1368年，朱元璋正式登基稱帝後，因劉基料事如神，能明辨是非，而且公正廉明，剛毅有節，慷慨直言，而任命他為禦史中丞兼太史令。但正因為劉基具有這些優良的品質，得罪了許多奸詐小人，從而種下了禍根。
明朝位居“勳臣第一”的韓國公李善長對劉基的嚴格執法、不徇私情就頗有成見。一次，李善長的親信中書省都事李彬仰仗李善長的勢力，以手中權力擅自增加賦稅，並從中貪汙，被劉基查處，當按律問斬。李善長聞訊，親赴劉宅疏通關係，以求寬大。劉基並沒有給李善長麵子，而把李彬犯罪的事實寫成書麵材料上報朱元璋批閱。結果，李彬被斬，李善長對劉基氣大了，經常找借口在朱元璋麵前誹謗劉基，以至二人積怨越來越深。
朱元璋愈是對劉基言聽計從，愈是給他招來更多的嫉妒和仇恨。又一次，朱元璋因為厭煩李善長的專橫跋扈，看不慣李善長的驕態，準備撤掉他的官職，讓劉基出任丞相之職。劉基深感李善長權柄之重、餘黨之眾，自己很難站住腳，故屢借自己脾氣急躁，性格偏激，處理政務沒有耐心，缺乏做丞相的素質和胸襟，托辭不受。同時朱元璋說：“李善長是開國元勳，能調和文臣武將的關係。”又指出李善長妒人驕橫，不宜繼續為相，但不可馬上就換。朱元璋問；“你認為誰可繼任丞相，楊憲怎麼樣？”劉基答；“楊憲有丞相的才華，但器量狹小。”元璋接著問：“汪廣洋如何？”劉基答道：“汪廣洋的器量比楊憲還小。”朱元璋又問：“那胡惟庸呢？”劉基又答道：“胡惟庸沒有能力，區區小犢，一經重用，必賁轅破犁，為禍不淺阿！”劉基建議朱元璋廣求天下之才。
洪武四年，劉基已告老還鄉，李善長罷相，朱元璋用汪廣洋為右丞相，胡惟庸為左丞相。胡惟庸處世圓滑，狡黠且善於阿諛奉承。因此，漸漸受到朱元璋寵信。汪廣洋去職後，胡惟庸出任右丞相。劉基悲戚戚地道：“胡惟庸得誌，必是百姓的一害，如果我說的話不能應驗，那真是百姓的福氣啊！”胡惟庸聽到劉基的話後，懷恨在心，伺機報複。適逢談洋一帶，常有鹽梟出沒，劉基上奏朝廷，在該地設巡檢司，鹽梟不服管教，反聚眾作亂。劉基的兒子據實上報朝廷，沒經過中書省。胡惟庸嫌此事沒經他手，憤恨不平，於是唆使刑部尚書吳雲上疏誣告劉基，說談洋這塊地有“王氣”，劉基欲占此地修墳墓。朱元璋因屢聽好人佞臣對劉基的誹謗、誣蔑，難免也將信將疑。便革掉了劉基的養老俸祿，以做結案。劉基從此憂憤成疾，胡惟庸便假惺惺地延醫送藥。劉基服了胡惟庸送的藥後病情反而加重，粒米不進，沒多久，就滿懷對明朝前途的憂慮離開了人間。
洪武十三年，胡惟庸擅權枉法，圖謀不軌，被朱元璋謀殺。劉基被毒死之事，終有人告發，大白於天下，朱元璋甚是惋惜，但後悔不及。
劉基是明朝開國功臣，因為人剛直，受到奸佞小人的嫉恨。胡惟庸任右丞相時，對劉基秉公處事，懷恨在心，遂尋找機會，進讒言，用“暗箭”中傷劉基，終於使其慘遭毒手，被害身亡。
劉瑾誣言惑武宗
明武宗即位後，內官劉瑾與馬永成、穀大用、魏彬等8人苟合，稱為八黨。其中，劉瑾尤為狡詐，嚐羨慕宦官王振為人。為討武宗歡心，他日進鷹犬、歌舞、角骶之戲，導帝遊戲。武宗終日遊宴戲耍玩得不亦樂乎，遂擢升劉瑾為內宮太監，總督團營。
禦史趙佑、給事中陶諧看不慣劉瑾等造作巧偽，皆上疏彈劾，武宗不聽。大學士劉建、謝遷、李東陽、尚書張升等交章論諫，武宗仍不聽。五官監候楊源以星變告武宗：劉瑾在，必危害忠臣，危害社稷，武宗這才稍有動心。這時，恰巧劉建、謝遷複聯名上疏請誅劉瑾。武宗不得已，召太監陳寬、李榮、王嶽商議，隻將劉瑾等調赴南京。諸大臣聞之憤然，據理力爭，劉建對諸臣說：“事將成了，願大家同心協力，一定要除掉八虎。”尚書許進道：“過激恐有變化。”太監王嶽亦深恨八虎為非作歹，俱將劉建等良言報告武宗，使之堅定信心，劉建與韓文及諸臣約定明日上朝伏闕力爭。
武宗即將發布逮捕劉瑾詔諭的消息，被劉瑾的好友，吏部尚書焦芳泄露。幾個人聽此消息不啻晴天霹靂，嚇得麵如土色，伏案而哭。劉瑾略加思索，便帶七人趨武宗殿內，環跪座前，叩頭有聲。劉瑾痛哭流涕，聲音哽咽地道：“今天若不是萬歲施恩，我們恐怕已經喂狗了。”武宗道；“朕未降旨拿問，何出此言？”劉瑾道：“陷害奴輩的是王嶽。王嶽外結閣臣，內製皇上，恐奴輩識破，因此先發製人。況且狗馬鷹犬，能損幾萬，王嶽造謠生事，排除異己，其情可鑒。”武宗道：“王嶽如此刁滑，理應加罪。但閣臣多先帝遺臣，一時不便追究。”劉瑾繼續激火道：“奴輩死不足惜，恐怕閣臣要挾製萬歲了。”武宗不禁勃然發怒道：“朕為一國之主，豈能受人挾製？”劉瑾乘機鼓動道：“隻求宸衷速斷，免致掣肘。”憤怒已極的武宗朱筆一揮，命劉瑾入掌司禮監，其它餘黨皆擢升，並即刻飭錦衣衛速逮王嶽、範亨、徐智等入獄。