三、政府部門所屬科研院所改革取得重要突破，機構活力和創新能力明顯增強。
科研院所是多年來科技體製改革的重點。通過改革，精幹了科研隊伍，科研院所數量大幅度減少，從改革前的5000多家，減少到目前的3000多家。全國共有1300多家開發類院所轉為或進入企業，從體製上解決了大批應用開發類院所長期遊離於企業之外的問題，基本建立起科技型企業的運行機製。轉製院所承擔了大量國家科技計劃和行業重點研發任務，取得了一批重要創新成果，2006年248家轉製院所申報專利2864項，獲發明專利授權1021項，轉讓技術成果1642個，實現總收入742億元，實現利潤48億元。公益類院所分類改革取得積極的進展，國務院部門所屬256個公益類院所改革方案全部形成。通過改革，學科結構得到優化，人員層次明顯提升，實行了新型的人事和分配等製度，科技投入大幅增加，科研人員積極性明顯提高，科技創新能力和公益服務能力得到增強。中科院知識創新工程試點十年來，進行了大規模的布局結構調整，在用人、分配、考核等方麵進行了積極的探索，取得了明顯的成效。
四、科技與經濟社會發展的結合更加緊密，科技支撐引領作用進一步凸顯。
經過多年來的不懈努力，科技已經全麵深入經濟社會，科技對經濟社會發展的影響從來沒有像今天這樣廣泛而深刻。比如，在重大工程中，我國掌握了一批長期製約發展的重大關鍵技術，支撐了三峽工程、青藏鐵路、西電東輸等重大工程建設，帶動了產業結構的優化升級。在重點產業領域，大型石化裝置、鋼鐵連鑄連軋、亞臨界火力發電機組、多聯軸數控機床、汽車發動機、超大規模集成電路設計等的研製能力大幅度提高，促進了相關產業的發展，提升了產業的國際競爭力。在高新技術產業化方麵，2007年我國高新技術產業實現增加值1.9萬億元，占GDP比重為7.8%。全國54個國家高新區和蘇州工業園營業總收入55812.3億元，工業總產值46067.6億元，工業增加值11288.5億元。在農業領域，攻克了超級雜交稻、轉基因抗蟲棉等一係列重大技術難關，科技進步對農業發展的貢獻率顯著提高。在衛生健康領域，心腦血管病、腫瘤等重大疾病，艾滋病、病毒性肝炎、SARS病毒、高致病禽流感等重大傳染病防控以及創新藥物研製、中醫藥現代化等方麵取得進展，保障了人民生命健康。“科技奧運”成績顯著，一批新能源、節能減排以及智能交通的新技術、新設施和新產品在奧運場區、場館投入運營，成為向全世界展示“科技奧運、綠色奧運、人文奧運”精神的亮點。
總之，通過多30年來堅持不懈的深化改革，我國科技體係結構明顯優化，科技運行機製與政策環境不斷完善，科技創新主體的能力與活力顯著增強，科技與經濟社會發展的結合更加緊密，改革取得了重要進展和顯著成效，為新時期全麵推進和完善國家創新體係建設奠定了基礎。同時也要看到，當前科技發展中一些體製和機製性障礙尚未從根本上清除，有利於科技進步和創新的、充滿活力的體製機製尚待進一步完善，有利於科技成果更快更好地向現實生產力轉化的有效機製還沒有完全建立，自主創新能力還不強，科技原始創新有效供給不足，成果轉化效率不高，企業尚未真正成為技術創新的主體，科技力量分散重複的問題還沒有從根本上解決，科技宏觀管理與協調還比較薄弱，激勵創新企業的機製還不夠完善等等。這些問題都製約著科技創新能力的提高。