打噴嚏通常是由於鼻子過敏或深入外道的癢感並通過不自主地噴發而釋放的形式，是為了驅走黏附在鼻腔黏膜上的有害物質而產生的防衛反應。
當異物侵入鼻腔，而又附著在鼻黏膜上時，則會刺激鼻腔。當刺激的感覺傳入腦部，為了將異物排出體外，腦就會命令鼻子大量吸氣，再一口氣將空氣全部送出。這就是所謂的噴嚏，而此時產生的氣流，時速可高達160千米，相當於英國駕車極限的一半。
如此高速的氣流對上呼吸道垃圾進行徹底“清掃”是十分有效的，可以把致病因素如煙霧、粉塵、花粉、病原體、有毒化學氣體以及鼻腔中的原有病毒都帶走，從而減少了病原體及有毒物質對人體的危害，有助於預防疾病。
有4種原因可能引起人打噴嚏。
第一是感冒，因為當人感冒的時候，打噴嚏就是為了幫助清潔鼻部。
第二是患過敏性鼻炎或者花粉過敏症，這時也容易打噴嚏，目的是從鼻道排出過敏物。
第三是患有血管收縮性鼻炎，此類患者也經常會打噴嚏，因為這種噴嚏源於鼻部血管，鼻部血管變得比較敏感，一般對濕度和溫度甚至有辣味的食物感覺都比較靈敏，它的典型症狀是流黏液鼻涕。
第四種是慢性鼻炎患者，他們的機體好像釋放組胺而產生打噴嚏之類的過敏症狀。
除此之外，眼睛和鼻子的知覺受到同一條三叉神經的支配，所以，對於強烈刺激的防禦反應混淆在一起引起了噴嚏的出現也是常見的。具體說來，從眼睛進入的強烈陽光，鼻腔誤以為是對自己的不利刺激，所以就以噴嚏的形式欲將其異物驅逐出去。據有關統計，因陽光而出現的噴嚏反射多發於不滿3歲的嬰幼兒。正在發育中的嬰幼兒身上，各種神經中樞的分工還達不到成人的程度，所以容易對一些來自外界的刺激混淆不清。再者，因強光引起噴嚏的體質據說具有遺傳性。父母中如果有一個人屬於這種體質，那麼在子女當中一定會有半數以上的人繼承這種體質，但這隻是一種普通的生物遺傳現象，並不是什麼嚴重的疾病。
有的人在拔眉毛的時候容易出現打噴嚏，其原因基本與強光刺激相類似。而拔鼻毛時容易流眼淚的現象正好是與之相反的例證。當鼻子受到刺激的時候，眼睛產生了防禦反應，於是，欲通過流眼淚將異物衝洗出來。
總之，這種現象應該隻是一種普通的生理反應，跟遇冷或遇驚嚇起雞皮疙瘩一樣，不用過於擔心。