1955年8月，朱衛華調任中共山西省委常委、組織部長。翌年8月召開的山西省委第一屆委員會第一次全體會議上，他當選為省委書記處書記、監委書記。從此，他一直主管山西省組織幹部工作和紀檢監察工作。
對組織幹部工作，他十分強調領導班子的思想、作風、組織建設。為配備好各級領導班子，他不僅要求組織部門的同誌經常下去對幹部進行全麵的曆史的考察了解，而且經常親自下去找幹部談心，了解幹部的思想、作風和工作情況。朱衛華十分關心愛護幹部，1958年他發現不少幹部由於勞累過度，生病人員增多，及時建議省委成立了省保健委員會，他親自擔任省保健委員會主任，醫院增設幹部病房，修建幹療院，對幹部的身體定期進行檢查。這一製度一直延續至今。
對培養年輕幹部，朱衛華傾注了大量心血。他認為，黨的事業需要成千上萬的接班人，而培養接班人有兩條路必須走，一是上黨校以增強政治理論修養和黨性鍛煉，二是放到基層領導崗位上壓擔子，進行實踐鍛煉。60年代，他親自主持把省直機關的一批優秀青年幹部下放到地、市、縣進行培養鍛煉，這些同誌經過實踐鍛煉，後來大都走上了重要領導崗位，有的還擔任了省委書記。1985年當他從省紀委領導崗位退下來之前，又鄭重地向省紀委推薦了一批優秀年輕幹部，這些同誌也都受到重用，擔任了重要領導職務。在注重幹部年輕化的同時，他還十分重視幹部的革命化。60年代，當他發現有些地方片麵強調幹部的年輕化而忽視其政治素質時，及時進行了糾正。他多次指出，隻注重幹部的年輕化而忽視其革命化是形而上學的，年齡沒有階級性，革命的有年輕人，不革命或反革命的也有年輕人，用幹部不但要看年輕不年輕，更要看他革命不革命。80年代中後期，他已退出領導崗位，但當有人提倡用生產力標準選拔幹部時，他敏銳地覺察到這種用人導向有偏差，所以表示反對，他認為使用幹部必須堅持德才兼備的原則和四化標準。事實證明，他的這些觀點和實踐都是正確的。
堅持實事求是
朱衛華長期主持山西省委的紀檢監察工作。他認為，必須對黨員不斷地加強黨性、黨風、黨紀教育，從人生觀、世界觀上解決問題，從製度上建立預防和製約腐敗現象的機製。他既對幹部嚴格要求，堅定地執行黨的紀律，又能做到不論在什麼樣的政治大氣候下，都堅持實事求是的原則，重事實，重證據，反對搞逼供信。“三反”“五反”運動時，朱衛華擔任察哈爾省委秘書長，當時宣化地區向省委報了一樁“白糖貪汙大案”，說當事人貪汙了幾十噸波蘭進口白糖。省委認為這是一隻“大老虎”，派朱衛華帶隊督查處理。到達宣化後，朱衛華不是隻聽彙報，而是親自查閱證據，結果發現該案有許多疑點。經過多方查證落實，終於在海關找到了進口這批白糖的原始材料，證明不存在貪汙問題，於是避免了一起重大冤案的發生。當事人感激不盡，而朱衛華卻指出，當事人沒有貪汙卻承認貪汙，這也是錯誤的，不實事求是，所以也給了這個同誌警告處分。
1956年到1957年農業合作化實現不久，他深入晉南、晉東南考察農村工作，不帶隨員，不通知地、縣領導，直接深入田間地頭，察看土地墒情和莊稼長勢；走村串戶，了解群眾生產情緒和農民生活情況。在掌握大量第一手資料的基礎上，他向地、縣領導提出工作建議，幫助農民和基層領導解決問題，深受農民群眾的歡迎和擁護。1958年“大躍進”時，他對離奇的高指標、浮誇風深表懷疑，當他知道在侯馬發現“畝產萬斤紅薯”是用大頭針串起來的情況時，明確指出不能搞弄虛作假；當在保德視察時發現，煉鐵土爐還沒有裝爐但在第二天早晨卻廣播說已放了“衛星”，他當即找忻州地委負責人說：“這不行啊！這樣做群眾是不滿意的！”
當時各條戰線都在放“衛星”，監察部門有的同誌提出，處理人也要放衛星，朱衛華明確表示反對，並強調指出，處理人要慎之又慎，決不能趕時髦、放衛星。70年代末、80年代初，在處理幾位地委書記的政治錯誤時，有的人無限上綱，提出要追究這些人的刑事責任。朱衛華嚴格把關，多次召集有各方人士參加的座談會，征求意見，核實材料，最後根據黨的政策提出了恰如其分的處分意見，被省委和中央采納、肯定。
“文化大革命”開始後，山西造反派的一個頭頭找朱衛華，讓他參加奪省委的權，他義正辭嚴地堅決拒絕：“省委不是黑省委。我和衛恒、王謙、王大任一起工作多年，他們不是走資派。如果他們是走資派，我也是走資派，我堅決反對奪省委的權。”不久，朱衛華被揪鬥、抄家、趕出家門。省委被奪權後，有些同誌情緒低落，找朱衛華談心，他堅定地對這些同誌說：“不要怕，隻要我們不是走資派，那麼，他們造反派奪了權，將來我們再奪回來嘛！”他被審查期間，掃廁所，挨批鬥，但他堅定沉著，相信自己不是走資派，不寫虛假不實的證明材料，不說違心話，不辦違心事，表現了一個共產黨員的崇高品質和堅強的黨性。