但即使這樣，南丁格爾也不得不與潘穆爾勳爵保持友好的關係，她常同潘穆爾互相通信問候，並開些小玩笑。南丁格爾致潘穆爾的信件開頭常戲謔地說：“我這個令你煩惱的女子又來了。”
潘穆爾勳爵則開玩笑地稱她是個“專愛惹是生非的家夥”，而且常把他打來的種種野味送給南丁格爾。
但到3月1日，南丁格爾實在忍受不了官僚機構的冷漠無情了。她憤怒地寫信給赫伯特：“從今天起3個月之後，我將公開發表我在克裏米亞工作期間的全部經曆和見聞，以及我本人對於改革軍隊醫護製度的基本設想，除非在那以前我得到一個將要進行改革的合理而切實可靠的保證。”
赫伯特把這封信轉交給潘穆爾，這一威脅果真使潘穆爾大臣坐臥不寧。公眾輿論很快支持實行改革，潮流終於轉向改革，潘穆爾不得不表示屈從。
5月5日，皇家委任命令正式頒布。一周之後調查委員會成立，並開始投入工作。正在南丁格爾忙於此項重大工作的時候，許多熱愛南丁格爾的人依然絡繹不絕地前往拜訪她。
當時在南丁格爾家中幫傭的老婦人說：
那時的情況，我記憶猶新，我整天為了接待客人，忙得不可開交。他們有的乘車，有的是步行，什麼身份地位的人都有，還有很多軍人，他們大多是受南丁格爾小姐照顧過的士兵們。不論是健全的或是失去手足、眼睛的人，全都要求見我家小姐。
但能幸運地見到我家小姐的還不到1/10。小姐告訴我，如果是為了養老金來找她的軍人，就請他們留下紙條，由我交給小姐，她會很快給予回複的。
小姐當然希望能和每個人見麵，盡力地為他們提供力所能及的服務，但來的人實在太多了，不隻是客廳，連院子裏都擠得水泄不通，何況我家老爺也不希望小姐拋頭露麵……
偶爾有一次，人們聽說南丁格爾接受政府邀請參加盛會的消息，便紛紛趕往那個集會。他們竟不分青紅皂白地圍住一個婦女，硬指稱她就是民族英雄南丁格爾。
“請讓我摸一下你的披肩好嗎？”
“請讓我握一下你的手好嗎？”
這讓那位小姐左右為難，不知如何是好！
這件事引發南丁格爾的好朋友，牛津大學校長寫了一封信給她：“從克裏米亞回國後，你一直深得民心，受國人愛戴，如果你有意運用這種聲望和本身的才華，恐怕早已是一位侯爵夫人了。”
然而，南丁格爾此時根本無心於婚姻，她決心將自己的一切奉獻給那些下級軍人，將改革進行到底，不再讓那些未來的士兵重蹈克裏米亞戰爭的覆轍。
重新建立軍醫部門
皇家醫院調查委員會成立後，南丁格爾一直居住在勃靈頓飯店，一心操持著委員會的工作。她的工作負擔極重。
3個月之前，她還是個虛弱的病人，現在卻又夜以繼日地工作起來。她不僅操心著委員會的工作，還要親自起草她個人關於衛生、行政領導部門的機密報告。
後來，她提出“庭園式”的醫院設計方案，即將建築分成幾個區，她的最終目標是：沒有一個庭園或病房的空氣能汙染到另一個庭園或病房；必須有空曠的天空。同時，可以從外麵得到最新鮮的空氣。每個庭園形成一座附屬醫院，裏麵設有一流的行政管理機構。
盡管當時還沒有弄清細菌感染的性質，南丁格爾卻從自己的觀察中推斷出這樣的結論：把病人隔離開來可以減少疾病的傳播率。這種現在看起來也許十分簡單的想法，在當時卻有著劃時代的意義，這一想法拯救了無數人的性命。
這種“庭園式”設計，在很大程度上得到了實現，如伍利奇市的赫伯特醫院、蘭伯支的聖·托馬斯醫院。實際上，這兩個醫院都是在南丁格爾的監管下修建的。
