喬納森團隊製造的模型有青紅色——幾乎呈紫色，也有橙色的，但固體塑料看上去很廉價，所以有人建議將外殼做成透明色。喬納森當即讚成這一想法。“它給人很張揚的感覺，”喬納森說，“所以我們喜歡半透明的。”蘋果的有些產品已經開始使用透明塑料，例如打印機托盤和蓋子、托馬斯·邁耶霍夫設計的蛤殼形eMate也是完全由透明塑料製成的。當時，邁耶霍夫告訴《麥金塔周刊》，半透明能讓用戶看見eMate裏麵是什麼樣子的，給人一種親近的感覺。當喬納森決定讓蘋果一體機透明化時，他意識到內部構成也得精心設計，因為它們現在是能被人看見的了。喬納森尤其擔心包裹內部組件的電磁屏蔽層，在外殼不透明的產品裏，它通常會藏在一隻巨大而又醜陋的鈑金盒裏。
喬納森發動設計者把所有能找到的不同顏色的透明物品都帶到工作室來尋找靈感。“我們有寶馬汽車的尾燈，”薩茨格說道，“有很多透明的廚房用具，還有老舊的透明暖水瓶，便宜的野餐餐具，我們有整整一貨架這樣的半透明物品。我們研究每件透明物品的品質、深度以及內部的紋理結構。那隻暖水瓶給了我們很大的靈感。它是個有光澤的深藍色透明體，光亮的瓶頸透射出內部的構造。”
沒錯，最終的蘋果一體機就是這樣的。透過半透明的外殼，你可以見到內部銀色的電磁屏蔽層，像是透明熱水瓶和汽車尾燈的結合體。
有一位設計者帶來了一小片呈藍綠色的沙灘玻璃，表麵是輕微磨砂的感覺。它可能來自加利福尼亞的半月灣，或者是澳大利亞悉尼的邦迪海灘，科斯特喜歡在那裏衝浪。當喬納森把三個模型展現給喬布斯時，他將這個藍綠色（喬納森的設計組稱之為“邦迪藍”）的模型與橙色和紫色的模型放在一起比較。最終，喬布斯選擇了“邦迪藍”。
透明的設計增加了一種可用性，但為了使蘋果一體機能進一步強化這種感覺，設計者在它的頂部增加了一個把手。對喬納森來說，為蘋果一體機設計把手並不是真的要讓用戶提著電腦到別處去，而是通過鼓勵用戶去觸摸它，從而在用戶與電腦之間建立起一種聯係。這個創新很重要，但又幾乎是無形的，它將改變人與電腦之間的互動模式。
“那個時候，人們對技術感到很陌生，”喬納森解釋說，“如果你害怕某件東西，就不會去碰它。我能看出我媽媽就很害怕去摸它。所以我想，如果它上麵有一個把手，這種把手與機器的連結關係就會為人們提供親近它的一種可能。它給你一種直覺，它是可以接近的，讓你敢去摸它，你會覺得它非常溫順。”
據喬納森說，這一想法有一個缺點。他說：“遺憾的是，製造這樣一個內陷式的把手需要花很多錢。這要是在以前的蘋果公司，這一想法就無法實現。但喬布斯的偉大之處就在於，他看見了這個設計後說，‘這很酷啊！’我還沒有解釋我的想法，他就完全意會了。他知道，這就是蘋果一體機友善、好玩的地方。”
蘋果一體機代號為“哥倫布”（Columbus），因為它象征著一個嶄新的世界。喬納森後來說：“製造第一台蘋果機的目的並不是要讓它看上去多麼與眾不同，而是盡我們所能製造出最好的集成消費型電腦。如果結果是形狀不同，那麼這就是原因。問題在於，改變容易，改進卻很難。”
多年以來，蘋果公司獲得了很多傳統技術，那些元素現在變得過時了，但還不完全過時。快速發展的技術行業裏充斥著它們的身影。那個時候，蘋果的傳統技術包括各種並行和串行的端口——連結鼠標、鍵盤、打印機和其他外圍設備。像多數電腦製造商一樣，蘋果傾向於盡可能多地容納傳統技術。公司很討厭因為缺少能夠連接一些舊的打印機的連接器而失去銷售機會。
喬布斯決定要讓蘋果一體機成為第一台“非傳統”電腦。他放棄了舊有的桌麵總線、小型計算機係統接口以及串行端口，隻用以太網、紅外線和USB（通用串行總線/接口）。他也摒棄了軟盤驅動器，這一決定引來的爭議最多。這些變化反映了喬布斯的簡化哲學，這種觀念很快就會在很多產品中發揮作用。喬納森同樣也會成為這種方法的大師，他認同喬布斯的準則，即“簡單比複雜更難”。
USB，現在作為連接外圍設備的標準技術，在上世紀90年代是個特別大膽的選擇。當時，由英特爾發明的通用串行總線1.1標準甚至都沒有最終敲定下來（蘋果一體機發布一個月之後，也就是1998年9月，這一標準才最終確定）。它在行業裏還沒有影響力，但喬布斯斷定，它能夠解決蘋果平台專用附件上日益難纏的問題。隨著蘋果市場份額的逐漸縮小，願意為蘋果的特殊連接器製造硬件的外圍設備生產商越來越少。隻要有相應的軟件作為驅動，USB的外圍設備就可以與蘋果電腦相兼容。如果需要的話，蘋果自己就可以編寫這些所謂的驅動程序。
