蔡校長閱報後，乃即寫“為說明辦學方針，答林琴南君函”，送《公言報》發表，茲擇要節錄數段如下：
公書語長心重，深以外間謠諑紛集為北京大學借，甚感。惟謠諑必非實錄，公愛大學，為之辨正可也。今據此紛集之謠諑，而加責備，將使耳食之徒，益信謠諑為實錄，豈公愛大學之本意乎？原公之所以責備者不外兩點：一曰“覆孔孟，鏟倫常”；二曰：“盡廢古書，行用土語為文字”。請分別論之。
對於第一點，當先為兩種考察：（甲）北京大學教員曾有以“覆孔孟，鏟倫常”，教授學生者乎？（乙）北京大學教授曾有於學校以外發表其“覆孔孟，鏟倫常”之言論者乎？
請先察“覆孔孟”之說。大學講義涉及孔孟者，惟哲學門中之中國哲學史。已出版者為胡適之君之《中國上古哲學史大綱》，請詳閱一過，果有覆孔孟之說乎？特別講演之出版者，有崔懷瑾君之《論語足征記》，《春秋複始》。哲學研究會中有梁漱溟君提出“孔子與孟子異同”問題，與胡默青君提出“孔子倫理學之研究”問題，尊孔者多矣，寧曰覆孔？
次察“鏟倫常”之說。常有五，仁、義、禮、智、信，公既言之矣。倫亦有五，君臣、父子、兄弟、夫婦、朋友。……在中學以下修身教科書中，詳哉言之。大學之倫理學涉此者不多。然從未有以父子相夷，朋友不信，教授學生者。大學尚無女學生，則所注意者，自偏於男子之節操。近年於教科書以外，組織一進德會，其中基本戒約，有不嫖，不娶妾兩條。不嫖之戒，決不背於古代之倫理。不娶妾一條，則且視孔孟之說尤嚴矣。至於五常，則倫理學中之言仁愛，言自由，言秩序，戒欺詐，而一切科學皆為增進智識之需，寧有鏟之之理歟？
……公所舉“斥父母為自感情欲，於己無恩”，謂隨園文中有之。……公能指出誰何教員曾於何書，何雜誌，述路粹或隨園之語，而表其極端讚成之意者？…所謂“武為聖王，卓文君為賢媛”，（李贄所說）何人曾述斯語，以號於眾，公能證明之歟？
對於第二點當先為三種考察，（甲）北京大學是否已盡廢古文而專用白話？（乙）白話果是否能達古書之義？（丙）大學少數教員所提倡之白話的文字，是否與引車賣漿者所操之語相等？
請先察“北京大學是否已盡廢古文而專用白話？”大學預科中有國文一科，所據為課本者，曰模範文，曰學術文皆古文也。……其編成講義而付印者皆文言也。於《北京大學月刊》中，亦多文言之作。所可指為白話體者，惟胡適君之《中國古代哲學史大綱》，而其中所引古書多屬原文，非皆白話也。
次考察“白話是否能達古書之意？”大學教員所編講義，固皆文言矣。而上講壇後，絕不能以背誦講義塞責，必有賴於白話之講演；豈講演之語，必皆編為文言而後可歟？吾輩少時讀《四書集注》，《十三經注疏》，使塾師不以白話講演之，而編為類似集注，類似注疏之文言以相授，吾輩豈能解乎？……
又次察“大學少數教員所提倡之白話的文字，是否與引車賣漿者所操之語相等？”白話與文言形式不同而已，內容一也。《天演論》、《法意》、《原富》等，原文皆白話也，而嚴幼陵君譯為文言。小仲馬、迭更司、哈德等所著小說，皆白話也，而公譯為文言。公能謂公及嚴君之所譯，高出於原本乎？若內容淺溥，則學校報考時之試卷，普通日刊論說，盡有不值一讀者，能勝於白話乎？且不特引車賣漿之徒而已，清代目不識丁之宗室，其能說漂亮之京話，與《紅樓夢》中寶玉、黛玉相埒，其言果有價值歟？……公謂“《水滸》、《紅樓》作者，均博極群書之人，總之非讀破萬卷，不能為古文，亦並不能為白話。”誠然，誠然。北京大學教員中，善作白話文者，為胡適之、錢玄同、周作人諸君，公何以證知為非博極群書，非能作古文，而僅以白話文藏拙者？胡君家世漢學，其舊作古文，雖不多見，然即其所作《中國哲學史大綱》言，其了解古書之眼光，不讓清代乾嘉學者。錢君所作之文字學講義，學術文通論，皆古雅之古文。周君所譯之域外小說，則文筆之古奧，非淺學者所能解。然則公何寬於《水滸》、《紅樓》之作者，而苛於同時之胡、錢、周諸君耶？至於弟在大學，則有兩種主張如左：
（一）對於學說，仿世界各大學通例，循“思想自由”原則，則兼容並包主義，與公所提出之“圓通廣大”四字，頗不相背也。……
（二）對於教員以學詣為主，在校講授以無背於第一種之主張為界限。其在校外之言動，悉聽自由。本校從不過問，亦不能代負責任。……