不久，皇家委員會調查團開始召開會議，查詢有關證人，以了解軍隊醫院的具體內幕。此時，南丁格爾的工作更加繁重了。
這一年，倫敦的夏天活像一場沒完沒了的噩夢，南丁格爾的小屋子又黑又悶，天空也總是那樣昏暗、沉悶，而她卻執意不肯離開這令人煩躁的地方。因為她得四處奔波，收集材料，尋找證人。即使是健康人也難以承擔如此繁重的工作，而身體欠佳的南丁格爾，能這樣不辭辛勞地工作，簡直令人難以置信。
但不管怎樣，南丁格爾做到了。而且是從事這項工作的“先鋒”。她要馬不停蹄地訪問民事和軍事機構、兵營、陸軍醫院、收容所和監獄。
海軍軍醫部總監約翰·利戴爾勳爵，非常敬佩南丁格爾的敬業精神，並成了她得力的朋友。在他的邀請下，她參觀了哈斯拉爾和伍利奇的海軍醫院，並寫出了嚴謹、翔實的調查報告。
在通風和膳食方麵，南丁格爾也為醫院提出了一些改進建議，並製訂引進女護士的計劃。
南丁格爾處於一個特殊的地位，周圍工作的同事們自稱是“一夥兄弟們”，而勃靈頓飯店則自然而然地被戲稱為“小陸軍部”。因為維多利亞女王曾誇獎南丁格爾說：“她的智商很高，足可擔任陸軍大臣。”
南丁格爾四處搜集材料，字斟句酌地研究結論，把所有證詞都進行了嚴密的審核，確保不出差錯。她與同事們一起擬定發言稿，以便在委員會調查會議上宣讀，揭示軍隊醫院的真實狀況。
她對待工作一絲不苟，勤奮認真，同事們對她都很信服。就連住在勃靈頓飯店，每天對此耳濡目染的樊妮，在給丈夫威廉的信中都說，“她周圍的那些人，簡直把她的話奉為金科玉律！”
薩瑟蘭德醫生對瑪依姑媽說：“她是這項工作的‘引擎’。凡是每天與她同事的人都知道，沒有一個人能有她那樣堅強的意誌，能有她那樣清醒的頭腦，強大的力量，無私的獻身精神。她是上帝創造出來的前所未有的天才。”
南丁格爾對人的要求有時有些異想天開。她要求她的同事處事更審慎，研究資料更細致，對於有些不合理的事實情況作出大膽的批評，哪怕在權限範圍之外也不要顧慮。隻要一切從士兵們的利益出發，隻要一切是為了更有效地接近合理、公平、效率就行。
而人們一經納入南丁格爾的工作軌道就一定會著迷。她對赫伯特的壓力則更大。她再三說：“沒有他，我是一事無成的。”
赫伯特的威望和他在下院的權力，對調查委員會來說具有頭等重要性。如果南丁格爾小姐能把他調動到這一事業中來，他的能力將是無與倫比的。但此時，這位富有責任心的政治家，精神不振，周身患病。這其實就是一場重大疾病的預兆。
南丁格爾作為一名傑出的女英雄，是全力以赴地投入工作的。她自己的身體每況愈下，但她卻咬牙堅持，那種頑強拚搏的鬥誌是一個有高度責任感的人的表現。
在她的嚴於律己的作風的影響下，任何一個有自尊心的男子都會忍住自己的傷痛努力工作的。因為忍耐和勞動是具有相當價值的行為，而毅力則是極具感染力的。
在南丁格爾熱忱工作的麵前，赫伯特也不甘示弱。他們倆的才幹和能力恰好相得益彰，配合得十分默契。南丁格爾勤勉努力，幹勁十足，而史得尼·赫伯特能言善辯，沉著機敏。他倆配合在一起工作，簡直攻無不克。
南丁格爾在日記中記述著：“他是我見到的頭腦最敏捷的人，行動又快又準確，而又那麼富有同情心。他的談吐、態度就足以約束那些最難以對付的人。在調查委員會工作的整個時期，從未同任何人爭吵或結怨。”
