第二部風影營救篇跟隨自來也在外訓練兩年多後，鳴人回歸木葉。此時的他在體格及心智已較以前成熟。當得悉一眾友人已成為上忍或中忍，而我愛羅更是成為風影時，鳴人並不氣餒，反而被激勵起來。後來來自‘曉’的兩名不速之客夜襲砂隱村，我愛羅因為要顧及砂忍村的居民而被迪達拉用計擊敗，勘九郎欲救弟亦身中劇毒，砂隱村陷入混亂當中。得悉我愛羅被抓，同樣作為人柱力的他決心要前往拯救，正因鳴人非常了解我愛羅身處孤獨的痛苦。從前他亦嚐試過孤單的滋味，但現在已經有了自己的夥伴；相反我愛羅雖為風影，依然受盡村人的偏見與冷落。他非要把我愛羅從孤單
及危機中拯救出來不可!鳴人的決心，還打動了砂隱村內已退隱的元老－千代婆婆的心，決意複出，協助鳴人救回我愛羅。後到達‘曉’聚會的地點，但為時已晚，我愛羅已被抽出尾獸力量而死亡。鳴人欲奪回我愛羅的身軀，因而被曾襲擊砂隱村的其中一名‘曉’成員－迪達拉所挑釁。卡卡西不放心，故隨鳴人同去，並勸鳴人要冷靜下來，從詳計議。鳴人配合卡卡西，由卡卡西使出萬花筒寫輪眼擊傷迪達拉，再由鳴人擊落迪達拉所乘的巨鳥，取回我愛羅的身軀。後來證實我愛羅己死，鳴人激動的變化成妖狐，攻擊迪達拉。卡卡西見狀，立刻用自來也所說的方法把鳴人製住。迪達拉被木葉的第三班及第七班圍攻，迫虎跳牆下使出絕招“分身自爆”，幸被卡卡西轉移到另一空間……戰鬥結束，草原上躺著我愛羅的屍首，鳴人所表現的真摯友情，感動了千代婆婆，甘心犧牲自己的性命令我愛羅複活。我愛羅回歸，砂隱村的民眾夾道歡迎，我愛羅第一次感到被其他人肯定的滋味。故鳴人他們準備回歸時，我愛羅心存感激;雙方的握手，代表著永恒的友誼。天地橋之戰從‘曉組織’的蠍口中得知其將與派往大蛇丸身邊的臥底會麵，認為是尋找佐助消息的好時機；在五代目批準下，準備往會麵地點──天地橋出發。由於卡卡西在與迪達拉一戰中虛耗過多，無法同行，於是由原暗部成員、化名大和的天藏擔任新隊長，率鳴人、櫻及新成員佐井前往目的地。雖然鳴人及櫻對佐井的假意笑容及口不擇言，沒甚好感，但同意為了佐助，即使要與不喜歡的人合作也心甘情願。到達天地橋後，大和偽裝成蠍，接觸蠍的臥底，而鳴人他們躲在岩石後麵靜待指示。令一行人驚訝的是，原來這名臥底就是藥師兜。及後大蛇丸亦出現，大和的偽裝身份亦被揭穿，雙方交戰起來。鳴人受到挑釁，化身成四尾妖狐，失去意誌，還把小櫻弄傷。大蛇丸與鳴人間爆發激戰，被兜稱為‘怪物間的戰鬥’。後大蛇丸因三年限期已到，身體不能承受，不敢戀戰而去;鳴人亦被大和操控尾獸的力量所壓製，變回人類的狀態。清醒過後，得悉是自己傷害了櫻而愧疚，就同意大和所說，要不斷鍛煉自己本身的力量去保護身邊重要的人。重見佐助篇天地橋一戰後，鳴人他們繼續追蹤大蛇丸一眾，卻得悉佐井背叛了他們。此時大和的木分身已查出大蛇丸巢穴的所在地，鳴人他們便決定深入虎穴。他們先找到佐井，並將其困綁起來；佐井問鳴人為什麼執著於要拯救佐助，鳴人卻說這是因為他與佐助之間，有著兄弟般的‘羈絆’。佐井為其所動，想親眼看看‘羈絆’的意義，終棄暗投明，並反過來合力把剛到的藥師兜製服。