樣性保護關鍵區域之一。
4.森林可持續經營項目
為減少區域內非法木材采伐和貿易對原始森林資源和生物多樣性保護的嚴重威脅，2004年8月起美國大自然保護協會中國部與中國相關政府部門，尤其是國家林業局、企業和相關行業協會合作，積極尋求解決區域內非法木材采伐和貿易的可操作方案。通過推動國內公共部門與林業加工企業采納綠色木材采購政策，促進國內可持續林產品原料供給，盡可能地減緩非法木材采伐與貿易對區域內天然林資源和生物多樣性保護的壓力。該項目開展的工作主要有：