在歲月的痕跡中，他倆已經建立了深刻的友誼。這僅從史得尼·赫伯特每次信箋末尾“願上帝保佑你”這句祝頌中，便可看出。而這友情的紐帶是十分牢固的。
隨著調查團工作的深入開展，隨著查證會一次次進行，形勢發展的越來越明顯，他們不可能成功，改變英軍的生活條件的提案得不到任何答複。
7月，最重要的一次查證會開始了。這次輪到南丁格爾小姐本人作證了。她是否要親自出席作證呢？她又應當如何掌握分寸呢？
史得尼·赫伯特方麵不願“因挑起爭論而結怨”，最後她決定不出席查證會，而隻向調查委員會提出一個書麵材料，答複了有關問題。
委員們宣讀了她的證詞，並同意它是結論性的。
委員會報告長達30頁，逐字逐句引自南丁格爾剛寫完的《英國軍醫部門的效率及醫院管理以及影響士兵健康的各種因素的調查》。這份機密報告原來是寫給陸軍部大臣潘穆爾勳爵本人的，所涉及的範圍很廣，整個報告論述熱情激昂，至今讀起來仍感人至深。
南丁格爾在此文中，把克裏米亞戰役當做一場規模巨大的軍隊醫療的救治的“敗筆”，全麵分析軍醫工作對軍隊素養的巨大作用。她全麵總結了這支軍隊如何由於忽視衛生工作而陷入痛苦和失敗的悲劇。又列舉了在進行了有效的改革之後，這支軍隊又是如何恢複到最佳的健康狀態，如何提高了戰鬥能力。
南丁格爾以6個篇章全麵描述了克裏米亞戰役的慘痛經過，最後說：“過去的事，就讓它永遠埋葬在過去吧！但是，我們應當就此改革我們的製度，使我們的士兵今後能受到人道一點的待遇。”
在此書的最重要章節中，她又詳盡地分析了英國軍隊營房在和平常時期極端惡劣的衛生保健狀況。她指出，這些狀況如此惡劣，以至於軍隊士兵的死亡率總是比居民的死亡率至少要高出一倍還多！她憤慨地說：“我們的士兵應征入伍到兵營裏去白白送死！”這句話後來成了改革派的戰鬥口號。對這樣一個挑戰，任何政府都不敢不予理睬了。
為了保證這顆“重磅炸彈”一擊成功，南丁格爾和赫伯特商量後，決定暫不以個人名義向潘穆爾勳爵提交這份報告，因為所有這些意見、看法最終會反映在調查委員會8月份的總結報告中。潘穆爾勳爵可能把她的機密報告束之高閣，卻壓不住皇家調查委員會的調查結果。當然，對委員會的各項建議他是不會很快采納的。看來，還得對這頭“野牛”施加些壓力，並且明確指出改革的目標和任務。
1857年8月7日，史得尼·赫伯特寫信給潘穆爾勳爵，以極其溫和的口吻指出，調查委員會已經掌握並將於近期提交最終調查報告，材料肯定會轟動英國社會，而把政府置於公眾輿論的強大壓力之下。他建議政府爭取主動，趁報告尚未提交給下院議論之前，趕快采取措施糾正那些亟待解決的弊端。信後還附有按照南丁格爾意見草擬的一份改進計劃。
這就是：由潘穆爾勳爵任命四個具有實際職能的分會，分別負責：整頓兵營衛生狀況；在陸軍部建立統計機構；組建一所軍醫學院；徹底改組軍醫部門。
其中第四個分會，南丁格爾小姐稱之為“掃蕩分會”，因為改組範圍很廣，改革派可以在徹底清洗的基礎上重新開始組建軍醫部門。
8月中旬，在蘇格蘭森林中享受獵雞樂趣的潘穆爾勳爵，被迫南下回到陸軍部研究改革軍醫工作的事宜，這次他逃脫不掉了。經過長時間的討價還價，終於在原則上同意了這一計劃。
