西晉永嘉（306），今酉、秀、黔、彭等地"沒於蠻僚"，曆宋、齊、梁、魏、周等250餘年。
北周保定四年（564），涪陵少數民族首領田思鶴"以地內附"，歸順中原王朝，因而在彭水置奉州（建德三年改名黔州），縣為其屬地。
隋開皇五年（585）置石城縣，兼置庸州，治所均設今縣壩鄉縣壩村。
隋大業三年（607）廢庸州，石城縣隸屬巴東郡。《隋誌》："巴東郡統縣十四，北極巫山、秭歸，南至石城、務川最。石城縣廣矣。"唐武德元年（618）石城縣改屬黔州，其縣治移無慈城，即今縣壩老鷹關。
唐貞觀四年（630）遷今聯合鎮。天寶元年（742）改名黔江，屬黔安郡（黔州）。
五代十國時期，黔江屬黔州。嘉慶《四川通誌》："天夏七年（90）年建據蜀，後唐長興五年（935），孟知祥據蜀，黔州地屬之。"宋、元之際（960-1368），黔江"半沒於夷。"清鹹豐《黔江縣誌》："黔江自宋、元以來，半沒於夷，為龔、胡、秦、向四土豪所據。龔據水寨，秦據冊山，胡據峽口，向據後壩。"縣境周邊為唐崖、忠路、大旺、石柱、酉陽等土司包圍，對縣境不斷擴張蠶食。至元二十二年（1285），明玉珍據川，稱帝10年，黔江縣為其屬地。
黔城地處川東鄂西交界處，周圍土司長期爭戰不休，民族矛盾和地區矛盾尖銳複雜。因此疆，犬牙交錯"的軍事要地，數次陳重兵於黔。
洪武五年（1372）藍玉征黔，省黔江入彭水縣.洪武十年（1378），藍玉再次征黔，駐官兵1216名，置黔江守禦千戶所。
洪武十四年，複置黔江縣，所，縣並立，文武兼治。黔城守禦千戶所隸四川都司所屬的重慶衛，持續275年。
清初，黔城縣屬重慶府。康熙元年（1662），改黔城守禦千戶所為黔彭營，鎮守黔江，彭水等縣，兼轄酉陽、石耶、平茶、邑梅五土司。
雍正四年（1726），改黔城縣為黔城萬。十二年（1734），含彭水縣升為黔彭直隸萬。為萬治。
十三年（1735）酉陽土司"改土歸流"後，置酉陽直隸州，廢黔彭直隸萬，複置黔城縣，屬酉陽直隸州。
，明王朝視這裏為"地處蠻1911年11月13日，黔江"反正"，成立軍政府。民國元年（1912）廢府，州、廳，黔城直屬省。在四川"防區製"時期，黔江屬劉湘防區。
1935年川政統一後，黔江屬四川省第八行政督察區，即酉陽專區。抗日戰爭中武漢失守後，第六戰區長官司令部部份機關遷駐黔江正陽鄉大路坪。
1946年，川黔湘鄂邊區綏清公署（轄五十六軍）設於黔城，以控製恩施、酉陽、銅仁、永順、涪陵、芷江等6個專區及其縣份。
1949年11月12日，中國人民解放軍解放黔江，11月25日，成立黔江縣人民政府，隸屬川東行政專區。
1950年1月23日，置酉陽專區，領酉陽、秀山、黔江3縣。
1952年9月，酉陽專區並入涪陵專區，黔江隨之屬涪陵專區。1983年11月，經國務院批準，撤銷黔江縣，建立黔江土家族苗族自治縣。次年11月13日舉行自治縣成立大會，宣布自治縣成立。