待攻下廬州後，左君弼必須讓出已經攻下的廬江縣，他臉上一副吃了大虧的樣子，實際上卻心中竊喜，畢竟他的實力不能與石偉宸相比，他除了手中的廬江縣，左君弼並沒有太多談判的本錢，用一個小小的廬江縣換取石偉宸協助攻打廬州，不插手巢湖以北各縣的保證，這對於左君弼來說是一筆很劃得來的買賣。
兩軍雖然達成了協議，不過石偉宸卻不打算立刻動手攻打廬州，聯合左君弼攻打廬州是為了穩定後方，為南下江南創造條件，不過穩定後方並不是打掉廬州就可以解決的。還有大量的事情要做。
鎮遠軍的整編進行的一直相當順利，僅用了不到十日便完成了，新編成的鎮遠，定遠，懷遠，靖遠，龍驤五個軍的各支部隊皆已進入各自駐地，其中定遠軍由常遇春率領駐紮定遠縣，懷遠軍由華雲龍率領駐紮滁州東麵的來安縣，靖遠軍由馮國勝率領駐紮和州，而鎮遠軍和龍驤軍與直屬於總管府的兩個步軍營一同駐紮滁州，整編至此已經基本完成。
軍隊的整編不僅僅是營伍之間的簡單調換，隨之而來的還有大量的人事變動，各軍雖然都新任命了都指揮使和各層軍官，但是這些人要熟悉部隊還需要一段時間，新組成的部隊各營之間還需要磨合，短時間內是無法投入戰鬥的。
因此石偉宸才沒有選擇立刻攻打廬州，他需要部隊再休整一段時間，現在還是五月份，至少還要休整一個月。在這段時間裏，石偉宸還有更重要的一件事強要做，那就是修造屯堡。
元末災荒連年，兵連禍結，動蕩的社會環境導致大量農民逃亡，大片的田土被拋荒，許多地方十室九空。石偉宸所占據的滁和兩州雖然談不上是重災區，不過情況也好不到哪裏去，尤其是靠西邊的和州一帶，由於徐壽輝部紅巾軍與元軍的反複拉鋸戰，此地的生產遭受了極大的破壞，人口逃亡大半。石偉宸占據滁和兩州後努力穩定社會秩序，輕徭薄賦，恢複生產，不但製止了農民的繼續逃亡，穩定生活環境反倒還吸引了大量的流民前來投靠。
自從至正十三年夏秋之際，便開始有一些流民陸陸續續進入石偉宸的轄區，這些流民大多都是老實巴交的農民，對生活待遇要求甚低，隻求一口飯吃，倒是為石偉宸提供了充足的兵員。
剛開始流民的人數並不算很多，還在石偉宸的承受範圍之內，不過隨著流民人數的日漸增多，石偉宸開始吃不消了。賈魯率領十萬元軍兵圍濠州城，戰火導致附近農民紛紛逃往別處，大部分都湧入了石偉宸的轄區，截止到至正十四年春夏之交，青黃不接之際。湧入滁和兩州的流民總人數足足超過二十五萬之眾，之前那種零散的安置方式已經不能解決愈來愈嚴重的流民問題，而且隨著安置的流民人數越來越多，流民與當地居民的矛盾也日益嚴重，圍繞著一些雞毛蒜皮的小事爭鬥不斷，大大小小的械鬥時有發生，治安也隨之變得混亂起來，這迫使石偉宸必須找到一種合適的方式來安置這些流民。
曆朝曆代，流民始終是一個大問題，若是處理得好，石偉宸可以平白增添大量青壯勞動力，是自己的實力更上一個台階。若是處理不好，輕則餓殍偏野，重則流民變流寇，其破壞力之強大甚至可以斷送一個王朝數百年的國運，比如明朝。有鑒於明朝滅亡的“後車之鑒”。石偉宸在對待流民問題上不得不慎之又慎。
經過與馮國用等文官的討論，石偉宸最終決定用屯堡的方式來解決流民問題。幾乎在石偉宸大刀闊斧整編軍隊的同時，組織流民建設屯堡的計劃也被提上了日程，石偉宸新設定的屯堡製度並非秦漢和南北朝時期的那種相對簡單的屯堡製度，而是融合了王安石的保甲法，隋唐時期的均田製和後世的農業合作社製度創立出來的新式屯堡製度。