父親通過這個事例，向李時珍講起了祖國醫學中辨證施治的道理。所謂“辨證”，就是綜合病人所出現的各種症狀，以及一切與疾病有關的因素加以分析，來探求病變的性質和機轉，從而了解疾病的本質，作為施治的準則。東漢醫學家張仲景，在《內經》等古典醫籍的理論基礎上，運用辨證施治的醫療規律，進一步豐富和發展了治療外感病及其他雜病的醫學理論和方法。張仲景在多年的臨床診斷中，總是先檢查病人的身體，觀察病人的氣色，聽聽病人的聲音，然後問問病人的症狀，再檢查一下病人的脈搏，最後就綜合檢查的結果分析病情（即望、聞、問、切），從而得出一個陰、陽、表、裏、寒、熱、虛、實的“辨證施治”方法。
李月池又對李時珍說：“醫藥學裏的學問多得很，要成為一個受人歡迎的醫生，除了從前人書本中獲得知識，更要重視臨床實踐和民間的經驗。”
從這時起，李時珍在父親的指導下，閱讀了大量的醫書，如《素問》、《靈樞》、《傷寒論》、《金匱要略》、《脈經》、《諸病源候論》、《千金要方》等等。
為了幫助李時珍更好地學習醫學著作，父親又親自把他送到顧家拜師。這人姓顧，名問，字曰岩。他18歲便在全國統考中成為進士，在福建省當了多年大官，學問淵博，是全國為數不多的理學名家。顧問是蘄州人，歸隱後，回到家鄉，在“陽明”、“崇正”兩個書院中講學。顧問名氣很大，全國各地的人都跑到蘄州來拜他為師，已有學生數百人。
李時珍拜師後，與顧問情趣相投，詩詞唱和。顧問曾經說了一句詩：“遠山隔林靜”，叫李時珍對，他即對曰：“明霞對客飛”（《百茅堂全集家傳》師徒二人，誌同道合，並好言相證，即宋代理學的四個主要流派。李時珍生活的明代中期，程、朱理學已被張揚開來，成為認識論上一大突破。程頤提出“格物致知”，“格物”就是窮究事物的道理；“致知”，就是將認識轉化為理性知識。朱熹在此基礎上，更進一步提出了縝密漸進的係統認識方法論。這種詳析事物、窮究道理的思想，使李時珍受到極大熏陶，對他編著《本草綱目》有很大影響。
顧問家有一個藏書樓，裏麵擺滿了古色古香、用漆漆得黑裏透紅的書櫥，裏麵裝滿了經、史、百家的書籍成千上萬卷。顧問對李時珍說：“這個書庫，是我家最有意義、最有價值的財產。我教學生，第一個要求就是每個人必須博覽群書、搜羅百氏，這樣才能在前人積累的知識根基上，有所創造，成就一番事業。”
李時珍牢牢地記住了老師的話。在顧家的藏書樓裏，他精讀了醫藥學的經典著作，有葛洪的《抱樸子》、王安石的《字說》、陸羽的《茶經》、賈思勰的《齊民要術》、陶弘景的《名醫考源》、孟說的《食療本草》等等，同時還旁及其他各類叢書。一般來說，子、史、經、傳、聲韻、農圃、醫卜、星相，樂府諸家，無不廣泛瀏覽。經過幾年的學習，學問大有長進。
李時珍在顧家時常遇到一個青年人，這個人風流倜儻，談吐不凡。經過幾番接觸，他們非常投機，很快成為莫逆之交。這個青年姓郝，名守道。郝家也是蘄州四大名門望族之一。守道的哥哥守正，當過懷慶府的知府，在地方上很有勢力。守道酷愛醫學，精於內功，又愛遊覽名山大川，閱曆豐富。他和李時珍一樣，對各種事物都肯下功夫研究，反對墨守成規，主張經世致用，大膽創新，他有許多獨到的見解，對時珍幫助很大。
李時珍平時除了跟父親學習醫術，聽顧問老先生講學之外，常和郝守道一起探討各種問題。
一天，秋高氣爽，李時珍和郝守道一起來到長江邊的鳳凰山上。在據說是李白、杜甫曾經到過的白甫崗上的一棵古柏下，兩人促膝談心，麵前還擺著一本葛洪的著作《抱樸子內篇》。
葛洪是晉代著名的醫學家、煉丹家。葛洪的《抱樸子內篇》加卷，其中“金丹”、“仙藥”、“黃白”三卷，記載了戰國以來煉丹術，煉丹術是古人為求“長生”而煉製丹藥的方術。對於葛洪的著作，曆來爭議很大，仁者見仁，智者見智。李時珍對《抱樸子》中的理論和用藥很反感。他對郝守道說：“葛洪說，人生命的長短，是預先由天上的星宿決定的。如果個人的命是屬生星的，這個人必然信仰仙道，得以長生；如果一個人的命是屬死星的，這個人就不會信仰仙道，就要短命。既然一個人的長生與否是命中決定的，長生者何必勤修若煉？隻坐待成仙就行了。”