石偉宸將流民組織起來，規定每五戶組成一組，五組為一甲，五甲為一堡，這樣兩百五十戶組成一個屯堡，各級的組長，甲長，堡長皆由百姓推選，再交由總管府核實批準後再任命即可。
參考王安石的保甲法，石偉宸規定凡每戶有兩丁以上的，出一人為堡丁。農閑時集合堡丁，進行軍訓；夜間輪差巡查，維持治安。這種新式屯堡法既可以使各地流民中的壯丁接受軍訓，與正規軍相參為用，以節省正規軍的力量，又可以建立嚴密的治安網，把各地人民按照保甲編製起來，以便穩定社會秩序。
屯堡中每戶十六歲以上的成年男子授予田地五十畝，成年婦女三十畝。農具和種子由官府按照戶數免費發放，但耕牛和騾馬等牲畜則是租用給農戶使用，平時由各級堡長，甲長和組長統一管理，協調各戶的使用平負責配合總管府的財務人員收取租金。平時同一屯堡的人平時各自幹活，一旦有人家出現困難，同一屯堡的人有義務互相協助。
當然，這種屯堡製度並不能適應所有的情況，流民並非都是成家成戶的，還有大量的單獨的不成戶的人口，對於這些弱勢群體，屯堡中的一些製度明顯對他們不公平，獨身一人的男人還好說，石偉宸直接將其中身強力壯者征調從軍，剩下的打散編入各個屯堡之中即可。
但獨身的女子和失去親人的孩子則有些難辦，這些人顯然沒法單獨在屯堡中生存下去，因此石偉宸打算在滁州，和州和定遠等地修建一些紡織作坊，專門為部隊提供棉被衣物，正好可以安頓這些單身的女子，而失去親人的孩子則被石偉宸統統收入孤兒院撫養。
如此製定出來的屯堡製度可以有效穩定社會秩序，不但可以解決流民帶來的種種問題，還可以將這些流民組織起來，有效的收為己用。一旦部隊擴編，即可直接從屯堡中招募堡丁參軍，不但可以為軍隊提供了穩定的兵源，還可以大大提高農民對自然災害等風險的承受能力。
由於馮國用忙於部隊整編抽不開身，李善長又被派了出去和左君弼打嘴仗，石偉宸隻得任命楊璟全權負責此事，由於擔心楊璟治理地方經驗不夠老道，石偉宸還派出有多年處理地方政務經驗的吳陽清協助楊璟，並且派出盧文軒率領軍隊協助，隨時彈壓可能的騷亂。
多管齊下之下，各地的屯堡建設得以迅速展開，聚集在各城鄉的流民被組織起來，投入到了轟轟烈烈的屯堡建設之中。
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軍隊的整編已經接近尾聲，石偉宸終於抽出了時間，在吳陽清的陪同下來到和州查看屯堡的修建進度。
石偉宸看著眼前的吳陽清推薦的軍需官，細細的打量了半天。此人是至正十三年年底才前來投奔的流民之一，二十七八歲的樣子人長得高高瘦瘦的，膚色黝黑，十分年輕。據他說原本是個秀才，家道中落後在濠州的一個店鋪做過賬房，能寫會算，後來紅巾軍攻占濠州，他所在的那一家店鋪被亂兵洗劫，不得已逃亡到鄉間，給地主家當教書先生，後來圍攻濠州的元軍被石偉宸擊敗，亂兵散入鄉間為害一方，他所在的地主家又遭了兵災，不得已又逃了出來，投奔了滁州從了軍。