洪武三十一年戊寅閏五月辛卯，建文帝即位。冬十一月，史仲彬以明經除翰林院侍書。先是洪武二十四年，彬應詔執貪，縱官吏廷見高皇帝，條其若幹言，俱赴法司論死。高皇帝主政戶部，彬恐錢穀事重，頓首固辭，更訪治道，稱旨，賜酒，撰於廷及鈔四百鋋，驛舟傳歸。建文帝即位，越五月，詔起山林才德士，有司以名聞，適監察禦史劉有年上《儀禮》十八篇，並敘彬明經，特詔所在，禮請來京。十一月十八日，陛見，試《四書》，疑一道，欽授翰林院侍書。
建文元年春正月，遣往衡山，告即位也。元旦，上受朝賀畢，謂侍臣曰：「朕奉天地山川之靈以登大寶，政元伊始，將告五嶽神祇。」其命儒臣以往，閣臣擬彬衡山。初六日，陛閱，三月報命。
夏四月，更定官製。疏諫不報，用壽州訓導劉亨言，乃與方孝孺等議，大加更定，彬具疏大略，以安靜法祖為言。會金華樓璉亦上疏，稱引孟莊子之孝，上於樓疏批：「此與昨史仲彬疏同意，此正所謂知其一未知其二者，六卿果可卑於五府耶？祭酒果可任太仆下耶？假令皇祖而在，當必以更定為是。」群臣勿複言。
秋七月，廷斥監察禦史尹昌隆為奸黨，因薦魏國公徐輝祖，上嘉納之。時燕藩已稱兵兩月矣，昌隆手疏麵奏，勸上讓位守藩，廷臣愕然。彬執笏麾之曰：「天下乃太祖之天下，非皇上所得私授者。一人逆命，遂舉而授之，尤而效之，又何以焉。選得募兵，今日急務，臣竊魏國公徐輝祖，忠義性直，智勇絕人，以當一而燕可平也。昌隆狂言惑世，請速加誅。」上曰：「人臣之義，當以仲彬為正。昌隆素有敢言之氣，其勿為罪。」
二年春三月，疏均江浙賦役，從之。時建文帝正值更製，彬乃上疏曰：「國家有雜正之供，賦役不均，非所以為治。江浙本賦重，而蘇鬆嘉湖又以籍人沈萬三、史有為、黃旭、紀定準租起稅，此以繩一時之頑，豈得據為定則。乞悉減免，以蘇民困，竊照各處起科，畝不過鬥，即使江南地饒，亦何得倍之，奈有重至石餘者。臣往軍而奏先帝，賦斂太重，蒙旨嘉勞。特以臣本蘇人，而史有為又臣之族屬也，恐坐以私，未敢盡言，幸逢皇上明聖，每事從寬，敢竭愚忠，伏聽采擇。」上詔：「可。」蘇鬆準各處起科，蘇鬆人仍官戶部。
夏五月，改彬為徐王府賓輔，仍兼原官。時三王未遣之國，長史以下諸員直宿內閣，參議事宜，多見親幸，故壬午削籍盡焉。
三年春正月，副工部尚書嚴震直督餉山東。閏三月，彬歸報命，轉餉已專責嚴震直矣。副之者曰：「敵情虛實並將士強弱，密偵以報。」閏三月十八日，還朝。見上於文華殿，奏夾河之役非戰之罪也。盛庸智深勇沈，當今將略還為第一。至莊得、張能、楚智、平元斬將搴旗，力戰以死，宜急加恤，典以為風勵。燕王用兵變化不測，用強恃壯，親勍我陣，幸庸結陣甚堅，屹不可動，複以單騎逼營，越宿鳴角，穿營而去，蓋恃勿殺叔父之諭也，軍中眾謂，皇上失之太仁。帝曰：「奈何已有是命，不可返也。」默然者久之，便奏幾密事十二條。帝叱左右曰：「勿泄。」因誦：「君不密，則失臣；臣不密，則失身；幾事不密，則害成」之句。叩首而出。
冬十一月，以省親還鄉，隨賜敕命。自轉餉歸，請告凡四，不許。至是得請，適皇少子以十三日生查京官，曆三年滿者，得一百五十二人。帝親製詞，彬以前二日滿考，皇帝敕曰：「國家建官，文武殊局，中外分曹等，最辨職難兼也。爾徐府賓輔兼翰林院侍書史仲彬，用明經起家，矢盡忠報國，或校書、或轉餉、或密疏、或麵陳，文材兼武略俱隆，轉藩與襄帝並茂。朕資啟沃，實用宏多，階爾承德郎，妻沈氏為安人，追厥所自父母，有教育之恩，忠孝本一致之理，爾父居仁從爾階，爾母黃氏從爾妻階，給假歸家，以申寵錫。父母深恩，今已展矣。國家多事，爾毋忘焉。」特敕十八日奉旨發中書謄寫與他。二十一日辭朝，限三月以裏來京。」
四年三月，彬入京，陛見，口授翰林院侍讀。時北兵日迫，詔勤王者分道四出，遂依。限單騎入京，戒其子曰：「而父官秩雖卑，被朝廷恩寵，見幾引避，非所願也。萬一有難，守先帝孝悌力田之諭，以成家保身，毋為我慮。」
夏六月庚申，廷議避難。彬請從方孝孺堅守之策。燕兵渡江，李景隆往，許割地，不許，還報。上愕然無措，群臣慟哭。茹瑺等請幸湖湘，王韋等又請幸江浙，方孝孺謂當堅守京城，以待四方之援。眾議嘩然不決，彬獨以方言為是。婁璉亦言效死，勿去為正，上微首肯，群議乃定。
