不幸的是，這部大類書的命運是悲慘的，它的命運就如同災難深重的舊中國一樣，受盡了種種磨難和摧殘。雖有正、副兩部，但都沒有完整地流傳下來。
《永樂大典》自編成之日起，一直深藏內府，一般人無緣得見。明成祖朱棣雖然動員和花費了眾多的人力物力修纂了《永樂大典》，但在明代各帝王中，查閱過《大典》的卻寥寥可數。據記載，隻有明孝宗和明世宗兩人最酷愛讀書，常閱《大典》。明孝宗曾經把《大典》中的醫藥秘方抄賜過《大醫院》，明世宗案頭常置數冊，按韻索覽。
嘉靖皇帝對其十分鍾愛，某日宮中著火，嘉靖皇帝一夜之間連頒三道聖旨搶救《永樂大典》。之後嘉靖特意命人照原本重錄，以另外保存。重錄本與永樂正本的格式、裝幀完全一致。《永樂大典》重錄後，有關其下落的記載很少，以致以訛傳訛，弄得撲朔迷離，隱晦難覓了。
明神宗萬曆中，南京國子監祭酒陸可教曾建議刊刻《永樂大典》，但他沒有說用哪個本子來刊刻。太史令李維幀說過“其書冗濫可厭，殊不足觀”的話。他對《永樂大典》的看法當然是錯的，但從他的話來看，好像見過似的，從他們二人的言行可以看出，明萬曆時期《永樂大典》尚是完整無缺的。
至明末，有些人就認為《永樂大典》已經不存在了。明史專家談遷在《國榷》中有言：“萬曆末，《永樂大典》不存，抑火失之耶？”談遷以為正本、副本早在萬曆末年已經不存在了。明末清初著名學者顧炎武在《日知錄》裏也持有與談遷一樣的看法，認為“全部皆佚”。
明末宦官劉若愚熟悉宮廷內情，寫了《酌中誌》，以記述明末宮闈舊聞秘事著稱，書中記載；“舊《永樂大典》兩部，今又見貯於何處也？”在明清之際，宮廷內外的人由於不知道《永樂大典》正本抄本所在，因而便猜疑它們已經不存在了。
那麼，《永樂大典》究竟還存在嗎？清代康熙年間，徐乾學、高士奇等人在皇史宬發現了《永樂大典》，是嘉靖抄本，並已有殘缺。那麼，《永樂大典》究竟還存在嗎？雍正間又把《大典》副本從皇史宬改貯在翰林院。李級、全祖望在翰林院也見到過。全祖望卻認為正本沒有遺失，藏在乾清宮裏，他曾經想建議用宮裏的正本來補配副本。直到清末纓基孫也抱有與全祖望相同的觀點，而且他認為正本是在嘉慶間乾清宮失火時消亡了。但實際上，全祖望、纓荃孫對正本的下落都隻是猜測之辭。
乾隆九年至五十四年間，在編製《天祿琳琅書目》時，把宮中的善本都集中在乾清宮旁邊的昭仁殿進行編目。如果宮中藏有《永樂大典》正本，怎麼會不編入《天祿琳琅書目》中呢？
後來修《四庫全書》時，屢歎《永樂大典》副本不全，曾在宮裏宮外都找過。《永樂大典》是萬卷以上的巨帙，如果正本藏在宮裏，是很容易發現的，可是並沒有找到。清高宗曾有詩：“《大典》猶看永樂傳，搜羅頗見費心堅。兼及釋道欠精覆，久閱滄桑惜弗全。”清高宗對《永樂大典》不全亦無可奈何。可見《永樂大典》正本“鼎革時亦有佚失”，副本在明清之交也有散失。但正本何時亡佚，史籍並未有明確記述，學界估計毀於明清鼎革之際。《永樂大典》正本的亡佚，無疑是我國古代文化的一次巨大損失。