如果說前兩個階段的主要特點是“破”，即打破舊體製，那麼後兩個階段的特點就是“立”，即創建新體製；如果說前兩個階段增量式改革符合“帕累托改進”，即有人收益而無人受損，那麼從第三個階段開始，這種局麵開始發生改變，一部分社會群體為改革付出了代價，貧富差距加大，民眾對改革的認同感有所下降；如果說前兩個階段的改革理念主要是“效率優先，兼顧公平”，那麼在第三個階段中，隨著各種深層次社會矛盾的日益凸現，改革的天平應當更加向公平傾斜，向利益格局的再調整和改革推進的係統性和全局性傾斜。
當前，淺層次的、相對容易完成的改革任務基本上都已完成，改革逐步邁進“深水區”，各項改革正向更深層次的攻堅階段挺進。伴隨著經濟結構的劇烈變化，各種矛盾逐步集中暴露，改革的複雜性和艱巨性超出了先前的預期。盡管我國的體製環境較之以前發生了翻天覆地的變化，但改革遠未成功，而是進入了一種進退維穀的膠著狀態。事實證明，改革越向深層推進，各方麵、各領域的聯動性就越強，而各方麵改革能否協同配套推進，不僅製約著改革的進程，而且決定著改革的成效。一些深層次的問題亟待解決，新的問題又在不斷湧現，各種矛盾相互交織，這使得改革的難度大大增加，對經濟體製改革的係統性和配套性提出了更高的要求。
綜合配套改革試點就是在這種特定的曆史背景下應運而生的。國家選擇一些符合條件的地區開展綜合配套改革試點，一方麵可以通過試點探索，積累經驗，通過局部示範、以點促麵，為有效解決麵上的共性問題和逐步完善社會主義市場經濟體製提供借鑒；另一方麵，可以把改革風險和試錯成本控製在一定區域之內，平穩有序推進改革進程。中國的改革開放一直處於理論和實踐的雙重探索之中。沒有實踐的探索，就不會有理論的創新；沒有理論的指導，實踐就是盲目的。實踐基礎上的理論創新是社會發展和變革的先導。兩者相輔相成，相得益彰。李軍傑綜合配套改革試點的曆史意義中國證券報，2007-7-2
截至2011年12月，國務院已經批準了上海浦東新區綜合配套改革試點、天津濱海新區綜合配套改革試驗區、重慶市全國統籌城鄉綜合配套改革試驗區、成都市全國統籌城鄉綜合配套改革試驗區、武漢城市圈全國資源節約型和環境友好型社會建設綜合配套改革試驗區、長株潭城市群全國資源節約型和環境友好型社會建設綜合配套改革試驗區、深圳市綜合配套改革試點、沈陽經濟區國家新型工業化綜合配套改革試驗區、山西省國家資源型經濟轉型綜合配套改革試驗區和廈門市深化兩岸交流合作綜合配套改革試驗區10個國家級綜合配套改革試驗區。2011年，國家發改委官員表示，改革進入深化階段，原則性不再接受新的綜合配套改革試驗區的申請。國務院還決定設立兩個“綜合改革試驗區”（區別於“配套”）：義烏市國際貿易綜合改革試點和溫州市金融綜合改革試點。
122國家綜合配套改革試驗區的目的
國家設立綜合配套改革試驗區的目的，是為了探索建設和諧社會、創新區域發展模式、提升區域乃至國家競爭力的新思維、新思想、新路徑、新模式和新道路，通過選擇一批有特點和有代表性的區域進行綜合配套改革，以期為全國的經濟體製改革、政治體製改革、文化體製改革和社會各方麵的改革提供新的經驗和思路。這是中國社會主義市場經濟發展到特定曆史階段，應對特殊的經濟發展環境做出的現實選擇，它的提出必將對未來改革和區域經濟發展產生深遠的影響。
綜合配套改革試驗區設立的核心在於“綜合配套”，其宗旨是要改變多年形成的單純強調經濟增長的發展觀，要從經濟發展、社會發展、城鄉關係、土地開發和環境保護等多個領域推進改革，形成相互配套的管理體製和運行機製。
