吳國楨發出這封信後，台北的國民黨還不知厲害，張道藩在三月四日召開記者招待會，大揭吳國楨瘡疤，可是效果適得其反。《自由中國》第十卷第六期有朱啟葆《吳國楨事件發展中的平議》，評論張道藩之笨，可是，張道藩之笨，是國民黨之笨，國民黨之笨，是蔣介石之笨，是一笨不可收拾的。蔣介石在吳國楨的反擊下，像是日正當中走在馬路中間的一隻鴨子，頭昏腦漲，笨態百出。最後發現張道藩式政客不足以禦奸，於是祭出曲學阿世的知識分子來，大家來做秀，這就是所謂大學教授聯名駁斥吳國楨事件。聯名是三月十七日見報的，首先是國立台灣大學毛子水、沈剛伯等七十五名教授出場。接著是師範大學（當時叫“台灣省立師範學院”）黃君璧、郭廷以等五十九名教授出場。蔣介石統治下知識分子的沒有個性，在這兩封聯名文件裏，已經昭然若揭。知識分子們不知拉自己的野屎，反倒忙著給國民黨擦屁股，口口聲聲替國民黨回護，還懷疑吳國楨的品格。大學教授們怪吳國楨在台灣不講話，在美國才講話，但是照國民黨的體製，吳國楨能講話嗎？敢講話嗎？自己做不到的事，又何能苛責於吳國楨？至於所謂台灣言論自由“都可暢所欲言”、有“集會結社自由”，以及為政工製度、救國團製度回護等話，自然都是曲學阿世之筆，高等知識分子如此護航，所得結果，隻是另一場笨戲而已。
在三月十七日的同一天，蔣介石頒布命令如下：
據行政院呈，“本院政務委員吳國楨於去年五月借病請假美赴，托故不歸，自本年二月以來，竟連續散播荒誕言論，多方詆毀政府，企圖淆亂國際視聽，破壞反攻複國大計，擬請予以撤職處分。另據各方報告，該員前在台灣省政府主席任內多有違法與瀆職之處，自應一並依法查明究辦。請鑒核明令示遵”等情。查該吳國楨曆任政府高職官史，負重要要責者二十餘年，乃出國甫及數月即背叛國家誣蔑政府，妄圖分化國軍，離間人民與政府及僑胞與祖國之關係，居心叵測，罪跡顯著，應即將所任行政院政務委員一職，予以撤免，以振綱紀。至所報該吳國楨前在台灣省政府主席任內，違法與瀆職情事，並應依法徹查究辦。此令。
在老頭子說話的同一天，國民大會通過臨時動議“請政府撤職查辦吳國楨案”，第二天國民黨《中央日報》說：“該案係一審查委員會提出之審查報告所列三件提案合並討論之結果。三件提案是：一、章慎言等二十一人提：吳國楨身為現任官吏，在美竟公然發表荒謬言論，詆毀政府，跡近叛國，應予嚴厲製裁案。二、方念諧等三十四人提：建議政府對誣蔑政府之現任政務委員吳國楨，立予撤職查辦以振綱紀案。三、向大蕃等三十二人提：行政院政務委員吳國楨詆毀政府，有損國譽，影響反攻複國前途。至深且巨，建議政府將該員迅即吊銷護照，勒令回國依法處辦，如違即予明令撤職通緝歸案，以維國紀而正官常案。經第一審查委員會就上述三案合並審查，提出審查意見三點：一、查吳國楨係借口政見不同，在國外散播流言，掩飾其在台灣省政府主席任內之種種不法行為，送請政府明令撤免其政務委員職務。二、請政府徹查吳國楨在台灣省政府主席任內之各種不法行為，依法究辦。三、請政府飭令吳國楨迅即回國聽候查辦。昨晨會中，討論該案時，經全場代表一致無異議通過。”四月一日，國民黨“對外秘密，列入交代”的《中央》半月刊上，已登出中央委員會黨紀處分代電，全文是：
各級黨部：查黨員吳國楨在美發表荒謬言論，肆意詆毀本黨及政府，違反黨紀，經中央決議：“吳國楨開除黨籍，並交從政主管同誌依法查辦。”除分電外，即希一體知照，為要。中央委員會紀印。
盡管蔣介石在台灣聲討吳國楨，撤職他、徹查他、究辦他、開除他，並要他“你給我回來”，可是吳國楨哪裏在乎，他在三天後（三月二十日），又發信給國民黨中央社紐約分社，原信如下：
敬啟者：
查日來貴社在台灣及海外各處，散播台灣方麵有組織的對楨之惡意宣傳，茲謹將楨於本日上蔣總統函一件，抄送貴社，即請貴社轉送總社及各分社，各辦事處照樣發表。如貴社不允照辦，則當依法控訴，要求賠償名譽損失二百萬元美金（以華僑一千三百萬及台灣八百五十萬人計，本應超過此數，姑從寬以二百萬元計算）。楨得此款後，除訴訟必需費用外，餘款四分之三將歸還美國政府，其餘四分之一則捐由在美僑胞，共同組織基金保管委員會，作為救濟流亡中國知識青年之用，楨絕不取分文。此函並限於本月二十五日以前答複。否則即進行法律手續，此致
中央社紐約辦事處（“中華民國”駐紐約“總領事館”轉交）
吳國楨啟三月二十日
