耿、李聞成功殂，使中軍王明、李有功持書入廈門，議招撫。鄭泰與洪旭、黃廷、蔡雷鳴議曰：‘先王東征之日，猶有權宜通好之意。今沿海遷移，慘至此極；縱不為他省計，獨不為桑梓計乎’？因請於世子；世子曰：‘先王開國東都，草創未平，遽爾崩殂，餘將東承遺緒；諸君苟能息兵安民，無墮先王一生孤貞苦節，甚善’。泰等議照朝鮮例，遣楊來嘉入京侍命；不報，來嘉回。時世子複書於耿、李雲：‘日在鷺、銅，多荷指教。讀“誠來誠往、延攬英雄”之語，雖不能從，然心異之！頃承惠書，尚襲遊說之後談，豈猶是不相知者之論乎！東寧偏隅，遠在海外，與中國版圖渺不相涉；雖夷落部曲日與為鄰，正如張仲堅遠絕扶餘，以中土讓太原公子；閣下亦曾知其意乎？倘能延攬英雄、休兵息民為念，即靜飭部曲，慰安邊陲；羊、陸故事，敢不勉承！若夫疆場之事，一彼一此，勝負之數自有天在，得失難易，閣下自知，亦無容贅也’。
遣戶部郎中賁岱、兵部郎中金世德入閩，安插投誠各官。
時既遷界，遣滿漢兵部、戶部郎中各一員，安插海上投誠官員；上下相蒙，真偽莫別。武職率眾降者，照原銜議（原文為謹）敘；隻身降者，降三級；文官亦降二級補授。又有武改文之例；都督改副使，副使改僉事，參、遊改同知。或目不識丁，謬膺監司；力無縛雞，濫受總兵。斯時，幸功名者多藉此為捷徑。
冬、十月，明招討大將軍世子鄭經入東都。
成功既殂，黃昭奉成功弟世襲為護理，謀將嗣位；世子經乃偕陳永華、周全斌、馮錫範率兵東渡。十月晦，世子至。十一月朔，黃昭會諸部來攻。值大霧晝暗，諸將皆迷失道，獨昭先至，破營而入，世子潰，幾為所困；周全斌率左右數十人力戰，昭中流矢，斌斬以徇。忽而霧消天朗，日向午矣。其眾驚潰，皆曰：‘吾君之子也’！悉投戈降。世子慰諭之，遂入安平鎮；收殺李應清、蕭拱辰、曹從龍等，餘皆不問。曰：‘令反側子自安’。使人請世襲至，待之如初。
鄭經以賞勳司蔡政為審理所正，巡訪封內。
東寧初開，南、北二路之人猶尚夷習，相沿侈靡，等威無別。成功方欲遣官敷教，會疾革，不果。至是，鄭經以政為審理所正，巡訪其地。所至，毀淫祠、崇正道、定製度、別尊卑，民悉向化，知所率循。
十一月，鄭經以左虎衛黃安為勇衛將軍。
安，雄勇善戰，從成功起兵；累升至左衝鎮。隨攻南京，既克鎮江，成功命安總督水師，守三叉河；成功兵潰，安斷後，保全諸軍回桌，擢左虎衛。從征台灣，領先鋒印；親冒矢石，遂平其地。及成功殂，世子至台，會黃昭之變，在台諸將鹹擁兵觀望；獨安率所部來援，力戰破之。世子曰：‘世亂識忠臣，非君吾幾不保’！因約為婚姻，裂襟與之。事定，升為勇衛將軍；尋以女（原文為子）妻其子。
癸卯、二年（明永曆十七年）春、正月，明招討大將軍世子鄭經自東都回思明州。
經既定內難，祭告先王；調諸將分守各汛，自率周全斌等及其叔世襲回思明州。是年，永曆訃至；經猶奉正朔，稱永曆十七年。
鄭經以審理所正蔡政兼理思明州事。
