1984年，組織上決定要他從主持教學工作的崗位上下來，接替校黨委書記的工作。從1984年初到1988年秋再次換屆為止，他在這一崗位任職4年半有餘。這幾年，他一直是和校長高景德院士共同主持學校工作。他們都在50年代中期進入學校黨委常委，“文革”後又都負責學校某方麵的工作，相互了解熟悉，這對推動學校工作有很大好處。這四五年中，在思想政治領域，重要的有兩件事：第一，進行了以“徹底否定文革”為中心的整黨工作，把學校黨組織的認識統一到十一屆六中全會通過《關於建國以來黨的若幹曆史問題的決議》上來。在澄清思想混亂、消除派性殘餘和個別人問題的處理上都收到較好的實效，提高了黨組織在認識上的統一，加強了團結，大家心情比較舒暢，也得到上級的充分肯定。第二，批判和抵製1986年至1987年間資產階級自由化思潮對學校的侵蝕和突然襲擊，學校黨組織和師生員工都受到鍛煉，穩定了局麵。在保持團結穩定的環境的同時，學校領導班子著力於教育改革和長遠發展建設。
清華在確定改革發展的思路時，不同於當時社會上盛行一時的管理改革，而是以學校的內涵改革（或業務改革）為主，同時進行管理改革。在1985年8月的全校黨代表大會上，明確了建設世界第一流的、有中國特色的社會主義大學的長期目標；確定了學校建設中執行“著重提高、在提高中發展”的方針。重大措施主要有四項：第一，1984年成立研究生院，提高層次，增加研究生數量，保證質量。同年成立繼續教育學院，麵向大學後的終身教育。第二，改變清華在1952年院係調整後多科性工業大學的格局。1984年在經管係的基礎上成立經濟管理學院，1986年在恢複理科各係的基礎上成立理學院，成立外語、中文、社會科學各係並醞釀成立人文社會科學學院，這都是建設高水平綜合大學的必要步驟。第三，積極爭取承擔國家的高科技項目研究，占領製高點；同時發展與企業、地方的合作，積極進行技術開發，形成了重點高校既是教育中心又是科研中心的格局。第四，竭盡學校財力，在學校周邊購置了645畝發展用地。籌劃進行一些大的基建項目。經過幾年的努力，清華的各項工作多處於全國高校的前列，並為建設世界第一流大學的長遠目標構造了初步的框架，做了一些基礎性工作。
李傳信1985年9月出席了中國共產黨的全國代表會議，1987年10月出席黨的第十三次代表大會。1988年秋，在清華黨委換屆選舉後，他在二線做些工作。上級曾幾次要調他到校外單位任職，他都婉謝了。1994年底，68歲時李傳信離休。離休後，他仍住在學校，還參加學校一些活動。常和學校的老、中、青同事、青年同學還有外地來的校友聊天或談心，傾注著他對水木清華的執著深情。
（作者 譚國興）