燕兵薄金川門，監察禦史魏冕及彬請誅徐增壽，從之。先是燕兵將薄城下，左都督徐增壽謀降，魏冕廷毆之。至是在左順門語同列曰：「皇上必麵縛出降乃可。」魏冕與彬亟請加誅，帝怒甚，下殿手刃之。複請誅李景隆，手詔召來，未至而金川門已獻矣。
大內火起，帝從鬼門遁去，從者二十二人。時六月十三日未時也。帝知金川失守，長籲東西走欲自殺。翰林院編修程濟曰：「不如出亡。」少監跪進曰：「昔高皇升遐時，有篋遺。曰：臨大難，當發，謹收藏。」奉先帝之左群臣齊言急出之。俄而升一紅篋至，四圍俱固以鐵，二鎖亦灌鐵，帝見而大慟，急命舉火焚內。程濟碎篋得度牒三張，一名應文，一名應能，一名應賢，袈裟帽鞋剃刀俱備，白金十錠，朱書篋內，應文從鬼門出，餘從水關禦溝而行，薄暮會於神樂觀之西房。帝曰：「數也。」程濟即為上祝發，吳王教授楊應能，亦願祝發，隨亡。監察禦史葉希賢毅然曰：「臣名賢，應賢無疑。」亦祝發，各易衣備牒，在殿凡五十六人，痛哭仆地，俱矢隨亡。帝曰：「多人不能，無生得失。有等任事著名，勢必究詰。有等妻兒在任，心必掛牽，宜各從便。」禦史曾鳳韶曰：「願即以死報陛下。」帝麾諸臣，大慟引去若幹人，九人從。帝至鬼門，牛景先以鐵捧啟之，若不用力而即瓦解者，而一舟艤岸以待，十人乘舟，舟人頓首。帝問：「汝何人？何為至此？」對曰：「臣乃神樂觀道士，即前皇上賜名王升。昨夢太祖高皇帝緋衣南向禦奉天門，令兩校尉縛臣詰曰：汝提點秩六品為何？臣頓首謝不知，曰：明日午時，可於後湖艤大舟至鬼門外伺候，汝周旋勿泄，後福未期，不然難逃陰殛，臣以是知陛下之來也。今晚憩息觀中，徐議行五。」舟止太平堤畔，王起導前閑步至觀，已薄暮矣。俄而楊應能、葉希賢等十三人同至，共二十二人。兵部侍郎廖平，襄陽人；刑部侍郎金焦，貴池人；翰林院編修趙天泰，三原人；浙江按察使王良，祥符人；四川參政蔡運，南康人；刑部郎中梁田玉，定海人；監察禦史葉希賢，鬆陽人；程濟，績溪人；中書舍人梁良玉，梁中節，俱定海人；宋和，臨川人；郭節，連州人；刑部司務馮淮，黃岩人；所鎮撫牛景先，沅人；王資、楊應能、劉申，俱杞縣人；翰林院侍詔鄭洽，浦江人；欽天監正王之臣，襄陽人；太監周恕、何洲及徐王府賓輔史仲彬，吳江人。上曰：「今後俱師弟稱呼，不拘禮教。」諸臣泣諾。廖平曰：「諸人願隨，固也。但隨行不必多，更不可多，就中無家室累並有膂為足扞衛者，多不過五人，餘俱遙為應援為便。」師曰：「良是。」於是環坐於地，享道士夜餐，酌定左右不離者五人，比邱楊應能、葉希賢、道人、程濟。往來道路給運衣食者六人，馮（氵隺），時稱賽馬先生，時稱馮翁，時稱馬翁，時稱馬二子。郭節，時稱雪庵，後稱雪和尚。宋和，時稱雲門僧，時稱稽山主人，時稱槎主。趙天泰，適衣葛稱衣葛翁，時稱天肖子。王之臣，家世補鍋，欲以此作生計，號老補鍋。牛景先稱東湖樵，時稱東湖主人。師曰：「吾今往滇南，依西平侯。」彬曰：「大家勢盛，耳目眾多，況新主諒不釋然，能無見告，不若往來名勝，東南西北皆吾家也。弟子中有家給而足備一夕者，駐錫於茲，有何不可。」師曰：「良是。」於是更舉七家：廖平、王良、鄭洽、郭節、王資、史仲彬、梁良玉。師曰：「此可暫，不可久。」況郊壇所在，明旦必行，將何所之，眾議浦江。鄭亦曰：「族俱忠孝，可居也。」夜分師足骨度不能行，微明牛景先與彬步至中河橋畔，謀所以載者，有一艇來焉，聞聲為吾鄉，急叩之，則彬家所遺以偵彬吉凶者也。與牛大快，亟迎師，且至彬家，諸人聞之，且喜且悲，同載八人，為程、為葉、為楊、為牛、為馮、為宋，餘俱走散，期以月終更晤。取道溧陽，依叔鬆隱所，不納。八日始至吳江之黃溪，奉師居之西偏，曰「清遠軒」，眾出拜，師亦大適。明旦改題「水月觀」，師親篆文。閱三日，諸弟子至彬家相聚。五日，師命歸省，新皇帝追彬敕命，師逸去，時八月十五日也，新皇帝即位之九日，遍籍在任，諸臣遁去者四百六十三人。即日削籍，戒毋齒及。八月，著禮部行文書各州縣，追繳革除誥命。至是，蘇州府差吳江邑丞鞏到彬家追奪，且曰：「建文帝聞在君家？」彬曰：「未也。」微哂而去。明旦，師同兩比邱一道人入雲南，餘俱星散，期以來年三月集於襄陽廖平家。