史得尼·赫伯特完成了這項任務後，如釋重負，馬上又到愛爾蘭度假釣魚去了。他在寫給南丁格爾的信中說：“馴服‘野牛’之後我輕鬆了許多，但我仍很擔心你的身體。回國這一年中，你根本沒有好好休息放鬆過。”史得尼·赫伯特的這封信還沒寄到倫敦，南丁格爾小姐由於一直在勃靈頓的暑熱中苦熬，健康就完全崩潰了。
對樊妮和芭茲一向忍讓遷就的南丁格爾，這一次終於越過了底線，例外地對在身旁吵鬧不停的芭茲叫喊起來：“我需要獨自一人好好待一會兒，我已經4年沒有好好休息過了。”
南丁格爾拒絕回恩普利莊園，也拒絕護士看護。但最終，還是不得不同意去馬爾汶就醫治療，但不許別人來打攪她。她在醫院裏整整一個月臥床不起，脈搏極快，高燒不退，頭上總要用兩隻冰袋。瑪依姑媽也整日以淚洗麵，晝夜陪伴。
南丁格爾病得很重，大家都以為，這次她活不了了。南丁格爾，這位以神的召喚而努力奉獻的人，在竭盡全力之後，終於陷入了傷病。親友們都很擔心。但是，這個意誌堅強的人再次頑強地熬過來了，並於9月底勉強出院，拒絕去療養院，徑直回到勃靈頓飯店。
1857年8月的這次健康危機，的確使南丁格爾小姐的身體從此一蹶不振。從克裏米亞歸來之初，她雖然也常常感到勞累疲倦，但如她自己所說，“總還有些力氣可以東奔西跑”。
當時，她辭去了一切公職，竭力避免拋頭露麵，但還可以在家裏接待朋友。而這次病後，她除了工作之外，毫無餘力了。
長期生病也給了她一些方便，給她免除了很多打擾。
例如，姐姐芭茲提議來倫敦，南丁格爾回答說：“……剛剛又發作了一次。”
父親威廉堅持要親自來看望她，她又說：“常常頭痛、心悸、氣短……”父親隻好退卻。
根據瑪依姑媽信中說，當時南丁格爾的生命“正處於千鈞一發的攸關時刻”，同家裏人見麵情緒波動的確是很危險的。芭茲和樊妮隻好讓步，全家到倫敦參加秋季社交活動時，住的是另一家飯店。
南丁格爾疲憊地躺在軟椅裏，她試圖提筆開始工作。隻要身體狀況略有好轉她就寫作。基於女王和眾人的期盼，南丁格爾將她在遠征中所遇到的事，以及自己對醫療改革的提議和感想，整理成厚達567頁的《軍醫行政的效率》。
這本書以自費印刷，分送親朋好友和與此案有關的人士。陸軍大臣潘穆爾也曾要求南丁格爾寫一本類似於護士工作手冊的書，弗羅倫斯·南丁格爾就此寫了一本《平時與戰時陸軍醫院護士手冊》，這是早先那本作品的續篇。
接著她又寫了《1854年以來3年間英國陸軍醫院之賬目明細報告》。誠如書名，她將踏入克裏米亞遠征的那一刻所有募捐開支項目一一列表詳細記錄，這本書仍然自費印刷。分送每一位捐款人，並公之於世。
在報告書中，南丁格爾附錄了克裏米亞各地區戰時醫院的詳細地形圖。這些可能都是她每晚在斯卡特裏的那個小屋中所整理出來的，如今再重新編排謄寫的。
當這本書印行之後，那些信任她，並大膽地把募款交給她的人們，不但知道了南丁格爾的行事方針，也明白了自己捐出款項的真正去處，因此都不禁對她處理公事的嚴謹態度，以及勇於負責的作風感到由衷的敬佩。
南丁格爾的報告書，引起了統計專家的注意。1858年，她製訂賬目明細表的優異才能，成為統計學會討論研究的專題。這一份需要耐心與定力才能完成的艱巨報告，卻是南丁格爾在垂死的狀況下由瑪依姑媽陪伴奔走於各地療養時所製訂出來的。
