十月，遣兵科給事中劉中藻頒詔浙東。浙東於六月初一日，張國維、方逢年、熊汝霖、孫嘉績、鄭遵謙、朱大典等已迎魯王於台州，監國紹興。中藻頒詔至，魯王下令仍返台州。國維曰：『今日之事，凡為高皇帝子孫，皆同心並力，共複國仇。有功之後，入關者王，此時未可定上下也』。即具疏上言；且言『監國當人心奔散之日，倡集為勞。一旦南拜正朔，猝然有變，鞭長不及，唇亡齒寒，悔莫可追。臣老臣也，豈若朝秦暮楚之客有左右其間哉』！汝霖等皆曰：『吾知奉主上而已；不知其它』。遂不奉詔。中藻廢然返，而閩與浙分水火矣。
上痛國事之壞，皆由守令以貪，失民心；欲殺貪吏數人；以懲其餘。建陽知縣施〈火豦〉，首以貪酷被逮。邵武推官朱健行部近邑，訛傳北兵至，倉皇返郡，即潛遣其孥出城；知府吳炆煒繼之，百姓有爭門死者，實未有兵也。健無以自解，乃揭炆煒倡逃，並其平日贓穢狀；炆煒亦揭健。上並逮至，〈火豦〉與炆煒論斬，健亦棄市；勳輔以下皆為申救，不聽。
原任兵部侍郎王朝升及彭遇凱至行在陛見，上加期升總督、遇凱僉都禦史；大學士路振飛、曾櫻封還內降。上曰：『方今多事，用人勿拘常調』。振飛言：『遇凱新進士，降賊而南；附馬士英，改禦史巡按浙江，因搜括閭閻，以至激變。期升在太湖奉宗室盛征稱通城王，居然帝製；派餉賣劄，強奪民女，為兩山百姓不容，乃逃入閩。臣等非有私隙也』。上乃止。是時熊開元以大學士掌都察院事，頗重資格，惡以口舌得官者。上既特授錢邦芑禦史，邦芑疏辭；開元因奏改兵部司務，台中合疏爭之。上重違開元意，令邦芑以司務隨征，許「非時言事，補朕闕失」。名為司務，實禦史也。
初，汀、贛之間有峒賊數萬，時出剽掠；百姓苦之。號為閻羅總目，分四營，故又名四營頭；其前左營最強。張安者，首左營之一營也；驍勇善戰，久有歸正意。永寧王招出湖東，與敵遇，屢戰皆捷；遂複撫州。湖西則臨江鄉紳楊廷麟與吉水鄉紳劉同升以義師恢複臨江。於是楊廷麟等爭請上出江右，何騰蛟請出湖南，而浙中諸將亦望上幸衢州；原任山東臨清知州金堡陛見，勸上『急宜棄閩幸楚；騰蛟可恃、芝龍不可恃也』。且言『今時天子宜為將，不宜為帝。湖南有騰蛟新撫諸營，皇上親入其軍，效光武擊銅馬故事，此皆戰兵可用。中興天子，須以馬上成功；若夫千騎萬乘、出警入蹕之威儀，皆可去也』。上大喜，語廷臣曰：『朕得金堡，如獲至寶』。即授堡兵科給事中；堡以守製固辭，請敕印聯絡江上義師以出。上遂決意出贛州，幸長沙。先遣大學士蘇觀生赴南安募兵，中途接應；上親祖送之（金堡字道隱，杭州仁和人。庚辰進士，初任臨清知州。京師陷，南奔。旋丁內艱，與鄉人姚誌卓起義山中。誌卓屢有克捷，與江東諸營遙為聲援。堡入閩，奏其功；上大喜，封誌卓為仁武伯。擢堡兵科給事中，以服辭；乃請敕印、假虛銜，以墨衰從戎，聯絡江上義師。既至江東，入方國安營。魯諸臣以堡北來奸細，爭攻擊之；監國以諭國安，國安遂執之。禦史陳潛夫語國安曰：『堡與姚誌卓起義建功，公固知之，曾許迎其家渡江；今何乃爾』？國安悟曰：『是也。然此舉非遵監國令，乃閩中二鄭有書必欲殺之耳』。蓋二鄭惡堡勸上棄閩幸楚，謂芝龍不可恃也。
因出示芝龍書，且雲：『吾縱其去，去勿入閩；若入閩，吾必追殺之。不然，無以取信二鄭也』。潛夫以謂堡，堡曰：『吾必入閩繳敕印。倘中道被殺，是死於盜耳；命也』。遂行。以次年夏至閩，繳上聯絡義師敕印。上欲奪情，堡再三辭；不允。已引先朝「楊嗣昌奪情，為黃道周諸正人所不容」為案；奉旨：『嗣昌小人，何得與爾比例』。芝龍見之，以為行將大拜堡也，忌害益甚。是時，上在延平，輔臣曾櫻留守福州。隱知鄭意，密疏勸上：『欲保全金堡，莫如聽其辭』。堡凡七辭，同官朱某等亦代為請，始允。堡以丙戌八月十五日辭朝，從延平出汀、贛趨衡州。而上已有旨諭騰蛟，遣兵迎駕；騰蛟命郝永忠率鐵騎五千赴行在，至韶州，聞汀州之變而返）。
