五月，上命複建文年號，立忠臣方孝孺等祠。殺假官木堅、李之秀於市。二人不知何所從來，自稱原任兩司；召對稱旨，即以原官補用。後有言其假冒者，上怒為所欺，遂誅之。
都督陳謙稱奉監國使，命入閩；久駐衢州，持兩端。雲魯已封靖囗侯，欲以此邀封於上。上敕芝龍取其侯印為驗，謙齎印至，上即召入關。禦史錢邦芑劾其久住三衢，徘徊閩、浙之界；自以舉足左右為重輕，因欲要取侯封。以閩要浙、以浙要閩，隻恃構閫囗囗散行挾製之術。又曆數其在衢奸淫不法諸惡狀。遂下之獄。芝龍疏救，不允。謙，武進人，出身甚微。乙酉春，齎宏光詔封芝龍南安伯。芝龍德之，故力為申救；行賄五千金於邦芑，請免謙死。邦芑以聞於上，遂決意殺之；即命邦芑監刑。芝龍聞之，過市，命且停刑；急入朝見上，請以官贖謙死。上密敕促行刑，故與芝龍語久，慰勞之；過期，芝龍出，而謙已斬矣。芝龍伏屍哭極哀，厚殮之。從此，益懷異誌。密致書於清總督洪承疇，承疇不答書，但答以筆一管；疑毫端當有密劄，索之一無所有。蓋示隱語以「必來耳」（或曰：芝龍與承疇相通已久，承疇業以王爵啖之。此舉特以愚朝廷也）。
六月鄉試，以布政使吳炳為提調官，編修劉以備、閔肅主試。取中葉瓚等一百一十七名。凡四方流寓諸生，俱得入試，特旨廣額七十名。上又親試流寓貢生，取萬子荊、倪天弼等三十餘人；改為萃士，照庶吉士例，送翰林院教習。榜首李日煒，徑授禮科給事中。
是時，贛州已圍兩月。自江撫劉廣允被執，援兵皆不敢前。六月十五日，舊贛督李永茂所遣副將吳之蕃、遊擊張國祚率粵兵五千人，與北兵遇於李家山、九牛山之間，數戰皆捷。北兵疑援師大至，遂撤城下圍，屯於水西；之蕃、國祚亦退守南康。時贛城守已久，奉詔獎勞，賜名「忠誠府」。加楊文薦右都禦處，命太宰郭維經出閩募兵援贛，加六省督師銜。維經亦入城，同廷麟、文薦為協守計。
浙東報至，北兵以初一日渡江，陷紹興，魯王航海江上，諸師俱潰；行在大震。鄭鴻逵久駐關外，未嚐前進一步；有傳北兵至者，徒跣疾行三日而抵浦城，後至者言兵嘩也。事聞，削鴻逵爵。芝龍既怏怏不得誌，又為洪承疇所紿，許封閩粵王；凡各關隘守兵，自二月間俱已撤回。及聞浙東之信，遂疏稱海寇狎至，臣宜遄回防禦，且措兵餉為守關之計；拜表即行。芝龍既回安海，守關將施福聲言缺餉，亦撤回安海。仙霞嶺二百裏間，空無一兵；惟所遣守關主事及內臣數員，偵探敵信以上聞耳。
七月，上誕元子，大赦覃恩；從龍諸巨，悉皆封爵。禦史錢邦芑疏言：『元子誕生之辰，正浙東新破之日；同盟且應見恤，剝膚益複可憂。臣以為是舉朝同仇共憤之秋，非覃恩受封之時也。且覃恩不宜太優、爵賞不宜太濫。若鐵券金章，徒以賜從龍之舊；即將來恢疆複土，何以酬汗馬之勳？非所以重名器、勸有功也』。不報。
七月二十五日，上禦門。群臣朝罷將退，上命內臣捧出一盤，覆以黃帕，置禦前。上諭群巨曰：『朕本無利天下之心，為勳輔諸臣擁戴在位。朕布袍蔬食，曉夜焦勞，有何人君之樂？祗是上為祖宗、下為百姓，汲汲皇皇，惟恐負諸臣擁戴之初心。今觀諸臣，大非初意。昨關上主事搜得閩中出關迎降書二百餘封，今具在此。朕不欲知其姓名，命錦衣衛官檢明封數，捧至午門前對眾焚之。班內諸臣，宜亦有之，朕俱不問；有之者，當從此改心易慮』！上大身豐頤，無須，聲音宏如鍾，著赭黃袍；詞氣慷慨，言之舉朝感動。
上擇日出贛。楚督何騰蛟遣郝永忠領鐵騎五千迎駕，將至韶州，而北兵已陷衢州、抵閩關，遂入無人之境；守浦城禦史鄭為虹、科臣黃大鵬死之。報至，上即於八月二十一日啟行。上與中宮皆騎馬，猶載書十餘扛以從；隨行者，輔臣何吾騶、朱繼祚等數人而已。二十七日，至汀州。停蹕一日，忽有十數騎叩城曰：『吾扈蹕兵也』。門者納之，直入行宮；給事中熊緯方趨朝遇之，始知是北兵，大罵而死。從官一時奔散，遂不知上所在。有雲敵人入宮，見一衣黃衣者射殺之；蓋有衛臣貌類上，為代死也（或雲：衛臣張致遠）。或雲與後俱被執，後至九瀧投水死，上崩於福州。永曆元年，遙上尊號為文皇帝（某以八月初一日辭朝，行屬邑查催積榖餉銀。於二十四日回至永安貢川鎮，聞延平破，知府王士和死之。聞上已幸汀，因即散遣從役，微服奔汀。比至歸化，則汀州已陷，聖駕蒙塵矣。遂留住歸化村中（地名胡枋），轉至沙縣。