盡管南丁格爾在養病，但事實上她筆耕不輟。病情，沒有好轉的跡象。
有一次，姐姐芭茲告訴朋友說：“南丁格爾想用工作來自殺。”
為此，好友沙謝蘭特博士曾寫了兩封誠懇的長信，勸南丁格爾養病，但南丁格爾不但予以婉拒，反而責怪博士。
由於南丁格爾的健康情形很差，生命危在旦夕，她希望充分利用僅存的每一分鍾，為世人多盡一份力量，這樣她才能更安心地離去。因此她絕不肯輕易放棄未完成的工作，反而比以前更加珍惜每一寸光陰。
在這種情況下，她的健康每況愈下，最終累得無法起身。她自忖大限已到，於是在1857年11月6日寫下遺書，寄給史得尼·赫伯特。
在克裏米亞的時候，她也曾親筆寫下遺囑，但此刻她連提筆的力氣都已沒有了。因此，必須勞煩舅舅才能完成最後的遺言。在遺書中，她仍然無法忘記終身所抱的誌向。
等待她康複後建立護士學校的5000英鎊“南丁格爾基金”，隻好轉交聖湯姆斯醫院處理，並且希望把父母身後她所得到的大筆遺產作為示範醫院的建設資金，並規定其中必須包括圖書室、化學實驗室、娛樂場、操場等設備。
她把後事交代得非常清楚：
主啊！我在此聽候您的召喚：我高高興興、勇敢果決地到斯卡特裏，現在我也要快快樂樂，毫無畏懼地回到您的麵前！
大家都知道，派我到斯卡特裏是您賜給我最大的關愛，現在您將帶我去的地方，是否也允許我從事護士的工作呢……
那誠摯無畏的態度，像一首傳奇的歌曲，表達了一個基督教徒對生命負責到底，對使命負責到底的精神。
由於南丁格爾病重， “小陸軍部”的改革方案也一直擱淺，一切陷入絕望。這一切，在她的心中或許還有許多打不開的死結，但在她垂死之前，卻念念不忘這一改革方案。
南丁格爾一個人筋疲力盡地躺在勃靈頓飯店的新套房中，相信自己活不了幾個月了，周圍的人也這樣想。瑪依姑媽搬過來與她同住，想使她在臨終的日子裏心情輕鬆地度過。
瑪依姑媽的女婿，詩人亞瑟·休·克勞，隨之也成了南丁格爾的“奴隸”，終日“像一匹拉車的馬”心甘情願地為她記寫備忘錄，起草書信，遞送報告。
這是一種離奇的溫室育苗般的生存方式，死亡隨時都會降臨到她頭上。然而，就在這樣一種環境氣氛中，南丁格爾小姐躺在客廳的沙發上，難得坐起來，幾乎從不外出走動，而她卻更加拚命地工作著。
潘穆爾勳爵在改革與維持現狀兩派施加壓力的左右下，再次在“掃蕩分會”的問題上讓步退縮，尤其不敢旗幟鮮明地支持“徹底改組軍醫部門”這一焦點目標。鑒於這種情況，史得尼·赫伯特專門找上門去同這位大臣進行了一次暴風驟雨式的長談。
談話後，這位大臣又一次承諾照辦調查團所提的4項建議。
這時，南丁格爾也看清了，誰能製服這頭“野牛”，誰就是勝利者。於是，她又想出一個新的鬥爭策略。輿論從來就是改革者最強有力的武器，她準備發動一次新聞攻勢，向報界和社會公布軍隊內部腐朽的、不合理的官僚體製及其危害。她把已經寫好的所有提綱、事實、數字及寫作綱要統統提供給了報界。這些材料她都不署自己的姓名，甚至連她前不久寫成的小冊子《英國軍隊死亡率研究》，都不是以她個人的姓名發表的。
1857年底，在輿論淩厲威猛的攻勢麵前，潘穆爾勳爵終於作出實質性的讓步了，4個分會都在12月份成立起來。
