11月6日大選結束後，林肯瀏覽過雪片般的賀電，穿過熙熙攘攘的人群，進家的第一句話是：“瑪麗，我們當選了。”他們擁抱在一起以示慶賀。次年2月6日晚7～12點，林肯夫婦舉行了家庭告別晚會，幾百個“女士和先生”，“本州的政界名流和四鄰的名媛紅人”來到林肯家裏，當選總統站在靠近前門的地方與來客握手，他身旁是不足17歲的羅伯特和林肯夫人以及她的四個姐妹。此時林肯已滿52歲，林肯夫人也已43歲了。
再一次的失子之痛
1862年，林肯夫婦的第三個兒子剛滿12歲的威廉病死於白宮，瑪麗痛苦得難以自拔。她呆在房間內3個月沒露麵，祈求威廉重返人世，甚至請巫師在白宮為威廉舉行了降神會。
一年過去了，林肯夫人的情緒剛剛穩定下來，正在哈佛大學讀書的長子羅伯特來請求母親允許他離開學校去參軍當兵，為國盡力。瑪麗對此焦慮不安。她的妹妹埃米莉.托德.赫爾姆在1863年11月間的一篇日記中這樣寫道：“她（林肯夫人）為兒子羅伯特的參軍之事感到驚惶不安。她今天對林肯大哥說：林肯先生，我當然明白羅伯特要求參軍是一種勇敢高尚的舉動，我也願意他去。可是，唉！。我害怕極了，擔心他也許永遠也回不到我們的身邊了！’林肯這樣說服妻子：‘瑪麗，多少可憐的母親都已忍痛作出了這種犧牲，送走了她們的每一個兒子，而且永遠地失去了他們’。”
不過，在瑪麗的一再堅持下，羅伯特總算念完了大學才在內戰即將結束時參了軍。林肯顯然在征求了夫人的意見之後，在1865年1月19日寫信給格蘭特將軍：“我兒子今年22歲，剛從哈佛大學畢業，他希望在戰爭結束之前增長一些有關戰爭的見識，我並不希望他正式當兵，也不希望他當軍官……”並說讓他的兒子當一名不領軍餉或津貼的自願參軍的隨從副官即可。格蘭特則按照部隊規定任命羅伯特為上尉和副官處副處長，並派他到陸軍總司令參謀部工作。
這時，林肯夫人似乎恢複了平靜，恢複了白宮的娛樂活動。她還花了大量時間和精力去醫院慰問傷員及其父母，穿著華麗的衣服、戴著昂貴的珠寶，意圖想忘卻她的煩惱。
醋意大發的女人
也許是嫌林肯在指揮內戰時的麻煩事還不夠多吧，瑪麗繼續給他添著麻煩。就在戰爭結束前不久，林肯總統與夫人到前線檢閱軍隊。他們乘船沿著波托馬克河來到切薩皮克灣的下遊。從這裏，林肯與格蘭特將軍騎馬去檢閱12英裏外的波托馬克部隊，而他們的妻子則由格蘭特將軍的助手亞當.巴多將軍陪伴著坐馬車旅行。
談話中，巴多將軍偶然提到前線軍隊的軍官夫人們都被要求回到後方去，隻有查爾斯.格裏芬將軍的妻子格裏芬夫人——華盛頓上流社會最有名、最漂亮的夫人——例外，她是得到總統的特許才留下來的。聽到這兒，林肯夫人的火騰地一下上來了：“你這話是什麼意思,先生”瑪麗正言道，“你是說她單獨見過總統，你知道我從來就不允許總統單獨會見任何女人嗎？”看來她是絕對愛戀著貌不驚人的亞伯拉罕.林肯的。