時經因遷界，外給不至；而軍需迫切，民苦征役。以政有長才，命兼理思明州事務；政虛心撫字，斟酌用緩，均勻甲裏，嚴革濫蔭：凡所興除，悉因利害，島人皆德之。
夏、六月，鄭經執其戶官鄭泰幽之；泰自殺。
泰守金門，貲以百萬計。經自東都回，得泰與黃昭往來書，疑其有異誌；泰不自安，稱病不入謁。經欲襲之，或勸泰勒兵見經自白；泰曰：‘吾今救死而已！若稱兵，適重吾罪也’。又勸其投清；泰曰：‘芝龍已誤，豈容再誤’！遂艤舟待命。陳永華謀以世子將歸東都，命泰居守，鑄居守印，差協理吳慎齎至金門授之；泰猶豫未敢入謝，弟鳴駿力讚其行，遂帶兵船及餉銀十萬赴思明州進見。鄭經慰勞畢，遂托更衣以入；永華即榜泰之罪，並出所與黃昭往來之書示之。泰欲向辨，洪旭曰：‘無庸也’；挽之別室幽之。周全斌率兵並其船；獨蔡璋一船逸出金門。鳴駿倉卒與泰子纘緒率諸將及眷口下船，入泉州港投誠；船凡二百餘號、精兵八千人、文武〔官〕數百員，周全斌追之不及。泰聞之，遂自縊；詔封鳴駿為遵義侯、纘緒為慕恩伯，同降文武官班賞、敘用有差。
秋、七月，鄭經以思明州蔡政為協理刑官，使日本。
先是，傳鄭泰有銀巨萬寄日本。鄭經使政往征以佐餉，倭首酋已將原銀包封付政。適泰弟鳴駿亦使人持勘合至，倭首酋以其有據也，將欲與之；政告之曰：‘鄭泰，我國故司農也，糧餉由其掌握；所寄乃我主國帑，於義取之固當’。倭人韙之；乃皆不發，而收貯以待後命。
鄭經以黃而輝為思明州知州。
〔而〕輝，黃廷之子。自鄭鳴駿投誠，鎮營多叛：右武衛楊富、左武衛何義、忠靖伯陳輝、參軍蔡雷鳴等皆先後來降。八月，前提督黃廷自銅山入見鄭經，經慰勞之。
九月，荷蘭紅夷犯兩島。
紅夷糾集甲板船十六隻、夷兵數千，會靖南王及總督同攻金、廈兩島；約事定之日，築城浯嶼貿易；如廣東香山澳例。總督李率泰遂議平島。
冬、十月，靖南王耿繼茂、總督李率泰督滿、漢投誠官兵及紅夷甲板破思明州。
繼茂、率泰調投誠官兵船隻同甲板出泉州，以陸路提督馬得功統之；自引小船從同安出，海澄公黃梧、水師提督施琅出海澄。鄭經部分死士，令周全斌迎戰。十九日，遇得功於金門烏沙頭，時甲板十四隻、泉州戰艦三百餘號，全斌以十三船直衝其〈舟宗〉，往來攻擊，剽疾如馬，紅夷炮無一中者。得功兵望見，披靡不敢前；得功殿後，為全斌所破，赴海死，舉船兵眾皆歿。已而，繼茂、率泰、黃梧、施琅各濟師，鄭經以寡不敵眾，遂棄思明州及金門，退守銅山。繼茂等兵入島，男女童稚虜掠一空，遺民數十萬靡有孑遺；遂墮其城、焚其屋，棄其地而回。先是，有“嘉禾斷人種”之讖；至是果驗。
十二月，鄭經至銅山。
金、廈既破，經收餘眾退屯銅山；而兩島之舊將、殘兵、官員、紳士無船可渡者，或投誠、或逃遁，流離失所，死亡殆盡。
甲辰、三年（明永曆十八年）春、正月，明五軍都督周全斌來降。
鄭經駐銅山，諸軍乏糧，周全斌欲襲洪旭而並其船；旭亦防之。值海風大作，船各飄開，全斌遂率所部入漳投誠；詔封為承恩伯。而洪旭以杜輝守南澳；輝亦掠旭輜重歸誠。