1988年，上海市確定高中畢業會考為高中9門必修課，高考必考科目為語文、數學、外語，其他6門課程分別與必考科目組成6個科目組，考生根據報誌願學校的要求，參加一組或幾組的考試，並規定隻有高中畢業會考合格的考生，才允許報考大學，高考錄取時參考會考成績。
6月，國家教委領導朱開軒、柳斌與有關司局負責人聽取浙江考試改革方案的彙報，並充分肯定浙江建立高中會考證書製度與高考改革是教育工作中“突破性的重大改革” , “國家教委全力支持，希望浙江花大力氣抓好”。
10月，在上海經曆了3年會考開始高考改革時，李鐵映同誌就此作了指示：“關於考試製度，請教委組織理論討論會，比較各國考試製度的優劣、利弊。這是一項改革，對各類學校都是值得重視的一件重要事情。”在此，他把會考作為考試製度改革的一部分提醒教育界予以重視。
1989年1月，國家教委向中共中央政治局、國務院、全國人大常委會呈報了1989年第1號簡報，具體彙報了“浙江省實行高中證書會考效果好”。7月，國家教委頒發了教試字［1989］ 002號文件《關於試行普通高中畢業會考製度的意見》，力爭3年內在全國試行普通高中會考製度。
1990年3月，國家教委在浙江省杭州市召開了全國考試和升學製度改革工作會議。 6 月，國家教委下發教基［1990］12 號“印發《全國中學升學和考試製度改革工作會議紀要》的通知”。
1990年，國家教委在全國教育工作會議上把考試製度的改革作為基礎教育四項改革之一列入工作日程。李鐵映再次指出：“要改革高中考試製度。實踐表明，一些省、市試行的高中畢業會考製度，是一種有益的嚐試，各地要認真研究，積極試驗，總結經驗，逐步推廣。高考製度也將本著有利於中學全麵貫徹教育方針的原則，在適當時候進行改革。”
2．高中畢業會考實施階段。1990年3月，國家教委印發《現行普通高中教學計劃調整意見》的通知，公布了按會考要求進行調整的新的教學計劃。
1990年8月，國家教委下發了《關於在普通高中實行畢業會考製度的意見》，文件對部分省試驗進行了充分肯定，“自一九八三年教育部印發（83）教中字011號文件提出‘畢業考試要與升學考試分開進行，有條件的地方可按基本教材命題，試行初、高中畢業會考’以來，一些省、直轄市進行了認真試驗，積累了一些經驗，取得了良好效果。實踐證明，實行普通高中畢業會考製度，對於全麵貫徹教育方針，落實高中教學計劃，加強教學管理，克服文理偏科現象，全麵提高教學質量具有重要作用”。“因此，國家教委決定，從1990年起，用兩年左右時間，有計劃地在全國逐步實行普通高中畢業會考製度”。
這樣，全國各省都實行了高中畢業會考製度。黨中央、國務院為保證這項製度的實施，還把高中畢業會考與高考製度的改革寫進了《中國教育改革和發展綱要》，國家教委從1990年到1995年，共下發8個文件，對會考的目的、意義、實施辦法等都作了明確說明和規定。足見國家教委對高中教育這項重大改革重視的程度。
(1)普通高中畢業會考的主要內容。普通高中畢業會考是國家承認的省一級普通高中文化課畢業水平考試。文件中規定：凡思想品德表現（包括社會實踐）合格，會考成績達到學籍管理中畢業生文化課成績合格標準，體育達到合格標準的學生，可以取得普通高中畢業證書。
①會考采取考試與考查兩種方式。考試科目為：語文、數學、外語、政治、物理、化學、生物、曆史、地理。考查科目為：勞動技術課和物理、化學、生物的實驗操作。體育課由學校組織考試。
②各省、自治區、直轄市教委（教育廳）要根據會考學科中必修課教學大綱的基本要求結合本地教學實際情況，製定會考範圍標準，作為命題依據，使按照教學要求，堅持正常學習的學生，一般都達到會考的標準。
③各科考試與考查的時間安排，由各省、自治區、直轄市教委（教育廳）確定。要求考試於考查一律在本學科教學結束後進行，學完一門考一門。