1858年5月，下院在一陣陣雷鳴般的歡呼聲中，通過了一係列的改革決議。有位改革派的官員寫信給南丁格爾說：“您對增進英國軍隊的福利和效率所做的貢獻超過了任何活著的男人或女人，感謝上帝，終於讓我們都活著見到了您的成功。”
這是一個個充滿喜悅、充滿希望的時刻。南丁格爾在勃靈頓飯店“陸軍部”的套房整天人來人往，繁忙異常。這時候的南丁格爾也好似人逢喜事精神爽，身體好了許多。她把自己的住所稍加布置，添置了地毯和窗簾，並在自己的客廳裏，接見川流不息的來訪者。
這時，南丁格爾家中有也一件喜慶大事。
1857年夏天，樊妮從勃靈頓飯店寫信告訴威廉，有位哈裏·維爾尼男爵曾經來訪過。這位哈裏·維爾尼男爵是金翰群曆史上著名的克萊頓莊園的產權人，年50多歲，鰥夫，個子非常高，儀表堂堂，一副貴族派頭，是當時英國有名的美男子。他曾殷勤地追求過南丁格爾，並且求過婚，被拒絕了。但此後卻經常出入於恩普利莊園，這年冬天他同芭茲產生了感情。
1858年4月，他們宣布訂婚，6月在恩普利悄然舉行了婚禮。南丁格爾沒有參加芭茲的婚禮。那時她在飯店裏養身體，享受著難得的寧靜日子。樊妮沉浸在來得太遲的大女兒的婚禮的歡樂之中，總算是了卻了一樁心願。芭茲也一心盤算著如何當一個“維爾尼男爵夫人”式的貴婦，她再也沒有興趣和精力去打擾南丁格爾了。
39歲的芭茲總算安頓下來了，她後來除了做貴婦人之外，也開始做小說家，寫過幾部描繪男女戀情、家庭生活與社交的小說，但沒有得到很大的反響，倒是有關南丁格爾的一些回憶文章，因為占有第一手的資料，主題又很受關注為她贏得了一些好評。
但是就在人們沉浸在喜悅中時，誰也沒有料到，一個巨大的不幸，正在逼近赫伯特。
好友赫伯特之死
戰時，遠在前線的南丁格爾與國內的赫伯特相互回應，為前線士兵的生死全力以赴，回國後他們倆又並肩作戰，為改革軍醫製度不遺餘力。然而，令南丁格爾沒有想到的是史得尼·赫伯特的健康情況正在日益惡化！
自1858年年初開始，赫伯特的身體就漸漸地每況愈下了。皇家調查委員會4個分會的繁忙工作則嚴重損耗了他的身體。他既得不到休息，也得不到關心。南丁格爾相信自己隨時可能死去，早已不把一般的病痛放在心上。她拚命催促史得尼·赫伯特迅速開展4個分會的工作，就連赫伯特的夫人也在催他。
麗莎·赫伯特也極力讚助他與南丁格爾的合作，因為這是赫伯特眾多工作中，麗莎最欣賞、最支持的一部分，她極力接近南丁格爾，因為通過她，她與史得尼的關係可以更為密切。
史得尼·赫伯特這位才俊之士，猶如一匹駿馬，漸漸地步入衰老期。南丁格爾正因為將他視為知己和同誌，所以以對待自己疾病和痛苦的方式同等地對待他。
他倆像並肩作戰的戰士，互相援助，但他倆又像不同凡響的男女朋友，互相格鬥，爭執而不傷彼此的心，兩人都以要強的姿態投入工作，可能南丁格爾的準則更為苛刻一些。
南丁格爾時刻不忘在克裏米亞戰爭中因照顧不周而死去的傷病員，那些輾轉病床的痛苦讓她覺得應堅定不移地投身到改革中去，因為那是在救助苦難中的人們。她自己義無反顧，所以對史得尼·赫伯特的逼迫毫不留情。救護苦難中的人，是他倆互相理解、互相支持的根本責任所在。
1859年，赫伯特又被委任為陸軍部大臣，替代了潘穆爾勳爵的職位。乍看起來是個勝利，現在身居當年潘穆爾勳爵的地位了，沒有什麼事是赫伯特辦不成的了。
