我在1917年的日記中曾經記敘當時的蔡先生，其一：“蔡孑民先生來長吾校，銳意圖新，將以農、工商三科與原有的專科學校合並，大學本幹獨留文、理、法三科，文科在沙灘，理科在景山東街，法科在北河沿，對於哲學門尤為注重。文科學長夏仲彝去，改聘《新青年》雜誌主編陳獨秀”（二月）。其二：“先生為人，誠實懇摯，無絲毫虛偽……其言訥訥也，如不能出諸口；然至討論學理之時，則又滔滔不絕。”（八月）
蔡先生的辦學方針是“思想自由，兼容並包”。他提倡學術民主，主張不論什麼學派，隻要持之有故，言之成理，就應允許其存在；不同主張的教員，無分新舊，應允許其自由講學，讓學生自由進行鑒別和選擇。
1918年6月北大文科哲學門第二次畢業合影，一排右起：陳漢章、梁漱溟、陳獨秀、蔡元培、馬敘倫、陳映璜，二排左起：馮友蘭
在蔡先生這種辦學方針指引下，那時北大不但聘請左派和激進派人士李大釗、陳獨秀當教授，請西服革履的章士釗、胡適當教授，還聘身穿馬褂、拖著一條長辮的複辟派人物辜鴻銘來教英國文學，甚至連讚助袁世凱稱帝的籌安會發起人之一的劉師培，也登上了北大教壇。蔡 先生主校以後，許多學者名流來到北大，一時人才雲集，麵目一新。像魯迅（周樹人，教中國小說史）、錢玄同（教音韻學）、吳梅（教戲曲史）、劉半農（教新文學）等，都來到北大教書。李大釗、陳獨秀和他們一起，高舉科學與民主的旗幟，與封建主義思想文化展開鬥爭，為轟轟烈烈的五四運動開拓了前進的道路。
蔡先生當時聲望很高，但不輕視青年人。記得我當時作為一名學生，曾經向蔡提出：北大“中國哲學係”應改為“哲學係”，以便包括世界各國的哲學。蔡先生不因人廢言，接受了我這個青年人的建議，後來就在北大成立了“哲學係”，講授中國以及世界各國的哲學史和哲學流派。另一個例子：梁漱溟比我小半歲，投考北大未被錄取，他在《東方雜誌》發表了一篇講佛教哲學的文章，蔡先生看了認為是“一家之言”，就破格請梁漱溟來北大任教，講印度哲學。
蔡先生當校長期間做的最駭人聽聞的事是開放女禁。那時有一個勇敢的女生王蘭（王昆倉的姐姐）向蔡先生請求入學，蔡就讓她到北大當了旁聽生。這件觸動了封建主義神經末梢的小事，當時轟動了全北大、全北京。此後招生時，就允許女生和男生一樣地應考了。
我們學生組織了“新潮社”，由“新潮社”辦了一個雜誌，名叫《新潮》，與《新青年》相呼應。《新潮》的影響也很大，一出版即在一星期內銷完，以致再版和三版。那年頭，辦雜誌要賠錢，我們通過文科學長陳獨秀向蔡元培先生請求幫助，蔡就決定由教育經費撥款支持辦了這個刊物。我參加了《新潮》的發起和編輯工作。創刊時，主編是傅斯年。1919年底，傅斯年出國留學，由羅家倫主編。第二年，羅出國，由我接編。我辦了3期，因為北洋軍閥政府不發學校經費，學校便不能再給補賠，經費不足；再加上印了不少《新潮叢書》一時賣不出去，積壓了資金，才辦不下去，停了刊。先後參加過《新潮》編輯工作的還有孫伏園、俞平伯、周作人、康白情、何思源等。《新潮》停刊後，當時主管行政財務的幹事李小峰，把《新潮叢書》擺在家門口的地攤上賣，大概賣了不少錢。後來他開了一家書店，取北京大學和《新潮》雜誌的前一個字，叫“北新書店”。
北京大學的變化影響到了北京其他一些高等院校。如北高師、女師、法政專門、俄文專修、高工、高農等，也仿效北大的樣子，成立了一些社團組織，有時還和北大合搞一些活動。
1919年5月4日，北京各校5000名學生遊行示威，有32名學生被捕 ，關在北河沿，其中北京大學就有20名。蔡元培先生本人雖然在五四當天沒有參加遊行，但他的同情是在學生一邊的。他曾經以北大校長的名義營救被捕者，以身家作保要求北洋反動政府釋放被捕的學生。5月4日學生遊行示威之後，段祺瑞的有力助手、陸軍次長徐樹錚就命令他的部隊把大炮架在景山上，炮口對準北大示威。在這樣嚴酷的壓迫下，蔡先生隻好剃掉了留長的胡子，混上了火車，又到了歐洲，校務由他的秘書長蔣夢麟維持了下去。
記北京大學的教授
柳存仁
北大和北大人