宋金“隆興和議”之後，金朝轉入忙於鞏固內部統治，一時無力南侵，宋朝暫時安寧，這一來，朱熹便一頭鑽進研究道學中去了。
一生的功跡
1181年，浙東發生大饑荒，朱熹奉命前往任職。次年，他多次上疏彈劾台州太守唐仲友違法擾民，但唐仲友是宰相王淮的親戚，他的奏章便—再被扣壓。不久，朱熹憤然辭職。
1183年，朱熹在武夷山九曲溪的五曲隱屏峰下，親自營建“武夷精舍”，專心講學授徒。四方前來就學的學子多達數百人，同時引來許多知名學者，紛紛聚集武夷山創辦書院、學堂，使武夷山成為南宋時期的一座文化名山，而他本人也成為當時文壇的領袖。
1187年，朱熹又被起用先後在江西、福建等地任地方官。1194年，調任湖南安撫使，在任上他又修複嶽麓書院，擴建學堂，廣納四方遊學之土。寧宗慶元元年（1195年），他調回朝廷任職，但很快得罪了宰相韓佗胄，次年被罷官，他又回到武夷山講學，直到去世。
朱熹一生關心現實，對金人南侵、土地兼並、賦役繁重、民不聊生的現狀焦慮不安，要求選賢任能，精兵簡政，愛惜人民，實現統一。然而，朱熹一生仕途坎坷，從中進士至逝世50多年間，他做官僅10餘年，但在任上都能革除弊端，打擊貪官，救災安民，政績斐然。
朱熹一生的主要精力都傾注在講學和著述上：從32歲開始聚徒講學、著書立說，在40年的歲月中，他創辦書院27所，門生達幾千人，留下了719多部共460多卷的著作。他的文章很有特點：長於說理，邏輯周密，語言平實。詩歌也有很高的藝術價值，學唐人詩風古樸的一派。如，《春日》：“等閑識得東風麵，萬紫千紅總是春。”《觀書有感》：“問渠哪得清如許，為有源頭活水來。”都是寓議論於寫景，富於哲理性而不乏詩味。
朱熹是北宋開啟的理學的集大成者。理學是孔子開創的儒學發展到宋代的產物，又被稱為新儒學。朱熹繼承、融合，並發展了二程（程顥、程頤）等的學說，創立了一個完整的客觀唯心主義的哲學體係。朱熹理學的核心在於“理”、“氣”。他認為“理在先，氣在後”，“理”是宇宙萬物的惟一本原和共同本質。在儒家經典的基礎上，朱熹很強調修身養性，這就是“氣”，即所謂“養天地之正氣”。因為他認為“理”是可以離開人事、萬物而獨立存在，所以，他將求道和人事對立起來，主張“存天理，滅人欲”，因而與南宋其他主張學以致用的學派發生過激烈爭論。朱熹主張道德至上，希望能用道德規範人們的行為。朱熹的思想是民族精神的體現，是當時時代精神的精華。他的求理、求實、主體、力行精神和憂患、開放意識，把儒學發展到一個嶄新的階段，使儒學既主導了學術發展的方向，又可以廣泛流傳民間、影響大眾，真正成為全民族的文化。
在朱熹生前，他的學說並不被官方看重，晚年還受韓佗胄排斥，學說被視為“偽學”，遭到禁止；他本人也曾被列為罪魁禍首，編入“偽學逆黨籍”。隻是在他死了之後，其學術地位才逐步得到提升，至元代而下至明清，他的學說才受到官方的高度重視，成為官方學說。元代恢複科舉後，朱熹的學說被定為開科取仕的必考科目。在明清兩代，更是被列為儒學正宗，在思想界形成“惟我獨尊”的局麵，八股文命題也都不超出朱學範疇。
就其在中國教育史上的地位來說，他是繼孔子之後最著名的教育家；就其流傳後世的著作來說，在我國數千年的漫長曆史中，也是很少有人可與之比擬的。13世紀以後，朱學流傳到海外，在日本、朝鮮等地都有相當大的影響，在日本德川時代還一度形成朱子學熱，直到現代仍有遺風。