鳴人與佐井冰釋前嫌，組隊在大蛇丸巢穴內尋找佐助的下落。不料卻又遇上大蛇丸，於是鳴人讓佐井先往尋佐助，自己則應付大蛇丸。及後櫻及大和前來助陣，大蛇丸又再遁去無蹤。鳴人他們從佐井臨走時遺下的秘策中，赫然發現原來佐井此行目的，是要暗殺佐助，不禁又憂心起來。突然一聲巨響，引起鳴人他們的注意，並疾步趕往現場，隻見佐井正呆站著。忽又傳來一聲熟悉的聲音，隻見爆炸後地麵上站著一個人，正是佐助！!重遇佐助，鳴人首先是表現興奮，但佐助冷漠的態度及身手的敏捷卻出乎意料之外。佐助稱要把鳴人殺掉，以斬斷彼此間的‘羈絆’；又道出剛才佐井說要替鳴人帶他回木葉之事。奇妙的是，大蛇丸及兜此度又再出現，竟阻止佐助殺鳴人他們，目的是要留下能鏟除‘曉’的力量。佐助不再執著，跟著大蛇丸離去……救回佐助的目標再度失敗，但卻得到了真心的夥伴佐井……飛段、角都篇
鳴人重新投入訓練，並得到卡卡西及大和的指點。鳴人得知自己的能力屬於‘風’屬性，為加快訓練效果，他以多重影分身術進行修行，並前往同有風屬性的猿飛阿斯瑪處尋求指點。後阿斯瑪對上‘曉’的飛段、角都，戰敗陣亡，第十班意欲報仇，卡卡西暫時把修行之事交給大和處理、而自己負責照顧第十班。後卡卡西所率的第十班與飛段、角都陷入苦戰，幸虧大和及時率領鳴人、佐井、櫻三人趕到，加入戰團，鳴人更與大和一起使出風水混合術“颶風水渦之術”，抵消角都的風火混合攻擊。鳴人以新術風遁·螺旋手裏劍攻擊角都，但第一次失敗了。卡卡西認為應對角都進行圍攻方妥當，但憑著鳴人要超越四代火影的決心，卡卡西讓鳴人作第二次攻擊。鳴人亦不負所托，以影分身成功欺騙角都，並從其背後施以風遁·螺旋手裏劍，給予致命一擊－－角都全身經絡被擊得粉碎，倒在地上。鹿丸亦把飛段擊敗後，眾人又回到木葉忍村……宇智波鼬追捕篇為了得知曉的情報，及追尋佐助的下落，木葉決定鎖定以宇智波鼬為目標的追捕計劃，而鳴人的大和班和卡卡西新領的第八班一起聯手行動。途中鳴人曾一度遇上宇智波鼬的影分身，鼬當時亦有話希望跟鳴人說，可惜卻因為鳴人的衝動打斷了話題。但鼬臨走前卻賦予了鳴人神秘的力量，並說在必要時才用此力量等等。後眾人對上了曉的宇智波班，鳴人的螺旋丸、誌乃的蟲玉及牙的通牙之術均對其無效；就在此時，曉的絕前來彙報佐助與鼬的戰果，佐助的勝利及戰後受重創使鳴人感驚愕及擔心，並曾指罵絕是“蘆薈”、要他說出佐助在那裏。收到情報的班不再戀戰，及絕一起前往戰場把鼬的屍體及佐助帶走。鳴人他們急步追趕，雖找出戰場位置，但早已人去樓空。佩恩襲擊木葉篇再次尋找佐助的蹤影失敗後，回到木葉，卻驚聞自來也被佩恩殺害的噩耗。為此曾一度悲傷的他，因為伊魯卡老師和鹿丸的鼓勵，而再度重新振作起來，並協助解開自來也臨終前留下的暗號，可惜的是仍然沒有頭緒。為了替自來也報仇，他決定接受深作大人的提議，前往自來也曾修行的妙木山做艱苦的仙術訓練。訓練期間，鳴人險變青蛙，幸得深作大人用術阻止，不過鳴人卻整身是傷。經過一番修行，鳴人總算是基本掌握了自然力量，故深作大人建議轉為不用蛤蟆油的練習，同時也給了鳴人自來也的遺作─