我國原有科技體製是在計劃經濟體製下逐步形成的，其突出特點是科技資源集中在政府所屬科研院所。這一體製曾在特定的曆史時期，為我國經濟發展、國防建設和社會進步作出了重要貢獻，也為科學技術發展奠定了堅實基礎。新中國成立60多年來，我國科技事業蓬勃發展，取得了許多為世界矚目的成就。
但隨著我國的改革開放進程和社會主義市場經濟體製的逐步確立，原有科技體製弊端日益突出。自20世紀80年代始，中央決定對科學技術體製進行堅決的、有步驟的改革。
1978年召開的全國科學大會，迎來了科學的春天，也拉開了科技體製改革的序幕。縱觀30多年解放和發展科技生產力的過程，也是科技體製改革不斷推進深化的過程。大致可劃分為五個階段：
第一階段，1978年至1884年，改革醞釀階段。這一階段科技界以撥亂反正、解放思想為重點，在改革方向和思路上進行了醞釀和探索。
第二階段，1985年至1992年，改革全麵啟動階段。以改革撥款製度、開拓技術市場為突破口，引導科技工作麵向經濟建設主戰場。
第三階段，1992年至1998年，以部門為單位的結構調整試點階段。按照“穩住一頭、放開一片”的改革方針，開展了科研院所結構調整的試點工作，探索建立新型科技體製的思路和措施。
第四階段，1999年至2005年，科技結構係統性調整推進階段。以“創新、產業化”為指針，以改革科研院所的管理體製和運行機製為重點，對科研院所的布局結構進行了係統調整。
第五階段，從2006年至今，全麵推進國家創新體係建設階段。
2006年1月，我國就國家中長期科技發展作出了戰略部署，發布了《關於實施科技規劃綱要，增強自主創新能力的決定》，提出要有效整合全社會科技資源，推動經濟與科技的緊密結合，形成相互促進、充滿活力的國家創新體係。2007年10月，黨的十七大提出要提高自主創新能力，努力建設創新型國家，明確了進一步深化科技體製改革的方向：科技要為經濟社會的全麵協調可持續發展提供更有力的支撐。
經過30多年來堅持不懈的深化改革，我國科技體製在體係結構、運行管理機製、創新主體活力能力等多方麵都發生了顯著的變化，科技體製改革取得了重大進展和明顯成效。
一、科技體係結構得到優化，形成了多元化的創新主體格局。
改革以前，我國科研力量和科技資源主要集中在獨立科研機構。經過改革，已經形成了科研院所、高校、企業和科技中介機構等各具優勢和特色的創新主體，科技係統結構布局得到重大調整。2006年企業、政府研究機構、高等學校三方麵科研經費支出占全國科研經費總支出的比例分別為68.3%、20.9%和9.9%；人員總量中企業人員占65.7％，研究機構人員占15.4％，高等學校占16.1％，其他占2.7%。企業技術創新的主體地位顯著增強。此外，各類科技中介機構近7萬個，其中常設技術市場330餘個，技術貿易機構32935家，各類高新技術創業服務中心534家，生產力促進中心1331家，國家大學科技園42個。
二、科技管理和運行機製發生了重要轉變，市場配置科技資源的基礎性作用日益突出。
通過改革，改變了主要依靠行政手段管理科技工作的局麵，競爭擇優機製在科技資源配置中開始發揮主導作用，對宏觀調控、政策引導和績效評價等現代管理手段的使用力度不斷加大。政府科技計劃管理改革持續進行，項目全麵實行招標，競爭資助機製不斷強化；科技政策法規體係不斷完善，政策法規對科技發展的引導、支持和規範作用加強；科研機構普遍推行“開放、流動、競爭、協作”的機製，加大了用人和分配製度改革，科研機構內部平均主義和大鍋飯的局麵基本打破；競爭擇優和分配激勵政策，激發了科技人員的競爭意識和創新創業積極性，促進了科技成果轉化。