吳國楨這種一個人對一個集團的大纏鬥，就這樣一波又一波的展開著。最後，吳國楨拿出撒手鐧，他說你們逼我，我可真要舉出實證來了。於是，他亮了一手，公布了一點國民黨黨中央要他作惡的手跡與密件，像一顆原子彈似的，從天空上丟了下來。這下子蔣介石寒了，知道婁子給捅大了。原來吳國楨手裏藏有秘密武器。吳國楨是惹不起的。於是台北方麵一聲令下，全部撻伐一夕停止，宋美齡秘密趕赴美國見吳國楨，費盡了口舌，才擺平了吳國楨事件。最後，吳國楨的兒子也被準許離開台灣了。
蔣介石整不了吳國楨，無奈之餘，隻好央胡適出麵，跟吳國楨做另一層次的論辯。於是吳國楨和胡適在美國打開了筆仗。八月三日，胡適給吳國楨信，頗多曲學阿世之筆，其中為蔣介石做打手的痕跡已極明顯。以胡適的職位，他從何看得到“二百六十九件判決書”？又從何看得到吳國楨的“親筆簽名”？這當然是國民黨提供材料的。以胡適對國民黨組織的了解，他當然知道吳國楨對安全係統的力量是有限的、是掛名的、是畫行的，當時“台灣省政府主席”兼“台灣保安司令部司令”，隻是名為“司令”，實權絕不在“主席”手中，胡適明明知道，又何能苛責於吳國楨？說吳國楨是“一個道義的懦夫”。這對吳國楨是不公平的，因為跟蔣介石走的、做官的，又有哪一個不是“道義的懦夫”？不是這種“懦夫”，又何來高官可做？胡適如此倒因為果，殷海光就責問過胡適，說吳國楨說的，都是真話，都是我們想說的話，為什麼胡先生要如此為國民黨護航？殷海光說，胡適晚年變成一個大鄉願，至少在吳國楨事件上，胡適真的是鄉願。
吳國楨是高級知識分子，跟著蔣介石下麵做官，進入國民黨權力核心，扶同為惡，同流合汙，壞事自然有份。當他已經不在其位後，開始窩裏反，反得實在有心機，我們可以視他有“贖罪”心態。蔣介石及其國民黨低估了窩裏反的人對它的傷害。吳國楨雖未被打倒，但形同放逐，蔣介石多少還是有點收獲，為兒子經國除去了一個心腹之患。
吳國楨事件發生之後，緊接著的是孫立人事件。孫將軍是國民黨集團中最傑出的將領，學曆之深，無人可及；練兵之精，無人可及；戰功之高，無人可及；身上彈孔之多，無人可及；國際性聲譽之隆，也無人可及。他從小感受到外侮，立誌要雪恥，清華、普渡兩名校畢業之後，投筆從戎。自美國弗吉尼亞軍校學成，回國後南征北討，脫穎而出，但受製於蔣介石的嫡係，一再被黃埔軍頭排擠。蔣介石落魄到台灣之後，為爭取美援，打出孫立人牌，然而當鳥盡弓藏之時，便以冤案軟禁孫立人。
能夠洞悉蔣介石性格的人，便知孫案伏機極早，早到孫立人的出身。孫既非黃埔又比黃埔傑出，已注定了他被排擠、被嫉妒的“原罪”。再加上他的國際聲望，贏得美國名將史迪威、艾森豪威爾、巴頓、麥克阿瑟等的禮遇與敬重，更令忌才多疑的蔣介石不安與猜忌。一旦情況稍穩，就把良將拉下馬來。拉下馬要靠罪名，於是冤案出矣。
孫立人軍事素養深厚，技高一籌，印緬作戰，出奇兵、打硬仗，反攻緬北時，得“東方隆美爾”的美譽，獲英國皇家獎章，成為世界級的名將，戰後被邀赴歐洲戰場巡視，蔣介石麾下無人可望項背。國共內戰，孫立人在東北打得順利，忽遭黃埔排擠，最後被送到台灣訓練新兵，讓黃埔軍頭去立功，孰知立功不成，反而慘敗，紛紛撤退來台。孫立人在台內有新兵，外有美國支持，“要槍給槍、要錢給錢”，一如韓信，他有“反”的大好機會，而由於忠於蔣介石之一念而不“反”，忠於上級，也如韓信。孫立人“戴震主之威，挾不賞之功”，令上級不安，也如韓信；他“時至不行，反受其殃”，弄得“人有上書告楚王信反”、“人告公反”，也如韓信。至於看不起其他將軍，韓信“生乃與?眼樊?演噲等為伍”，孫立人“生乃與黃埔係軍頭等為伍”，更是一如韓信了。所不同的是，韓信的下場是身首異處、家夷三族；孫立人隻是身囚台中、冤氣難伸，家屬奉陪，賣“將軍花”維生而已。
一九九四年二月台北《新新聞》周刊第三六一、三六二合刊本，以醒目的標題，長篇報道所謂“孫立人案的大發現”、“ＣＩＡ機密檔案驚人揭露”、“獨家報道美國中情局最新解密檔案”，認為“在美政客、將領鼓吹下，孫立人答應與美發動兵變”雲雲，好像是落實了孫立人的兵變。其實，所謂“最新解密檔案”，美國學者早已利用了；所謂“獨家報道”的主要論述，實自一九九Ｏ年普林斯頓大學出版的康明思（ＢｒｕｃｅＣｕｍｉｎｇｓ）著《韓戰的起源》（Ｃｕｍｉｎｇｓ，ＴｈｅＯｒｉｇｉｎｓｏｆｔｈｅＫｏｒｅａｎＷａｒ）一書下卷，有關孫立人部分抄譯而來。這些解密的檔案不過顯示美方單方麵的意願，臘斯克有一度想驅蔣之後，把台灣置於麥帥控製之下（見Ｓｃｈａｌｌｅｒ，ＤｏｕｇｌａｓＭａｃＡｒｔｈｕｒＰ．１７９）遲至一九五Ｏ年六月十九日，美國國務院的文件猶謂：