第三章
吳敬恒同入南洋公學任教，卻因他發生了轟動一時的退學事件。同年10月17日，導火線是一個小小的墨水瓶，引起特班學生犧牲其保舉經濟特科的資格，相率退學，蔡元培也引咎辭職。而原因是吳敬恒和校方發生衝突，有十數名學生遭開除，吳亦辭去。
這個事件對清末學界的影響無比重大。蔡元培和吳敬恒、章太炎、蔣維喬等，便在中國教育會的二樓成立“愛國學社”，社員55人，都是南洋公學的退學生。
學社社員勸其姊妹就學，自此女校學生漸多。愛國學社成立後，蔡元培等幾個具有進步和革新思想的人士，從此與一群熱情奔放的青年學子日夕相處，彼此間互相影響，言論和思想都有了急劇的發展，不久便激起更大的浪潮，震撼了上海甚至整個中國。
光緒二十九年（1903）1月間，由於中國教育會的言論十分激烈，引起守舊人士利用《申報》加以譏評。吳敬恒主張在《蘇報》上，由元培、章太炎和他輪流撰寫文章跟他們對抗。鄒容遺著3月間，章士釗等31名南京陸師學堂學生集體退學，在蔡元培的協助下加入愛國學社。同時，浙江大學堂也爆發學潮，退學生自建“新民塾”，並電請蔡元培和吳敬恒前往支持。
當時仇滿的情緒已日益高漲，蔡元培發表《釋仇滿》一文，發表在《蘇報》上。認為種族之別，一是血液，一是風習，滿人血統與漢族混雜既久，其語言文字風習亦已為漢族所同化。所謂滿人，不過是在政治上擁有世襲爵位、不管實業而坐食特權的一個記號而已。隻要滿人自覺放棄其特權，則漢人絕無殺盡滿人的必要。
3月底，跟著又有拒俄運動的展開，蔡元培剪了頭發，和誌願加入“拒俄義勇隊”的96名學生，穿上製服，早晚訓練，準備抵抗俄國侵占中國東三省。可是，清廷不但沒有明白青年學子的愛國熱誠，反以為他們是在陰謀造反，而加以強烈的壓製，結果隻有迫使急進的青年走向反清的道路。
5月間，鄒容的《革命軍》和章太炎的《駁康有為論革命書》兩本巨著先後出版，尤其轟動一時。
中國教育會會長於此時改由黃宗卿擔任，卻鬧起會與社誰為主體之爭。章太炎主張不與學社合作，吳敬恒較袒護社員。蔡元培原本態度溫和，不隨便袒護一方，但一向保持和平態度的蔡元培卻為吳敬恒的一句刻薄話所激怒，忿然道：“我本要上德國留學去，我辭去會和社的事。”
說罷即離去。眾人雖予挽留，但他去意已決，略整行裝後，於20日乘船離開上海，臨行時各人都去送別。
蔡元培離開上海不過半個月左右，轟動一時的“蘇報案”便發生。章太炎和鄒容被抓，吳敬恒逃匿，愛國學社亦遭波及而解散。案發時，蔡元培正船抵青島，接到他哥哥蔡元堅發來的電報，說“清廷已與德使商定，電青島德吏捕蔡某”雲雲。元培隻好返滬，又重新參與上海誌士的活動，這時，適逢俄人進兵奉天，蔡元培便與劉師培等發起“對俄同誌會”，參加會員有百餘人。
光緒三十年（1904），元培在《俄事警聞》上發表了一篇《新年夢》，主張說：“我們意中自然有個中國，但我們現在不切切實實造起一個國家來，怕永遠沒有機會了。”又提出了外交方麵應辦的三件事：一、恢複東三省。二、消滅各國的勢力範圍。三、撤去租界。這篇文章，頗能反映出他這時的思想。
對俄同誌會並以《警鍾日報》為機關報，報紙的編輯工作初由王小徐負責，其後嬗於蔡元培。他主持到這年6月間，因接任愛國女學校校長，編輯工作才由汪德淵接任。《警鍾日報》後因揭載德人經營山東的密謀，觸怒德國領事，報紙被封禁，拘去五人，上海的革命言論機關至此又遭遇挫折。
蔡元培重掌女校校政之後，除了在文字和教育方麵努力鼓吹之外，與國內的秘密革命運動更建立了深厚的關係。1903年在東京成立的“軍國民教育會”本因拒俄而起，但後來改組變成一個秘密從事革命活動的團體，並有“暗殺團”的組織，由楊篤生主其事。
軍國民教育會會員黃興歸國後，創設“華興會”，擬於1904年慈禧太後七十歲生辰之日，發動長沙等地起義。楊篤生回上海，別樹“愛國協會”，由他擔任會長，章士釗副之，蔡元培、陳獨秀、蔡鍔等也同時加入。
