1950年1月23日，傅斯年在台灣大學貼出公告“致台大同事同學”，全文如下：
諸位同事先生及同學：
近日校外校內傳言斯年將去國，將辭職，同事同學頻來問訊，敬聲明如下：
一、我之身體雖壞（久患血壓高），然久病之後轉不以為念。絕無於此困難之時，舍同事同學他去之理。
二、去年中華教育文化基金董事會以在美開會，須國內去人方足法定人數，故曾來電約去，期為2月8日。斯年以為此時去開會，必有謠言。明知有此一行，或可為台大募幾許錢，然權衡輕重，仍不去，故當時立即電複不去（來往信件均在陳秘書渝生處，願看者可自由取閱）。
三、半年多，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以台大為其殖民地為憾。然彼等原不知大學為何物，故如遂其誌，實陷本校於崩潰。鑒於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥（下次校刊中登出此事有關文件）。
1950年12月20日下午，傅斯年列席省議會第五次會議。參議員郭寶基谘詢有關台大的問題，包括國民黨□□從大陸運到台灣保存在台灣大學的教育器材的失盜和放寬台大招生尺度問題。素來疾惡如仇的傅斯年大受刺激，情緒失控，突發腦溢血，倒在議會大廳，經搶救無效，當晚去世。12月31日，是傅斯年追悼大會舉行的日子，追悼會在台灣大學法學院禮堂舉行。禮堂正中，懸掛著“國失師表”的挽幛。史語所的挽聯是：
廿二載遠矚高瞻，深謀長慮，學術方基，忍看一瞑；
五百年名世奇才，閎中肆外，江山如此，痛切招魂。
台灣大學的挽聯是：
早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子；
忍看銘旌，正滿天雲物，斯人去也。哀鴻況百萬蒼生。
錢穆的挽聯是：
文章一世人何在?
風義千秋史必存!
聽說傅斯年猝然離世，留在嶺南大學的同窗、姻親陳寅恪既震驚又傷感。他以隱喻的方式述心曲，寫了一首題為《霜紅龕集望海詩雲：“一燈續日月，不寐照煩惱，不生不死間，如何為懷抱”感題其後》的詩，詩曰：
不生不死最堪傷，猶說扶餘海外王。
同入興亡煩惱夢，霜紅一枕已滄桑。
《霜紅龕集》是清初傅青主的詩文集，陳寅恪借以暗喻傅斯年。他將此詩分贈故舊門生，以寄哀思。寓居美國的胡適寫信給傅斯年的□□俞大綵：
自從孟真的不幸消息證實以後，我天天想寫信給你，總寫不成！十月廿一日我發了一短電給你。……孟真的天才，真是朋友之中最傑出的，他的記憶力最強，而不妨礙他的判斷力之過人。他能做第一流的學術研究，同時又最能辦事，他辦的四件大事：一是廣州大學的文學院（最早期），二是中央研究院史語所，三是北大的複員時期，四是台大，都有最大成績。這樣的Combination世界稀有。我每想起國內領袖人才的缺乏，想起世界人才的缺乏，不能不想到孟真的膽大心細，能做領袖，又能細心周密的辦事，真不可及！