④確定成績報告方式。會考考試科目原始得分用百分製，報告學生成績可用原始得分或等級分，逐步過渡到統一用等級分。考查科目分合格、不合格兩等。
(2)普通高中畢業會考實施辦法。
①考試由省、自治區、直轄市統一命題，統一施考，統一評卷，統一分析報告成績。
②考查科目，由縣（區）根據統一會考標準命題，並組織實施。
③綜合改革試點校與經過考察被授予向高校直接保送新生權利學校，經省級教育行政部門批準，可以不參加統一會考，由學校自行組織命題、考試。
④各省、自治區、直轄市的會考成績具有同等效力，省際的學生轉學出具的成績證明，接受轉學生的省、自治區、直轄市給予承認。
與此同時，文件對考試機構的建立，經費來源及使用，都作了明確規定。要求各省、自治區、直轄市教委（教育廳）必須高度重視這項工作，要有一位領導專門負責，做好各方麵協調工作。國家教委基礎教育司負責製定並解釋普通高中畢業會考製度的政策，確定會考的科目，指導各省製定普通高中畢業會考的實施方案與會考標準，監督和評價各省、自治區、直轄市實行普通高中畢業會考工作。國家教育考試管理中心負責對各省、自治區、直轄市普通高中畢業會考的命題、閱卷、成績評定等進行技術指導，培訓會考命題、考務幹部，監督會考的考務管理工作，比較並分析考試結果，向有關部門提供評價會考質量的信息，協調和指導普通高中會考的題庫建設。各省、自治區、直轄市要製訂具體的實施方案，加強對會考的管理，建立科學管理製度，督促各校嚴格執行教學計劃。
1993年8月，為了穩步推進與完善會考改革，原國家教委又下發了《關於穩步推進普通高中畢業會考工作的意見》。針對會考實施工作困難及出現的問題，指出：“會考製度在各地已初見成效，發揮了積極導向作用。實踐證明，實行會考製度開始扭轉了長期以來用高考升學率作為評價學校教學質量和高中生畢業水平的唯一標準的不合理做法，起到了端正普通高中辦學指導思想的作用；促進了教育思想從麵向少數學生轉向麵向全體學生，有利於調動大多數學校、教師和學生的積極性；有利於克服偏科現象，大麵積提高教育質量。”
要求各省、自治區、直轄市應盡快健全由普教部門負責的會考管理係統，保證必要的編製和經費，推動會考工作正常運轉。同時，要求各地“必須解放思想，實事求是，加強研究，大膽探索，不斷總結經驗”。命題中“要按嚴格、科學的程序，采取有效措施，保證會考命題質量”。在考務工作上，在保證考試權威性和信度的前提下，簡化考務工作，努力做到考務工作規範化，操作程序化，手段現代化。要求各地要“認真貫徹國家教育委員會、人事部、勞動部聯合下發的教基(1991)28號文件的精神，在招工、招幹中承認普通高中畢業會考成績。高等學校在招收新生時，可參考考生的高中畢業會考成績”。
1994年，國家教委基教司在河北省石家莊市召開了“全國普通高中畢業會考工作研討會”, 30個省、自治區、直轄市的代表參加了會議，總結、交流了各地試行會考製度的做法、經驗。
1995年1月，國家教委主任朱開軒在基教司《關於全國普通高中畢業會考工作的彙報》上批示：“我們大家都要做促進‘會考’製度進一步完善的‘堅定派’，高考製度改革步伐應加快。”國家教委副主任柳斌批示：“高中會考一要繼續堅持，二要抓緊完善，三要加強宣傳工作。”5月，國家教委在江蘇省張家港市召開“全國普通高中教育工作會議”，朱開軒主任在題為《認真貫徹“綱要”精神，大力辦好普通高中教育》的報告中指出：“普通高中會考是一項重大的改革措施”,“高中畢業會考製度應該堅持下去”。
1997年，國務院副總理李嵐清在全國中小學素質教育經驗交流會上所作的關於“高中會考要認真總結經驗，興利除弊，不斷完善，堅持下去”的指示，肯定了會考在高中教育中的功能作用。