在哥白尼開創近代科學以後，科學思想逐漸深入人心。用科學思維去解釋自然現象，對過去被基督教宣揚的各種奇跡產生了極大的挑戰，甚至威脅到了教皇的皇權。此時一個人出現了，他是意大利一個忠實的傳教士，名字叫羅耀拉，他是一個忠誠的基督教徒。1517年，馬丁·路德在一個教堂門口貼了張大字報，從此歐洲刮起了宗教改革的旋風，改革派和保守派之間大打出手，一時間把歐洲攪得烏煙瘴氣。不但如此，穩坐了1000多年的教皇，感到自己的權威在受到極大的挑戰甚至是威脅。在這樣的局麵中，極端的保守派做出很多非常殘酷的舉動，比如把改革派關進地牢，嚴刑拷打，甚至活活燒死在火刑柱上。而同樣作為極端保守派的羅耀拉，他不喜歡這種殘忍的行為，他希望用另一種方式，當然也是很極端的方式傳播他所信仰和崇敬的上帝，那就是發誓要絕對服從教義，堅守貞潔，並安於自虐式的清貧。
同時，他很敏銳地看到科學的興起可能會對傳播宗教有利，於是他把科學也作為宣傳福音的一個手段。“耶穌會比路德派新教要尊重科學，所以伽利略以及發現行星運動三定律和橢圓軌道的開普勒等科學家都願意同耶穌會士做朋友。”耶穌會就這樣逐漸形成，1540年教皇承認了耶穌會，耶穌會這個保守的基督教派正式登上了曆史舞台。
加入耶穌會教派是非常嚴格的，除了必須擁有教會大學神學學位的文憑以外，還必須擁有起碼一個哲學或者科學方麵的學位文憑，因此在當時，耶穌會的教士都是具有相當專業的科學知識的人。
15世紀，緊隨哥倫布發現美洲，葡萄牙人也成功地繞過好望角，打通了從歐洲前往印度的航線。16世紀初，葡萄牙的商船已經在中國廣東一帶沿海靠岸，中國和歐洲之間的貿易往來逐漸頻繁起來。不久中國政府允許這些葡萄牙商船在廣東東部沿海，珠江口外立著一尊叫做“amo”雕像的小小半島上設立貿易點，這個小半島就是澳門。幾年以後，澳門已經成為一個熱鬧的小城，葡萄牙大鼻子、大嘴巴水手甚至娶了漂亮的鼻如懸膽、櫻桃小嘴的中國姑娘做太太。老外結婚必須要進教堂，於是小島上第一次出現了尖頂的，屋子裏掛著聖母像和釘著耶穌的十字架的基督教堂，此時正是明朝大名鼎鼎的九千歲魏忠賢，還有恐怖的東廠特務和錦衣衛橫行的萬曆年間。
1582年，一個30歲的耶穌會教士來到了澳門，開始在中國傳播科學，其實是希望傳播他所崇敬的基督教的事業，從此他再也沒有離開過中國，如今他的墓碑靜靜地佇立在北京的西郊。這個人就是利瑪竇，一位意大利人，虔誠的基督教耶穌會教士。
利瑪竇在中國開創了一個小小的時代，那就是被我們稱為第一次“西學東漸”的時代。所謂“西學東漸”就是當時西方的許多科學和技術逐漸傳入中國，讓中國人第一次看到，原來在我們的西邊還有一個如此不同的地方。這次西學東漸並不是中國人主動地去學習西方科學技術，而是由幾個基督教耶穌會傳教士，試圖在中國傳播福音的時候，一不小心給帶來的，而且這個過程還十分的艱難。