為了使接口便於連接，喬納森將它們設置在了機箱的側麵。“大多數電腦從後麵看起來很落後，原因之一就是有大量的連接線。”喬納森說，“我們把接口移到側麵，從功能上來講，這樣做可以使它們更方便連接，還能讓電腦後麵更整潔。這樣一來，電腦後麵和前麵看起來就差不多了。”
秉承一貫的作風，喬納森仔細研究了更加細微的部分，包括電源線，他甚至想將包括電源線在內的一切設備都設計成透明的。“你知道衝澡時玻璃上凝結的水滴是怎麼形成的嗎？我們也希望連接線上有同樣精致的啞光麵。”
透明鼠標尤其令喬納森驕傲。“鼠標的運作是很有趣的，”他說，“蘋果商標就像鼠標頂部的一個小窗口，通過它，你可以看見裏麵的結構。你能看到，一個圓球在雙向軸上滾動——不過，除了這個滾動的圓球，裏麵的其他結構實際上很複雜也很有趣。我們下了很大的功夫來排列裏麵那些你能看得到的東西。大多數情況下，你隻是感覺裏麵有東西在閃光，或者看到一些模糊的形狀，隻有在很少的情況下，你才會仔細觀察到裏麵的構造。”
糟糕的就是，喬納森那完美的圓鼠標最後被證明是人體工程學上的一大敗筆。圓鼠標在桌麵上不固定，很難適當地控製方向,總是指向錯誤的地方。並且，對很多成年人來說它又太小了，用戶用它時不得不將手蜷縮成爪子的形狀才能捏住它。有人告訴喬布斯，這個鼠標存在問題，但是為了能夠迅速上市，喬布斯忽視了這個忠告。
喬布斯會定期去設計工作室，當看到“哥倫布”一體機和其他顛覆性的設計時，他非常激動。邁爾季·安德雷森是CAD方麵的專家，她說喬納森設計團隊的樂觀和想象力讓人頗受感染。“工程師對今天或當下可能發生的事情很現實，”她說，“而工業設計師則對明天或未來可能發生的事情充滿了想象。”
蘋果在韓國建立了一家工廠，與韓國的LG合作組裝蘋果電腦。製造工程師非常擔心由於蘋果一體機的特殊設計而導致的成本增加。薩茨格說，由於這一情況，設備的調試非常複雜。“這是我們第一次真正挑戰設備調試和注模技術的標準。”
作為工程組的負責人，魯賓斯坦要均衡考慮各個方麵。盡管他更偏向於工程師，但喬布斯通常站在喬納森和他的設計團隊這一邊。
“當我們把它拿給工程師，他們能說出38條他們不能製作的原因，”喬布斯回憶說，“我說，‘不，不，我們得做這個。’他們說，‘那是為什麼呢？’然後我說，‘因為我是CEO，我認為這個能做得出來。’最後他們還是很不情願地去做了。”
蘋果的市場營銷主管菲爾·席勒對這一切看得很清楚。“史蒂夫回來之前，工程師會說，‘這就是裏麵的東西’（處理器、硬盤）——接下來就該由設計師把它們裝進一個外殼裏了。如果產品是這麼做出來的，那一定會很糟糕。”好在，喬布斯和喬納森再一次站在了設計師這邊。
“史蒂夫總向我們強調，設計能讓我們變得偉大，它是不可或缺的。”席勒說道，“設計再一次主導了工程，而不是反過來被工程所控製。”
“史蒂夫·喬布斯的一貫做法就是不妥協，”唐·諾曼說，“他關注的是產品應該是什麼樣子，而不是傾聽相反的論調。誠然，他會先傾聽別人的意見再下決定，但是一旦他下定決心就不會改變。在史蒂夫回歸之前，這種妥協有很多，這不僅削弱了產品的整體性，也延誤了生產。”
喬布斯的某些領導能力也開始影響喬納森。“公司裏的人才有某種等級上的劃分，並且很明顯……在早期就能看出喬納森是個領導者，其他設計者必須要征得他的同意。”安德雷森回憶說。她說，盡管在布倫納時期，工業設計團隊裏便滿是有天分的人，但她感覺，自從喬納森負責後，氛圍變得“充滿創意”了。
安德雷森充滿感情地回憶：“真的很快，很令人興奮，我們所做的所有事情真的很重要。產品投入市場的時間已經確定，我們盡我們所能地節省時間，讓產品從概念走向消費者。工業設計團隊和喬納森是這一切的源頭。”
當蘋果一體機將要完成時，為了使每個細節都臻於完美，喬納森的工業設計團隊夜以繼日地工作。薩茨格搖著頭回憶說：“我們24小時都在輪班工作。”