抗戰之前，蔣介石的南京中央根本管不到地方實力派自治的大西南，如四川的潘文華、劉文輝、鄧錫侯，以及雲南的龍雲。抗戰之後，蔣以重慶為陪都，中央軍入川，情況自然大為不同。然而龍雲雖尊重慶為中央，由於特殊的地理、文化，甚至種族背景，相當於法國兩倍大的雲南仍然在龍雲的直接控製之下。1938年日軍攻占武漢與廣州之後，雲南的地位益為重要，在滇緬公路一端的昆明，更是不可缺少的對外窗口。昆明又是西南聯大的校址，彙集了全國第一流的學者。珍珠港事變後，昆明更成為美軍駐紮的基地，以及飛越駝峰後的落腳點。無論軍援經貿，皆由此進出。
雲南的重要性當然促使蔣介石染指，想用他的繩索套在龍雲的脖子上。蔣以龍雲為委員長滇黔行營主任，逐步把中央軍調入雲南，到1943年中旬，在雲南的蔣軍已四倍於滇軍。蔣又派特務進入雲南，因昆明於戰時已成為自由主義知識分子的中心，並受到龍雲的禮遇與保護。龍雲雖想把特務趕出雲南，但並不成功。實際上蔣於抗戰後期為了加強獨裁，政治迫害在特務的安排下益趨劇烈。表麵上看，特務打擊的目標是共產黨和民主人士，事實上包括所有的地方實力派，而龍雲顯然是最大的一個地方實力派。
地方實力派以及民主人士看到蔣介石對內不對外，趁抗戰吃掉異己，遂於1943年春醞釀反蔣，但一年後尚在醞釀中，而日軍突然發動“一號攻勢”，至1944年9月，豫湘桂戰鬥極為激烈，日軍有進寇四川、雲南之勢。蔣介石不肯把美式裝備的嫡係軍隊拿出來打，造成大潰敗！此舉暴露了中央的無能，也大大打擊了蔣委員長在國內外的聲望，自由派民主人士尤對蔣失去信心。就在一號攻勢接近尾聲之時，地方實力派人士李濟深、龍雲、張發奎、餘漢謀等，擬在粵桂之間組織自治、民主政權。同時在昆明的民主人士如羅隆基、張君勱、左舜生、沈鈞儒、章伯鈞等人，雖未直接參與，均表讚同，至少於重慶蔣政權崩潰之後，有所取代。他們想召開國民大會，包含各黨各派的代表，籌組國防政府。這場反蔣運動雖未能付諸實施，蔣介石與龍雲之間的關係卻日漸惡化。直到1945年的1月裏，重慶與昆明的關係才得到改善。蔣介石允許美國租界物資裝備滇軍三個師，龍雲則讓蔣介石的特務增加活動空間，並限製民盟行動。不過，此於蔣而言，隻是權宜之計，他早已決定於戰後消滅共產黨，以及一切半獨立的地方政府。從1945年4月蔣介石把杜聿明自昆明召回重慶密授機宜，以及5月間密命李宗黃任雲南主席可知，抗戰勝利之前其就已準備把龍雲攆走，日本突於8月9日投降，反而延遲了既定陰謀。8月15日，日本正式宣布無條件投降，蔣介石乃命盧漢率領三個軍自雲南就近入越南受降，以調虎離山。為了更加減弱保護龍雲的兵力，蔣又與美國人一起慫恿再增加一個軍入越，於是龍繩武的“龍家兵”也跟著盧漢去了越南。龍雲身邊隻剩下龍繩祖的一個師、一個憲兵團以及警衛大隊了。易勞逸說，龍雲自知無力抗命，“於是他請求重慶派他的四個師的部隊，由他的親信助手盧漢指揮，去印度支那接受日本人的投降”（《蔣介石與蔣經國——毀滅的種子》，第29頁），是不確實的。如龍雲果真聽天由命，當9月30日拂曉時分，杜聿明突以兵戎相見時，他又何必登五華山待援，拒絕下山呢？從事後看，龍雲顯然因為疏忽大意，連8月間美軍在昆明戒嚴都無警覺，終成蔣介石權術下的犧牲品。