李時珍走出京城，一身輕鬆，飛快地趕回家中，卻發現父親已久病在床，父親沒有告訴做官的兒子自己病重的消息。
李時珍見父親臥床不能起身，便決定暫時不再外出，一邊在家侍奉父親治病，一邊改善居住條件，為著書立說準備條件。
隨著人丁的繁衍，李家那所老宅已顯得狹小了。李時珍在雨湖邊選了一塊地，親自規劃設計，蓋起了一座寬敞軒亮、環境幽靜、景色宜人的新宅院，既適合父親養病，也適宜自己潛心研究、撰著。
這時候，李時珍的大兒子建中，按著父親的安排，已考中舉人，走上仕途，為李家改換了門庭。李時珍說服父親，將二兒子建元、三兒子建方留在身邊學醫。小兒子建木年歲還小，仍在讀書。李家到李時珍這一代，已是人丁興旺，成為新州醫學世家、讀書人家了。
李時珍從雨湖引來一股湖水，美化院落，使得這一座幽雅的宅院裏有花有水，生意盎然。不僅家裏就有清溪流水、花草繁茂，推開窗戶，還能看見碧綠清澈的雨湖，望見湖上飄滿的點點漁帆，聽到悠揚的漁歌和小鳥的鳴叫。李時珍引用《詩經》裏“考般在阿，碩人之過”（碩人為盛德之人，過為寬厚的意思）兩句詩的立意，在自己的門前題了“過碩館”三個大字。同時，給自己取了個別名叫“瀕湖山人”，借以抒發無官一身輕，專心致誌著書立說的抱負。
李言聞為了支持兒子完成重編《本草》的大業，將自己多年積累的大量資料和撰寫的幾十卷著作，全交給了李時珍。老人還抱病與兒子一起探討醫學、藥學中的各類問題，審閱兒子的著作，他相信兒子能為李家給後世作出驚人貢獻。
李時珍精心照料父親，使父親的病開始好轉。在此時間裏，他完成了《瀕湖醫案》、《三焦客難》、《命門考》、《五藏圖經》、《瀕湖脈學》、《奇經八脈考》等著作。這些著作都凝聚著李時珍父子之間的深情厚誼。比如，《瀕湖脈學》就是李時珍在父親《醫學八脈法》、《四診發明》的基礎上寫成的。
中醫的脈學，自《內經》開創以來，曆代都有論述。東漢張仲景對評脈的辨證論述，散見各篇，未成專著。兩晉王叔和著有脈經１２卷，因時代久遠，散失太多，到《舊唐誌》隻留下兩卷。李時珍本著“涉獵群書，搜羅百代”的治學精神，除廣收經典外，還涉及上自太倉、啟玄、叔和之學，下至唐宋金元諸名流脈學著作達４８家之多，在此基礎上刪繁就簡，寫成了集脈學著作大成的《瀕湖脈學》。第一次以２７脈“歌訣”及“四言舉要”，解決了通俗切用的難題，並批判了《脈訣》的謬誤。
《瀕湖脈學》全書僅２萬多字，然而字字斟酌，深入淺出，句句通俗，且俗不傷雅。以脈論醫，明理切用，音韻協調，易讀易記，故風行天下成為後世脈學的指南。我們今天全國中醫院校的脈學教材，大多取材於這本經典著作。
在這個時期裏，李時珍還寫了《命門考》、《奇經八脈考》等著作。
與此同時，他對《內經》、《抱樸子》、《千金要方》等古籍，以及藥王廟中的針灸銅人進行了深入的研究。
明代嘉靖四十三年（公元１５６４年），李言聞舊病複發，醫治無效去世。臨終前，他囑咐李時珍要克服困難，盡快地將《本草》重修好。
幾年以後，李時珍同哥哥李果珍一起，將父親與去世已久的母親張氏合葬在雨湖畔的蟹子地。至今，這座合葬墓還在美麗的雨湖之濱。