李時珍除了讀書和考察藥物外，一有空便到北京四郊采訪。他用南方人的眼光來研究北方的風土習尚，對於出產在北方的藥材，製藥和用藥的方法，以及民間的單方驗方，起居飲食，都很感興趣。他把北方農家如何栽種果樹、窖藏白菜、培育韭黃等一一記錄下來，準備收入他自己編著的《本草》中。
李時珍經過一番思考和準備，寫了一道奏折，連同自己整理的筆記，上奏朝廷，建議由朝廷主持重修《本草》。不料，奏折送上去後，不僅如同在楚王府遇到的情況一樣，石沉大海杳無音信，而且還受到太醫院的同僚們的種種誣蔑和諷刺。太醫院的醫官們大多是世襲的，他們不學無術，掌握太醫院的大權，排斥經地方官吏推薦進太醫院的醫官，李時珍陷入了他事先未曾料及的人際糾紛中。
朝廷不支持不采納李時珍重修《本草》的建議，但這沒有動搖他的決心。他早作了兩手準備，他通過多年埋頭苦幹，又得到了旁人沒有過的在楚王府、太醫院奉職的機會，積累了許多寶貴材料，認定自己有能力重修《本草》。他在博覽群書時，發現各種藥書互相矛盾，光靠在壽藥房、禦藥庫比較實物還不能解決疑團，越來越覺得需要出去，去野外進行實地調查研究，采集標本，像神農嚐百草那樣親嚐藥物，這樣重修出的《本草》才有價值，才會流芳百世，造福後人。
明代嘉靖三十八年（公元１５５９年），李時珍深感呆在北京已是浪費時光，便托病辭職，返回家鄉蘄州，開始了專心重修《本草》的艱辛勞動。
李時珍南歸故鄉，沿著驛路經過琢州、安陽、徐州等地。他擺脫了太醫院任職中的各種矛盾和煩惱，在廣闊的原野上，見聞所及處處是學問的寶藏。
在路過一個驛站時，他遇到一群北上的驛卒，正在用小鍋煮著一把粉紅色的小花。李時珍走到跟前，仔細一看，這是一種別名叫鼓子的旋花。此花在南方隨處都可見到，過去從來沒聽人說這種花有什麼用途，各種《本草》上也沒有記載，他好奇地問驛卒：“你們為什麼煮食這種東西？”
驛卒回答說：“常在外奔走的人，筋骨勞累容易受損傷。吃了這東西可以治療，這是我們的祖傳秘方。”李時珍記在心裏，回到驛所屋子便在筆記上記下了驛卒的話。
一路上，李時珍邊走邊搜集民間流傳的單方驗方和治病的草藥。特別是民間傳說的順口溜，李時珍聽到後便記在筆記本上。像人們常說的“穿山甲，王不留，婦人吃了乳長流”，指這兩種藥有發奶的功效。“檳榔、浮留，可以忘憂”，指這兩種藥有興奮神經的作用。“七葉一枝花，深山是我家，癰疽若遇著，一似手擒拿”，這是說蚤休（七葉一枝花）產地在深山，這種藥材有解毒去癰的療效。李時珍將這些順口溜記在筆記本上，如獲至寶。他感歎：民間流散著多少寶物啊！我一定要廣采博收。他用記下的資料，給人治病，經過驗證，確實療效好的，後來都收入到《本草》中了。
李時珍離開京城，離開那爭權奪利的官場，返回故鄉繼續著自己的事業。