十一月，上下詔親征，以唐、鄧二王監國。舊輔何吾騶自廣東至，用為首輔，隨營。以曾櫻協同鄭芝龍留守天興，料理兵餉。以鄭鴻逵為禦營左先鋒，出浙江；鄭彩為禦營右先鋒，出江西。築壇西郊，擇吉日行推轂禮，鴻逵出城，馬蹶仆地。及上誓師授鉞，大風起，天帝及高皇帝位前燭皆滅，三軍失色。以十二月十六日發福州，二十六日，駐蹕建寧（上所部置，皆陽順鄭氏意，移蹕建寧。其實信堡言，將相機出贛州、趨長沙也）。
二年丙戌正月己酉朔，上在建寧，不受朝賀；以三大罪自責，令百官皆戴罪立功。初囗日大雨雹，雹大如鬥，或如刀劍。天晝黑，對麵不相見。
予有閩江水雹歌：閩江正月氣鬱蒸，日午天南赤血凝；照見江水蛟龍頳，劃然有聲加裂繒。少焉赤散雲潑墨，北風刮雲天晝黑；閩江舟人無顏色，須眉對麵不相識。秦川公子善天文，急占有雹纜江濆；斂襟危坐敬天怒，須臾雹下何紛紛。初如刀劍相擊爭，忽似山摧萬壑鳴；小如杯盤大如輪，恐是天上金銀宮闕一時傾。沿江舴艋半打破，官舫漏徹何由坐；呼僮開艙掃雪堆，風亦漸止雹亦過。白須罟師老江邊，自言此異人未傳。此是陰氣盛，毋乃兵禍連。北地冱凍固宜有，南方炎熱今何然？天時地氣俱變易，世人安得太平年！
交址、日本諸國皆遣使入貢。廣東布政使湯來賀運粵餉十萬由海道至，升來賀戶部右侍郎（禦史艾南英言解餉微勞，不宜遽膺顯擢。且言來賀奸黨周鍾自賊逃回，曾匿來賀揚州刑署中雲雲。蓋南英與鍾舊有文字隙，至是以為來賀罪案，人鹹笑之）。
二月，馬脛嶺兵變，命輔臣路振飛至浦城安撫之。江、楚迎駕疏相繼而至，上意遂決出汀州入贛，與湖南為聲援。芝龍欲挾上以自重，固請回天興；令軍民數萬人遮道呼號擁駕，不得行，仍駐蹕延平（芝龍初以海賊受撫，雖晉五等爵，與地方有司不相統屬；閩士大夫輒呼之為賊，絕不與通。及擁戴上即位，芝龍位益尊、權益重；全閩兵馬錢糧，皆領於芝龍兄弟。是芝龍以虛名奉上，而上以全閩與芝龍也。故芝龍不肯聽上出閩，思常有閩也）。
馬士英叩關請入朝，上數其罪，不許；前後七疏自理。有李蘧者，士英私人也；與上有舊，密疏言士英有治兵才，與阮大铖皆宜在使過之列。上特許士英以青衣視事，戴罪立功。魯王遣其臣柯夏卿、曹惟才來聘，上加夏卿兵部尚書、惟才光祿寺卿。手書與王，謂『朕無子，王為皇太侄；同心戮力，共拜孝陵。朕有天下，終致於王』。取浙東所用職官，並列朝籍，不分彼此。已遣僉都禦史陸清源（浙江平湖人）解餉十萬犒浙東師。至江上，方國安縱兵攫餉，殺清源。閩、浙釁益深（或曰：士英激使之也）。
兵部尚書張肯堂請出募舟師，由海道徑至江南，江南義師必為響應；大兵由閩出浙，首尾策應，則敵可乘也。上從之，加肯堂少保，給敕印。吏部文選司郎中朱永佑，加侍郎銜；福州府推官徐孚遠，加兵科銜。俱從肯堂出，止於舟山（辛卯八月舟山破，肯堂蟒衣南麵自縊，一門皆死。永佑被執，不屈；砍其脅死。仆負屍出城，血不止；仆哭曰：『主生前好潔，死遂無知耶』？血即止。孚遠泛海由交址入安隆；交址要其行禮，不聽，不得過。反廈門，為清帥吳六奇所匿，完發以死。海外生一子，扶柩至鬆江；未葬，子亦死）。
掌〔都察〕院大學士熊開元去位。錢邦芑改授陝西道禦史，開元固執資格，不容邦芑入台。台中諸禦史合疏糾之，開元乞休；上乃聽其去。邦芑有才氣，敢言；言之慷慨，明爽可聽。特為上所信任。
廣西有僧，自稱宏光，雲自黃得功營逃出；其被獲者，偽也。撫按以聞，上召九卿科道議迎請。廷臣議：『即係真宏光，失國之君，有尊奉、無迎請』。有司審知為妄，下獄誅之。
