在同年3月12日黨的全國宣傳工作會議上的講話中，他進一步強調：“有一些人雖然不公開表示不讚成馬克思主義，但是實際上不讚成。這種人在很長的時間內都會有的，我們應該允許他們不讚成。例如一部分唯心主義者，他們可以讚成社會主義的政治製度和經濟製度，但是不讚成馬克思主義的世界觀。宗教界的愛國人士也是這樣。他們是有神論者。我們是無神論者。我們不能強迫這些人接受馬克思主義世界觀。”為什麼？“信仰宗教的人，不僅現在社會主義的國家裏有，就是將來進入共產主義社會，是不是就完全沒有了？現在還不能說得那麼死。現在我們隻把宗教肯定為人民的思想信仰問題，而不涉及政治問題。不管是無神論者，還是有神論者，大家一樣地能夠擁護社會主義製度。”
1959年4月15日，毛澤東在第十六次最高國務會議上講話時還談到：“你們的佛教，就是喇嘛教，我是不信的，我讚成你們信。”
上述觀點，是符合馬克思主義宗教觀的。列寧就曾提出：如果用行政命令和警察手段禁止宗教，大聲疾呼向宗教宣戰，“是一種愚蠢的舉動，這樣的宣戰是提高人們對宗教的興趣、妨礙宗教真正消亡的最好手段”。
通過建國以後一係列宗教政策的實施，黨對宗教的認識進一步加深，並逐步提出了“宗教五性論”的思想，這就是充分認識宗教的長期性、群眾性、民族性、國際性、複雜性。這個思想的正式提出，是在1954年10月黨中央批轉的《關於過去幾年內黨在少數民族中進行工作的主要經驗總結》中提出的。1956年，中央統戰部部長李維漢在全國第七次統戰工作會議上發言時又作了較全麵的論述。因而，我們方針的基本點就是：隻要讚成社會主義製度，可以不讚成馬克思主義世界觀。因為問題的實質是：馬克思主義世界觀是唯物主義的，而宗教是唯心主義的。既然實行宗教信仰自由的政策，就不可能使教徒讚成唯物主義。使二者目標一致的基礎，就是信教者站在人民的立場，在愛國主義基礎上堅持自己的信仰，從事宗教活動。
在這一方針的正確指導下，宗教界在愛國主義的基礎上團結起來了。抗美援朝期間，佛教界捐獻了“中國佛教號”和“中國喇嘛號”飛機，積極參加保家衛國的運動。1953年5月，成立了中國佛教協會，實現了全國各地區、各民族、各宗派佛教的大團結，結束了舊中國各民族、各宗派佛教之間相互隔絕、四分五裂的狀態，為現代中國佛教的發展奠定了組織基礎。同年還成立了中國伊斯蘭教協會。1950年5月，周恩來曾經四次出席基督教問題座談會，他在談話中說：“基督教最大的問題，是它同帝國主義的關係問題。中國基督教會要成為中國自己的基督教會，必須肅清其內部的帝國主義的影響與力量，依照三自（自治、自養、自傳）的精神，提高民族自覺，恢複宗教團體的本來麵目，使自己健全起來。”但是，“一方麵不能無原則地團結，另一方麵不要脫離廣大群眾。這是政策問題，不是策略問題”。
在周恩來的號召下，中國基督教人士發宣言、寫文章、搞革新，與帝國主義斷絕關係。1954年7月，中國基督教徒62個教會團體的代表召開了全國會議，明確了“在反帝、愛國、愛教的共同目標下，促成基督教各教會所有教徒大團結，進一步開展基督教三自愛國活動”的方針任務。天主教也經曆了大致相同的曆程，1957年7月，正式成立了天主教友愛國會。可見，有神論和無神論，唯物主義和唯心主義合作的基礎就是愛國主義和社會主義。
當然，黨內也並非所有人都讚同這個觀點。周恩來曾經對此進行過嚴厲批評：“我們把宗教信仰問題常常看得太簡單了，拿共產黨員馬列主義的認識來要求所有人的人生觀、世界觀都一樣，這是不可能的。思想認識是逐步改變的，而且思想認識是人民內部的問題。就宗教信仰來說，更是一個長期的問題。我們隻是希望，愛國的宗教界人士，熱愛祖國，願意為社會主義服務，也願意努力學習。這樣，他們思想上還有宗教信仰，這並不妨礙我們整個人民民主統一戰線的擴大和團結，並不妨礙我們祖國的社會主義建設。”毛澤東還認為：“我讚成有些共產主義者研究各種宗教的經典，研究佛教、伊斯蘭教、耶穌教等等的經典。因為這是個群眾問題，群眾有那麼多人信教，我們要做群眾工作。”
3.宗教要改革
新中國的成立，標誌著中國社會的根本變革，尤其是1956年社會主義改造基本完成以後，宗教的消極作用及與社會主義經濟、政治、文化不相適應的一麵和束縛民族發展的一麵逐漸明顯地表現出來。因此，宗教改革的問題也必然提出來了。
1959年5月7日，毛澤東在同班禪等藏族人士談話時指出：“關於宗教，我們的改革很明白，就是宗教信仰自由的政策。看來，宗教寺廟也需要進行改革。”“你們在精神上要有準備。改革以後，有一個時期喇嘛可能要減少。有些喇嘛要回家，但他們不是不信佛教了。當然年老的還是願意留在寺廟。你們要把工作範圍放廣大一點，在寺廟和不在寺廟的佛教徒都是歸你們領導的。宗教寺廟如何改革，我想你們應該考慮一個辦法。”