巴多將軍知道自己說走了嘴，趕忙竭力勸慰瑪麗平靜下來，並不斷敷衍著。而瑪麗卻更加惱怒了，“你那是一種很可疑的好意，先生。”她板著麵孔說道，“趕快讓我下車，我要去問問總統，看他是否單獨會見過那個女人。”瑪麗這樣生氣，也是另有原因的。她在華盛頓上流社會的交往中從很大程度上說沒有取得預期效果，甚至可以說是失敗了，因為在她主辦的一次白宮正式宴會中，竟有80多人婉言謝絕邀請。特別是華盛頓的那些社會名流們——可能包括格裏芬夫人——在不久以前還把她看成是通敵嫌疑犯。
格蘭特夫人看到形成僵局，不得不出麵勸解，但林肯夫人仍堅持讓馭手停車，並伸手抓住了馬車欄杆，結果馬車反而跑得更快了。在格蘭特夫人的好言安慰下，林肯夫人才平靜下來。
第二天上午，夫人們與總統一起去訪問波托馬克河北岸奧德將軍指揮的詹姆斯兵團。他們先乘汽艇沿江而上，然後男人們騎上馬，林肯夫人與格蘭特夫人則坐著一輛救護車走在前麵，由巴多將軍、波特上校陪同。奧德夫人看到救護車已經坐滿，隻好騎上馬，陪著總統走了一會兒，並很快走到林肯夫人的車前去了。嫉妒心極強的林肯夫人完全被激怒了：“那個女人想幹什麼，她騎的馬離總統那麼近。還跑到我前麵去了！她自以為總統願意要她在身邊走嗎？”瑪麗狂怒不已，語言和舉止也變得不像第一夫人了。
格蘭特夫人柔聲細語地勸說，林肯夫人反而遷怒於她。車裏的人擔心瑪麗會跳下車去，對著整個車馬隊大喊大叫。還好，這一次是林肯夫人自己轉移了話題，她對格蘭特夫人說：
“我想，你一定認為你有朝一日也會當上白宮的女主人，不是嗎？”格蘭特夫人平靜但很嚴肅地回答道，她對目前的地位很滿意，而且早已超過了自己原來所期望得到的位置。不過林
肯夫人卻一本正經地說：“噢！如果能夠做到，你最好去當吧。這很好。”然後她又把矛頭轉向了奧德夫人。
正在這時，車隊停了下來，國務卿的侄子、奧德將軍參謀部的軍官西華德少校騎馬來到救護車前，俏皮地說了句：“總統騎的馬真是好色，林肯夫人。它非要貼著奧德夫人身邊走不可。”這無異於火上澆油。林肯夫人簡直是咆哮了：“你這是什麼意思，先生”西華德少校驚愕地吐吐舌頭，他的坐騎很快往後退了幾步，回到原來的位置。
當到達目的地時，渾然不知的奧德夫人來到救護車旁準備攙扶總統夫人。林肯夫人明顯地要侮辱她，當著大批軍官的麵叫她的諢名，並質問她緊跟著總統要打什麼鬼主意。可憐的奧德夫人眼含委屈的淚水，不知道自己到底做錯了什麼事。然而林肯夫人不依不饒，大吵大鬧，直到自己感到很累了才停下來。在場的人都被這一情景驚呆了，甚至感到可怕。
當晚，林肯總統和夫人在汽艇上設宴招待格蘭特將軍夫婦及其下屬。林肯夫人當眾對著總統訓斥奧德將軍，要求總統罷免他。並說，他是不稱職的將軍，而他的妻子就更不必說了。顯然，幾乎所有的人都認為瑪麗做得太過分了。
林肯被刺悲痛欲絕
林肯發表第二次就職演說後一個月，內戰以南方軍投降而結束。一直緊繃的弦該鬆弛一下了。林肯提出到福特劇院去看一出《我們美國的表兄弟》，瑪麗欣然允諾，並打算邀請格蘭特將軍夫婦一起去。
1865年4月14日，格蘭特夫人因不喜歡瑪麗而找借口推掉了邀請，他們便要求亨利.R.路德布尼少校和他的財政部長克拉拉.哈爾斯代替他們去。