三月，吉安陷；四月，撫州陷。初，楊廷麟、劉同升起義恢複臨江，上加廷麟大學士督師；同升以守製不受官，尋卒於家。廷麟兵既敗敵，遂乘勝追至樟樹鎮不戒，反為所乘，大敗；遂棄臨江，退守吉安。廷麟在吉安所恃者，廣營、滇營兵。滇營者，先帝時命中書科舍人張同敞用牙牌調發入京；兵未集，京師陷。宏光時，複敕雲南巡按禦史陳蓋押赴南京。及是，始抵江西省；南京已失，仍退回吉安。因留之守吉安，廷麟以客禮待之，滇帥趙印選、胡一青亦聽廷麟奮勇建功，頗多斬獲。會贛督李永茂以憂去位，上用萬元吉為督，召廷麟入直；以元吉代廷麟，駐吉安。元吉以諸營講體統、申約束，諸將稍稍不樂。而永寧王所招四營之前左一營既以立功複撫州，其諸營亦皆願受撫。寧都鄉紳曾應選請諸朝，遣其子傳燦入山招之，皆聽命，賜名「龍武營」；計日出贛州，下吉安。元吉聞之，以為四營兵可恃也，遂蔑視滇、廣兵，專望四營兵至；滇、廣兵皆解體，四營兵亦不即至。丙戌三月，敵添生兵攻吉安，守兵不戰而潰。二十四日，吉安陷。元吉扁舟誓師皁口、曉諭贛州，極言滇兵棄城之罪，不許容駐。滇兵徑越贛州，趨南康以去。四月六日，北兵漸近皁口，元吉退入贛。十四日，北兵至贛，隔水而軍。永寧王既複撫洲，北兵急圍之。時鄭彩駐兵廣信，永寧請救於彩；其監軍給事中張家玉與以三營往援，圍遂解。巳而複合，彩遂棄廣信入閩，撫州複陷；永寧王死之，張安率所部退回寧都。報至行在，大震。削彩爵，戴罪立功；而征各路兵為贛援。蓋上誌在幸楚，未嚐一日忘贛；故援贛為最急也（蔡鼎，泉州人；好大言。李蘧言其精天文、韜略，薦為軍師。彩敗回，鼎請出關自試，一戰而蹶；遂逃。某以丙戌正月，從江西巡撫劉廣允出汀，將赴吉安。至贛江，無地開府，暫寓嶺北道署中行事。吉安被圍，某亦不能東赴，遂久留虔州；悉知虔州事。初，四營既受撫，敕書獎賞，皆以李春等為率。李春，其中首領也。有劉李騧名應駟者，忌春、傳燦功，乃聞於四營曰：『公等一體受撫，李春獨得官；今敕但稱李春，可驗也』。四營怒，遂相與殺春。傳燦聞之，複馳入營，為講明『敕稱李春等者，並各營而言也』調停之，久始定。兵出駐黃金、高樓間，去贛州四十裏，殺掠如故。百姓不敢與鬥，鬥則以壞撫局為罪，相與訴諸縣令金廷韶，廷韶曰：『吾何能為，爾等其問諸首議撫者』。遂一哄而毀曾應選之室。由是，贛州人情洶洶，畏其徑吉安當由贛過，當事複請旨調往湖東，贛人始寧。時楊廷麟內召赴行在；聞吉安警，留駐贛州城外。日上疏言援吉防贛事宜；心所恃者，亦四營也。吉安失守，蘇觀生率所募新威營退保南康。萬元吉退守皁口，所部惟汪起龍三百人；觀生發二百人往援，元吉以監紀程亮督之，下守棉津灘。楚帥曹誌建以二千人至，一夕即噪而去。北師溯流上，新威營先潰，起龍兵繼之；元吉遂入贛城。北兵乘勝水陸並進，徑至贛州城下，城內倉猝無備。兵垣楊文薦，元吉鄉試本房生也，奉命往湖南。過贛，見事急，遂入城自任城守，百姓擁以為主。元吉既失吉安，將士離心不複用命；坐城上瞑焉如寐，對客不發一語。望隔河敵營遍山，輒指為虛營，變馬作牛。兵民有從敵中泅水至城下，言敵馬多兵盛；即目為萬安、太和間奸民，立斬之。江撫劉廣允所召募閩兵二千餘人，中軍張琮領之；由寧都趨湖東。廣允見贛急，檄琮回救，不至；自往雩都趨之。贛人曰：『江撫遁矣』！焚其舟、拘其家口。未數日，廣允率琮兵至，贛人大悔。是時，四營調住湖東至寧都間。撫州失，張安退，仍調回雩都。廷麟親往邀之，下贛。敵兵營水西，領兵者高進庫也。二十三日，張琮、趙涼符發兵過河至默林不見敵，爭前趨，利無部伍；伏發，為所敗。追至河下，人爭舟，一時不獲渡，多赴水死，遂大敗。廣允憤甚，於五月初一日率兵過河再戰；親督家丁為衝鋒，思得一當。兵遇敵先奔，其家丁亦奔，廣允為高進庫所獲。後乃逃回，亦異事也。而廷麟所調四營兵至贛，再戰再敗，遂散。廷麟入城。以上，予皆得之目擊）。