東京原有“浙學會”的組織，由陶成章主持。陶成章回滬後，和元培等人又在上海成立一個新的革命團體，叫做“光複會”，以擴大暗殺團組織為目的。跟著光複會的東京分部也正式成立，魯迅等人也參加進來。元培加入光複會後，即邀請徐錫麟入會，並介紹徐與陶相識。
蔡元培參與暗殺組織，專學製造炸彈，賃屋購儀器藥品，由黃興帶來十餘枚彈殼，遂填以炸藥。吳樾暗藏炸彈，計劃行刺五大臣於北京車站，不幸炸藥誤發，竟以身殉。
1905年8月間，留日十七省革命誌士在東京發起“中國同盟會”，以孫中山為總理，誓言“驅逐韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權”。本部之下，設立各省分會。上海分會由蔡元培擔任分會長，光複會會員也大半加入同盟會籍。蔡元培以愛國女學校作為革命同誌的接洽機關，並提供教員資格給徐錫麟、陶成章、楊篤生、黃興等革命同誌作為革命活動的社會身份。
同年，章太炎出獄，可是鄒容卻病死獄中。在鄒容追悼大會上，蔡元培當眾演說，痛詆清廷的暴虐，蔑視人權，聽者無不動容。鄒容墓前紀念塔落成，蔡元培又作演說，演辭特別警策，陳英士聞而感惜，返裏變賣不動產，決心從事革命工作，他後來成就的事業實發端於此。
當時國內的革命人士主要集中策劃暗殺和暴動，但暗殺工作不能順利開展，革命的方針和步驟也無法確定，因此大家對革命的前景仍然非常黯淡。蔡元培的內心不免會有失落的感覺，因此改變一下生活環境的欲望便愈來愈強烈。到這年秋天，聽聞清廷有派遣編修、檢討出洋留學之議，便決定進京銷假，申請留學歐洲。臨行，把同盟會幹事一職托他弟子黃炎培代理，並將秘密文件及名單多種交給他保管。蔡元培離開上海，獨自前往闊別了8年的北京。
光緒三十二年（1906）秋，蔡元培跑到北京，一心想申請去德國，但因政府絀於經費，無法派出。後在譯學館任教，等待出國時機。譯學館後來歸並京師大學堂，而1912年京師大學堂改為北京大學，所以蔡元培這次在譯學館的任教，實在是服務於北大的第一次。他的《中國孫寶琦像倫理學史》一書就是在這段時期寫成的。
1907年4月，清政府派孫寶琦為出使德國大使，孫寶琦允每月資助元培學費30兩，而商務印書館又與蔡元培訂定每月送編譯費百元。基本生活費用問題既已解決，元培遂隨孫寶琦赴德留學。這一年蔡元培已四十一歲，作為一個留學生，年紀似乎大了一點；可是，他時常想爭取進修機會以充實自己的學問，這種好學的精神，實在令人敬佩。
蔡元培在德留學，直至辛亥年（1911）革命成功，始回中國，前後有四年。他進入萊比錫大學專攻哲學，在校期間翻譯德國哲學家包爾生所著的《倫理學原理》，由上海商務印書館出版。在他初到柏林時，即聞徐錫麟起義於安慶，被執就義；不久，秋瑾又密謀在紹興起義，也被捕遇害，光複會的力量大受摧殘。
當時，吳敬恒、李石曾、張靜江等在法國巴黎出版《新世紀》周報，宣傳無政府主義，並反對君主立憲，提倡革命。蔡元培受無政府主義思想的影響，在德國也作精神上的呼應。辛亥年4月27日，黃興所領導的廣州起義雖然失敗，卻轟動全國，革命情緒自此更趨高漲。10月10日武昌起義.武昌光複後，鄂軍政府旋告成立。
蔡元培得吳敬恒在倫敦寄出的信，始知武漢的消息。他在致吳敬恒的信中，有“弟恐不能久留此間”之語，暗示打算回國赴難、共同奮鬥的意向。其後，接陳英士電報，催他回國。於是結束四年的留學生涯，取道西伯利亞東歸。抵達上海之日，正是黃興由武昌抵滬之時，即12月1日前後，孫中山尚未返國。他一時沒有住處，蔣維喬留他住在愛國女學校內。
12月4日，各省代表議決以南京為臨時政府所在地，黃興當選為大元帥，黎元洪當選為副元帥。孫中山亦於年底返國，旋即當選為臨時大總統，以1912年1月1日為中華民國元年元旦，此後改用陽曆。是日孫中山就職於南京，著手組織內閣。各省代表會正式開會，通過國務員名單，各部門總長依次為：陸軍黃興、海軍黃鍾瑛、外交王寵惠、財政陳錦濤、司法伍廷芳、內務程德全、教育蔡元培、實業張謇、交通湯壽潛，中華民國第一次臨時政府至此完全成立。