但是，如今隻有處在潘穆爾的位置，赫伯特和南丁格爾才更清楚地看到，軍隊改革運動最主要的困難，在於陸軍部的行政體製本身。
若要推行改革方案，首先要徹底改組陸軍部。在進行任何改革之前，必須對陸軍部的行政機構進行改組。這樣，史得尼·赫伯特還得肩負起這樣大的一項任務。他又一次感到上帝是如此的垂青他。經與南丁格爾商議後，他著手“簡化辦事程序，取消責任不明的組織建製”。
1859年夏末，她再次病倒。但這次，她周圍的人對她身體健康的態度也發生了變化。人們形容她的性命“危在旦夕”，實在說來，這種“危在旦夕”已經達兩年之久了。
瑪依姑媽家裏的人已經不耐煩了，催她回家忙自家的事情。由於克勞對她的事業的熱忱，克勞家的正常生活也受到了很大影響。克勞本人的健康狀況也很使人擔憂，克勞家裏人也開始催他回去。
兩家人都抱怨南丁格爾小姐，南丁格爾小姐很生氣。但是，幸好有瑪依姑媽在倫敦，這樣辦事情就容易多了。
10月，瑪依姑媽和克勞還在勃靈頓飯店陪伴著南丁格爾，表麵看來一切正常，實際上大不如前，問題接二連三地到來了。如克勞健康不良，瑪依姑媽家裏糾紛不斷，陸軍部的種種無法解決的複雜問題，尤其嚴重的是，史得尼·赫伯特的健康已經每況愈下了。
但命運之輪拖著他和南丁格爾一起前進。若把南丁格爾為軍隊所做的事情總起來看，會使人難以置信。任何人也不會強令自己去完成如此龐大的工作量。這些堆積如山的文件、報告、書信，通通是她親手起草的。這要消耗多少精力啊！而在1859年，這還隻是吃力工作的一部分。
當時，南丁格爾是全歐洲唯一的一位既有平民醫院經驗又有部隊醫院經驗的人。她的知識和天資，使她不可避免地要被吸引到公共衛生工作領域中去。
1859年，她出版了一本論述醫院建設的《醫院劄記》。該書共出3版，書中提出的一些觀點，直至今天對於受過專業教育培訓的人也是有啟發性的。例如，降低一個醫院的病員死亡率的最有效的辦法就是要改善通風、排水和搞好清潔衛生。
從此以後，不斷有人就醫院建設的有關問題向她請教，有的甚至從荷蘭、普魯士、印度、葡萄牙來征求她的意見。這包括一係列的技術問題，從怎樣用管道供水，到醫院裏牆壁的顏色，問題五花八門。她給鐵器商、工程師、建築師等寫過數百封信，甚至還有一篇名為《論汙水槽》的長篇報告。
南丁格爾還倡導實行了對醫院病人統一登記和疾病分類統計的製度，並特地為此設計了一些示範性的表格。“使我們對不同醫院、不同疾病的死亡率情況做到心中有數”。
倫敦絕大多數醫院後來都采用了這種登記表。南丁格爾覺得統計“比小說更生動有趣”。她說，她專愛“啃硬骨頭”，弄清事實。她的好朋友西拉麗·博納姆·卡特回憶說：“南丁格爾不管多麼疲憊不堪，一看到一長篇數字，對她來說，總是最好的興奮劑。”
隨著衛生事業的改進和發展，護理逐漸退居次要地位了。但南丁格爾對這一事業的熱忱絲毫未曾減退。在1859年至1860年底，她籌辦了護士學校。但是，時至1860年底，對她說來那項十分重要的事業，為了英國軍隊所做的工作，遇到了意想不到的挫折。
史得尼·赫伯特的健康終於完全垮了。他病倒的時間是最糟不過了，因為，陸軍部的改組工作隻有他一個人能夠勝任。“再打一仗吧，再打最後一次，最漂亮的大仗吧！”南丁格爾曾寫信這樣央求他，讓他振作精神，鼓起最後的勇氣，打完這最後一仗，就答應讓他退休，好好休息。