北兵至福州，禮部尚書曹學佺、通政使馬思理俱自縊死。其餘不降者，多從鄭氏入海。芝龍退屯安海，樓船尚五、六百艘。因前通洪承疇訊未得要領，故不敢迎降；乃使人言其撤關不守以待清兵之至有功，當得大用。貝勒令郭必昌貽書招之；芝龍以擁立藩王為懼。貝勒即遣其內院至安海，與語曰：『吾所以重將軍者，正以將軍能擁立也。人臣事君，苟有可為，必竭其力；力盡而事不可為，天命已去，則當幡然乘時以建不世之功。所謂識時務者，在俊傑也。若將軍無擁立之舉，我何以重於將軍哉？且兩粵未平，所藉於將軍者不小；今鑄閩廣總督印，以待將軍。其即來麵商地方人才及兩廣事宜』。芝龍得書大喜，劫眾議降，諸將多不欲。有周鶴芝者，以死諫，不聽；其子成功亦痛哭諫，不聽。以十一月十五日至福州，見貝勒乞降。貝勒與握手甚歡，折箭為誓；芝龍賂遺，不可勝計。忽一夜拔營起，遂挾之北去。從者五百人皆拘置別營，不得相見。對麵作家書數封，但稱清朝恩德，囑其家世世無忘。又曰：『北上麵君，是吾本願。但子弟素非馴良，擁兵海上，脫有不測，我且奈何』？貝勒曰：『即有之，無與汝事；且亦非吾慮所及也』。遂行。芝龍既降，其家以為可免暴掠，遂不設備。北兵至安海，大事淫掠。成功母，日本長崎王族女也；亦被淫，自縊死。成功大恨，用夷法剖其母腹，出腸滌穢重納之以殯。發喪後，遂起兵。以十二月朔，會文武諸舊僚於烈嶼。設高皇帝位，定盟恢複，稱明年丁亥為隆武三年。移駐南澳，軍聲頗振。初，北兵入關時。皆陳謙子為前導，領兵報仇；眾為錢邦芑危。邦芑曰：『謙子蒸其父妾，豈能報父仇乎』？已而，果傳者妄也。而謙子六卿亦從成功海上，後竟被執而死。貝勒在延平殺降官馬士英、方國安、方逢年，懸其首於黯淡灘。先是，北兵渡江，阮大铖迎降，國安同士英、逢年等走台州。陰計間道歸閩，漸可退入滇、黔。乃遣人上疏，言北兵陷浙，勢且入關，勸早為防禦計；以此輸忠，為入朝張本也。已而，貝勒由嚴、衢入閩；及陷延平，追騎至順昌縣獲禦扛，搜得其疏。貝勒出以示三人，遂駢斬之）。
十月初四日，贛州破。先是六月十五日，李永茂所遣吳之蕃、張國祚有李家山、九牛山之捷，北兵撤圍屯水西，國祚等亦退守南康。二十四日，汪起龍率師數千，滇帥趙印選、胡一青率兵三千，蘇觀生亦遣部下率兵三千，楊廷麟收散亡數千，太宰郭維經、禦史姚奇允召募滇、閩兵共得八千，粵督丁魁楚遣兵四千，先後至贛，營於城外，不下四萬餘人，皆欲當敵。萬元吉必欲待水師之至，並力一戰。中書來從諤所募沙兵三千人，吏部主事龔棻、兵部主事黎遂球所募水師四千人，皆頓南安不下；王其宏謂元吉日：『水西帥羅明受，故海盜也；桀驁難製，龔、黎兩君如慈母之奉驕子。且今水涸，巨舟難進，豈能如約』。不聽。及八月二十三日北兵聞水師將至，即以是夜截諸江，焚其巨舟八十餘艘，死傷甚眾；羅明受遁，舟中火藥、器械悉歸敵營。贛人聞之，無不喪氣。廣營、滇營皆不戰而潰。自是東南城外遂無一兵。先是，九月初三日攻西門，將登城，內縋死士砍之。九月，北兵據南康。滇、廣兩營既潰，人無固誌，各營皆稍稍引去。城中所留者，汪起龍疲卒千餘人，汪國泰、金昌振、徐日彩所部各百餘人，郭維經部下三千人；城外，惟水師後營黃誌忠二千餘人而已。參議謝之良擁眾萬餘於雩都，不敢下；粵西狼兵八千人逾嶺，亦不即至。贛被圍日久，守陴者皆憊。十月初三日，城內有縋城出者，北兵獲之，以為向導。夜由小南門上，鄉勇猶與巷戰久之。初四日黎朋，北兵大至。城上發炮，炮裂遂陷。閣部楊廷麟赴水死，太宰郭維經入嵯峨寺焚死（有雲：出城卒於家），嶺北道彭期生自縊於公署，禦史姚奇允趨文廟縊死，職方司主事周湖被執，罵而磔死。同知王明汲、推官吳國球、胡以紞及編修萬發祥、吏部主事龔棻、兵部主事於斯昌、王其宖、黎遂球、柳昂霄、錢謙亨、魯嗣宗、戶部主事林珽、中書舍人來從諤、劉孟鍧、劉應駟、知縣林逢春、通判郭寧登等，死者不可勝計。鄉紳盧象觀合門赴水死。萬元吉已出城，歎曰：『使一城俱盡者，我之為也。吾何以存』！正巾幘，赴水以死。先是，萬禁婦人出城，其家竊以其姬縋城出；萬知之，追還。由是禁益嚴，以致合城遇難；故雲然。惟楊文薦方病，困臥榻上不能起；執送南京，病益劇，絕粒而死。