當天晚餐時，瑪麗頭痛得厲害，勸林肯不要去看戲了，但林肯堅持去，瑪麗隻好陪同前往。
就在第三幕正演到精彩之處時，一個窮凶極惡的南方同情者約翰.威爾克斯.布恩特持槍向總統射擊。瑪麗尖叫一聲：“他把總統打死了！”尖叫聲穿透了整個大廳，令劇場的人毛骨悚然。聞聲趕來的醫生們為總統做緊急搶救。瑪麗哭喊著對奄奄一息的林肯說：“活下去！你必須活下去！”然而，說什麼也沒有用了。
瑪麗始終未能從這次打擊中恢複過來。她完全陷入絕望中，以致都未能參加總統的葬禮。她在白宮大病了一場，整整5周臥床不起，整天念叨著林肯，求他把她一同帶走。就在她悲痛萬分之際，強盜們又把瑪麗幾個月前精心購置的家具和首飾盜走不少。一些心懷不滿的人竟然指控瑪麗本人盜走了白宮的這些物品。
後來，瑪麗的心境逐漸平靜下來，於是就打算搬出白宮。1865年6月9日，她帶著兒子離開了白宮，搬到芝加哥的一家旅館，而不願回到斯普林菲爾德。
孤獨而慘淡的暮年
瑪麗離開白宮後不久，就開始為如何支付巨額債務而發愁。1862年兒子威利死後，她曾發瘋似的購買衣料而欠下債。林肯為瑪麗留下了8.5萬美元的遺產，但瑪麗遷出白宮後在芝加哥購置了房屋，為此花掉了一大筆遺產。由於日益嚴重的對貧困的病態恐懼，她向國會請求財政援助，並呼籲公眾支持她，於是再一次招來了對她吝嗇和奢侈的猛烈攻擊。她試圖在紐約拍賣她的長袍和珠寶，沒有成功，結果卻招致了對她的品格和行為的新的攻擊。不管如何，美國國會在經過討論和爭辯後於1870年通過一項決議，決定每年向瑪麗提供3000美元撫恤金，1882年時又增加到5000美元。
1868年l0月，瑪麗帶著小兒子泰德到歐洲定居，先是在德國，後又到了英國。但她抑鬱的心情並未好轉，頭疼病一再複發。由於健康狀況的惡化，1871年母子倆又返回美國。
1871年7月，泰德著了涼，一直病了幾個星期。不久病情惡化，先她而去。從此，瑪麗日漸消瘦，精神狀態變得越來越差。這最後的打擊使她再也無法承受了。她的恐懼症不斷加重，總以為有人企圖傷害她，甚至害怕吃飯睡覺。大兒子羅伯特已是芝加哥一名出色的律師，他本想在芝加哥的旅館中好好照顧母親，可她那乖張的行為迫使他要送她去療養院。當時她瘋狂地、像傻子一樣地亂花錢，並且半裸著身子在旅館大廳裏遊來蕩去，還常常害怕有人跟著她，說自己覺得有“一個印第安人”正拿鐵絲挖她的雙眼。
盡管她常常犯病，可她對兒子要求自己接受治療的方案表示非常不滿，指控兒子試圖害死她。在醫院住了不到4個月之後，她又重回斯普林菲爾德和妹妹、妹夫住在一起。
這種安排也不奏效，一年後，她又返回歐洲。在法國，她摔了一跤，背部受了傷，最後，她又重返她在斯普林菲爾德的家。
羅伯特和女兒瑪麗也來斯普林菲爾德看望她，羅伯特請求媽媽原諒自己，瑪麗說她會原諒他的。
瑪麗最後的歲月充滿著痛苦和孤獨，內心更加混亂，並已對公眾的批評麻木了。她一直待在姐姐家的二樓臥室裏，癱瘓，眼睛已半瞎。1882年7月16日，瑪麗中風昏迷不醒，悄然病逝，終年64歲。她的遺體安葬在斯普林菲爾德的奧克羅傑公墓，緊挨著林肯的墓。