史得尼·赫伯特的精力此時已將消耗殆盡。醫生說，他患的是腎髒疾病，已到晚期，無法治療。醫生建議完全臥床休息。而這個意見不僅南丁格爾和赫伯特夫人無法考慮，就連赫伯特本人也感到不可能實現，他仍舊一味地苦撐著。當時改革運動同官僚守舊勢力的鬥爭正處於白熱化的時刻，他，這場鬥爭的中心人物，怎麼能夠躺倒休息呢？
1861年5月底，南丁格爾托付給他的工作他都完成了，他實在支撐不住了。每天早上，他總是先靠在沙發上喝上兩口白蘭地酒，然後借著酒勁兒，爬到陸軍部去上班。這個堅強的人就是死也要站著死去。
6月7日，他寫了個便箋給南丁格爾，說明自己確實必須退休了。南丁格爾痛苦地答應了他。他能忍受弗羅倫斯·南丁格爾生氣，卻不願使她感到難過，他深知南丁格爾重病纏身，心係國事。他常常這樣說：“可憐的南丁格爾，她舍棄得更多啊！”於是他特意親自去拜望了南丁格爾。
一場嚴峻的談話開始了。南丁格爾本人的精神和健康也正被愁苦和辛勞消磨著，她當然不願看到眼前又倒下一個戰士、一個忠誠的合作者。而史得尼·赫伯特想到，如果他不去承擔這一切，那就等於斷送了英國軍隊。再說，還有誰能比南丁格爾舍棄的個人幸福、忍受的個人痛苦更多呢？
這樣，赫伯特完全不顧自己的病情，又把一切都承擔下來了。7月9日，他乘馬車又一次來到勃靈頓飯店，向南丁格爾告別。他走路已搖搖晃晃，很吃力了，由別人扶著走上樓梯。這就是他們的最後一次會麵。
赫伯特支撐著回到了自己在威爾頓的住所，這個他如此熟悉而喜愛的地方。“我熱愛這裏的每一個角落，這個地方宛如一個有靈之物，一個活人……”
3個星期之後，1861年8月2日的清晨，這位頑強的戰士終於與世長辭了。赫伯特臨終的話是對南丁格爾說的：“可憐的南丁格爾，我們共同的事業還沒有完成……”
在南丁格爾忠誠無私精神的感召下，史得尼·赫伯特臨死也沒有退出陣地。他死後，驗屍的結果令醫生感到驚奇：一個人病得這樣嚴重尚能堅持工作一年之久，簡直是醫學界的奇跡！
又過了很多年，史得尼·赫伯特與南丁格爾共同為之奮鬥的事業才逐步得以實現。史得尼·赫伯特的心血並沒有付諸東流。如果沒有他的努力，英軍士兵的悲苦境遇也許還要繼續耽擱半個世紀之久。
1857年的皇家衛生檢查委員會也許並沒有完成預定的任務，但它的成立，它的從無到有的發展，就是一個勝利，它標誌著一個新的時代已經破曉，軍隊士兵已經看到了曙光。
史得尼·赫伯特病逝兩周後，南丁格爾小姐寫成了一篇悼念他的回憶錄，即《史得尼·赫伯特和他對英國軍隊的貢獻》。此後，她永遠地離開了勃靈頓飯店。她感到那裏像是一所“凶宅”，每當她憑窗眺望，仿佛總會見到史得尼·赫伯特就站在大街上。之後，南丁格爾完全沉湎在思念和悲哀之中。她十分悲痛，但並不悔恨自憐，她感到她忠實地履行了她的天職。
回首往事，她問心無愧。但畢竟，現實發生了異乎尋常的變化。史得尼·赫伯特在世時，她感到，她是一隻手，而史得尼·赫伯特是這隻手中的利器。而此刻，每當想起他，她就會感到史得尼·赫伯特才是他們共同事業的主人和“大帥”，而且在感情上與他似乎也更加難舍難分。
她寫道，“沒有人像我那樣敬仰他，追隨著他，沒有人像我那樣地了解他。”