這個談話，是在西藏解放之後談的。但實際上，在充分尊重宗教信仰的基礎上，宗教改革早就在點滴地進行。實行“三自”方針，割斷與帝國主義的聯係，本身就是基督教的改革，1951年初開始的天主教革新運動也是改革。佛教也進行了改革。毛澤東曾說：“拿佛教來說，它同帝國主義聯係較少，基本上是和封建主義聯係著。因為土地問題，反封建就反到了和尚，受打擊的是住持、長老之類。這少數人打倒了，魯智深’解放了。”
這裏說的，是宗教界的“打倒閻王，解放小鬼”，是解決寺廟田產的封建土地權問題。這個問題在伊斯蘭教中也同樣存在。1958年8月10日，中央統戰部發出《關於在回教中改革宗教製度的意見》，改革的內容有：教權統治；宗教負擔；宗教寺院的封建所有製，頻繁的和大規模的宗教活動；宗教對婦女、兒童的壓迫和束縛。《關於在回教中改革宗教製度的意見》提出了改革的6條原則和11條措施。改革的目的，就是為了解決宗教的束縛與少數民族發展問題上的矛盾，使之與社會主義相適應。
概括起來說，第一代中央領導關於宗教問題的思想和政策主要有：其一，保護宗教信仰自由是黨對待宗教的一項長期的基本政策，在憲法及有關法律中加以明確規定；其二，堅持宗教信仰自由政策是鞏固和發展黨同各民族政治同盟的重要環節；其三，宗教問題上的矛盾主要是人民內部矛盾；其四，有神論和無神論、唯物主義和唯心主義一樣可以團結在愛國主義和社會主義的旗幟之下；其五，充分認識中國宗教的長期性、群眾性、民族性、國際性、複雜性；其六，初步提出了宗教改革的任務是為了與社會主義相適應。
（三）改革開放以後，黨的宗教政策得到恢複並有了新的發展
由於眾所周知的原因，1957年以後，中共在思想政治路線的“左”的錯誤逐漸滋長，60年代中期更進一步地發展起來，這也必然影響到了宗教工作。特別是在文化大革命中，黨的宗教工作方針和政策遭到踐踏，所有宗教工作部門被取消；關閉了宗教活動場所，禁止正常的宗教活動；宗教界人士遭到打擊迫害。
從1978年到1982年，宗教工作進行了全麵的撥亂反正。1979年6月15日鄧小平在政協五屆二次會議開幕詞中宣布：“各民族的不同宗教的愛國人士有了很大進步。”代表中共和政府明確否定了“文革”對宗教界人士的不公正待遇。同年9月1日在聽取第十四次全國統戰工作會議的情況彙報時，鄧小平強調宗教工作也有許多政策問題，要統戰部議一議宗教問題。1980年8月26日鄧小平在同十世班禪大師談到西藏的發展時指出，對於宗教，不能用行政命令的辦法，但宗教方麵也不能搞狂熱，否則就會同社會主義、同人民的利益相違背。同年4月，他還在《人民日報》上發表文章《一件具有深遠意義的盛事》，充分肯定了江蘇揚州舉行的歡迎唐代高僧鑒真大師像由日本回國巡展的活動，肯定了宗教人士在國際文化交流中的積極作用。1981年，十一屆六中全會通過《中國共產黨中央委員會關於建國以來黨的若幹曆史問題的決議》，重申了要繼續貫徹執行宗教信仰自由政策。
這段時間內，中國共產黨比較係統地總結了建國以來在宗教問題上的正反兩個方麵的曆史經驗，在1982年3月中共中央印發的《關於我國社會主義時期宗教問題的基本觀點和基本政策》（即19號文件）中，從12個方麵全麵闡明了中國共產黨對宗教問題的基本觀點和基本政策。特別對社會主義時期宗教的性質、社會作用、存在根源以及宗教工作的目的和任務，對宗教界人士的政策，對外宗教文化交流的基本原則，民族地區宗教工作的基本方針等一係列重大問題均作了具體闡述和具體規定。在全麵貫徹19號文件的過程中，宗教活動逐步正常化。中共中央1982年19號文件是以鄧小平為核心的黨中央第二代領導集體關於社會主義時期宗教問題的綱領性文件。它闡明的基本觀點和基本政策，充分表明了中國共產黨關於社會主義時期宗教問題的觀點和政策走向成熟，集中表明了中國共產黨對馬克思主義宗教理論的重大發展。
1982年12月，第五屆全國人民代表大會第五次會議審議通過了新憲法。新憲法將黨的宗教政策上升為國家根本大法的內容之一，成為國家製定和執行宗教法規、政策，處理中國宗教問題的根本法律依據和保證。新憲法第三十六條的宗教條款以1954年憲法為基礎，規定得更加明確具體，同時，又根據新形勢發展的需要增加了新的內容。新憲法規定：“中華人民共和國公民有宗教信仰自由。”“任何國家機關、社會團體和個人不得強製公民信仰宗教或者不信仰宗教，不得歧視信仰宗教的公民和不信仰宗教的公民。”同時，還明確了信教公民在享有宗教信仰自由權利的同時對國家和社會所應承擔的主要義務：“國家保護正常的宗教活動。任何人不得利用宗教進行破壞社會秩序、損害公民身體健康、妨礙國家教育製度的活動。”又規定了處理中國宗教團體同外國宗教團體關係的原則，強調宗教團體和宗教事務不受外國勢力的支配。
十三屆四中全會以後，以江澤民為核心的黨的第三代中央領導集體對處理好世紀之交的宗教問題又提出了一些重要思想，並對宗教工作作出了新的決策，正確回答了20世紀90年代以來，建設有中國特色的社會主義實踐中迫切需要解決的宗教問題，形成了新的理論成果，實現了對馬克思主義宗教觀的重大創新。