牛頓是自造幣局成立以來最出色的、最有能力的局長，他總是認真地對待自己的工作。雖然人們為科學界從此失去一個重量級人物而歎息，但牛頓卻以實際行動駁斥了“數學家缺乏實際頭腦”的愚蠢說法。
升任造幣局局長後，牛頓已經沒有精力繼續從事在劍橋大學的研究和教學工作，他決定不再幹下去了。可是，這個講座由誰來接替他主持下去呢？當年，牛頓的老師巴羅教授主動將位子讓給牛頓，可謂慧眼識到了英才，現在，牛頓也想退位了，他必須要找一個信得過又有真才幹的人。他首先就想到了自己的一個忠實的追隨者，此人名叫惠斯頓。
１７０１年１２月１０日，牛頓正式辭去盧卡斯教授一職，由惠斯頓接替。
雖然退出了劍橋大學，但牛頓並沒有退出整個學術界。他還有許多事要做。
１７０３年，牛頓的老對手，也是好友胡克去世，這促使牛頓當選為英國皇家學會的主席。
英國皇家學會可以稱得上是英國科學的心髒。在當時複雜的政治狀況下，牛頓深知，要幹好這個會長絕不是件容易的事。根據在造幣局成功的經驗，他把精力重點放在管理上。
在學會裏，他仍舊保持著一慣的風格：謹慎、沉默。盡管他從不滔滔不絕，口若懸河，但是他卻總是帶著威嚴端坐在會議桌的中間，那樣子就像是家長坐在一群孩子中間。他倡導學會的精神是務實，多做少說。
在牛頓的英明領導下，整個學會生機勃勃，科學開展得相當興旺。牛頓在學會獲得了空前的威望，他穩穩坐牢了英國科學界的第一把交椅。
牛頓在坐上皇家學會會長的位子開始，就再沒有離開過，他年年續任，一直到他去世為止，大約長達２５年之久，他成為英國皇家學會曆史上任期最長的會長，同時，他也是人們公認的最負責任、最優秀的會長。
獲得貴族頭銜
１６９６年６月，瑞士著名數學家伯努利，在報上刊登了兩個問題，公開向全世界的數學家挑戰，限定在６個月內答複。
很快，在規定期限內，德國數學家萊布尼茲對兩個問題中的一個做出了正確的回答，對於第二個問題他卻尚沒有任何思路，同時，也沒有別的學者給伯努利任何的答複。於是，伯努利決定，把第二問題繼續登在報上，並延長答複期限為一年。
在這則消息連續在報上刊登了半年後的一天，牛頓去好友哈雷家拜訪。閑談之餘，哈雷向牛頓問起這件事，原來牛頓因為造幣局的事忙得頭昏眼花，根本就不知道。後來牛頓回到家中，便演算起來。淩晨四點鍾，這個困擾了眾多學者一年之久的難題竟然輕而易舉地被牛頓解答了。
第二天一大早，牛頓立即差人將署有別名的答案，寄給了伯努利。當伯努利看到牛頓精確清楚的解析答案後，他不假思索地喊道：“天啊！從他的爪子裏我認出了這頭獅子，他是牛頓呐！”
此時的牛頓的確雄風不減，在從政之餘，他仍沒有放棄科研。１６９９年，牛頓擬定了科學的曆法方法，根據它可以準確推算出春分、秋分、夏至和冬至的日期。１７００年，他又發明了六分儀，它是航海和測量土地必備的工具。１７０１年，“牛頓冷凍法則”誕生，它為以後的物理學和冶金學做出了不朽的貢獻。
１７０５年４月１６日，女王親臨劍橋。在女王陛下龐大的隊伍中有偉大的科學家牛頓，現在他已是政界中的風雲人物。回到闊別４年之久的母校，牛頓感慨萬千，心潮激蕩。往日的情形曆曆在目，那時無足輕重的牛頓卻已成為今天科學界、政界的頭麵人物。
在同一地點同一時間，女王授予牛頓爵士爵位。