實施綜合配套改革試點是中國改革向縱深推進的戰略部署。實施綜合配套改革，能夠合理解決經濟體製改革的係統性和配套性，增強各方麵、各領域、各層次改革的協調性、聯動性和配套性，有利於建立健全充滿活力、富有效率、更加開放的體製機製，建立起完善的社會主義市場經濟體製。綜合配套改革試點應該把握好三個層次的問題，即指導思想層麵、實踐運行層麵和目標指標層麵，如圖11所示。
國家選擇一些符合條件的地區開展綜合配套改革試點，一方麵可以以試點地區為載體，把改革和發展有機結合起來，把解決本地實際問題與攻克共性難題結合起來，實現重點突破與整體創新，率先建立起完善的社會主義市場經濟體製，為全國其他地區的綜合改革起示範作用。另一方麵，可以把改革風險和試錯成本控製在一定區域之內，平穩有序推進改革進程。
圖11國家綜合配套改革試驗區係統結構圖郝壽義，高進田試析國家綜合配套改革試驗區［J］開放導報，2006（2）
123國家綜合配套改革的目標
1總體目標
根據中央對上海浦東新區、天津濱海新區和深圳特區的要求來分析，建立國家綜合配套改革試驗區的總體目標是多方麵的，是一個包含諸多目標的多元係統組合，主要由戰略目標、基本目標和結構目標組成。
戰略目標——國家綜合配套改革試驗區的戰略目標是率先建立起完善的社會主義市場經濟體製。
基本目標——一是改革在有條件、有代表性的地區、在一些關鍵領域和環節上先行試點並取得突破，對積極穩妥地推動全國改革開放全局具有重大意義；二是在全國形成一批新的區域創新增長極，帶動地區政治、經濟、文化和社會事業的快速發展。
結構目標——國家綜合配套改革試驗區的結構目標可以概括為：在試驗區內謀求建立“經濟市場化、政治民主化、法製健全化、社會和諧化、環境友好型”的社會主義新型社會發展模式。
2區域發展目標
通過國家綜合配套改革試驗區形成四個方麵的新區域：第一，形成全國的經濟增長極或者是帶動全國經濟增長的力量；第二，形成與國際規則、國際慣例、國際產業調整和要素重組相銜接的、具有國際競爭力的高地；第三，形成資源共享的一體化區域，要有效整合資源，建立新的比較優勢，改變過去部門分割、城鄉分割的體製；第四，形成中國深化改革擴大開放的新的特殊功能區，為全國的改革開放提供新的經驗和示範。
通過國家綜合配套改革試驗區對區域發展形成三種帶動作用：一是集聚輻射作用，通過特殊的政策和優良的發展環境，利用經濟勢能的運行規律，逐步使國家綜合配套改革試驗區成為資本、信息技術、高級人才和現代經營管理集聚的核心，從而帶動區域經濟加速增長和發展。二是結構轉換作用，通過自身的結構調整使其產業結構、產品結構不斷適應國際市場和國內市場的要求，不斷培植出具有區域特色的主導產業、主導產品係列，從而在動態發展中保持產品的市場競爭力和市場覆蓋麵以及通過產業關聯和擴散效應帶動和促進周邊區域經濟轉換。三是體製示範作用，就是讓其作為改革的一個試驗場，先行探路、超前探索、積累經驗，在實踐中不斷總結完善，並將其中已經被證明是行之有效的、比較成熟的有益經驗逐漸大麵積推廣。
124國家綜合配套改革的內容
由於我國改革戰略選擇的曆史原因，不同綜合配套改革試驗區所處的經濟發展階段、空間區域位置均具有較大的差異性，因此各方改革的側重點也有所不同。但是，根據我國改革的基本走向以及城市發展的階段性特征，我們可以從經濟增長、行政管理、公共服務、社會管理和區域發展等五個維度來勾畫綜合配套改革的主要內容。
以上五個維度的內容層次劃分並非截然斷裂、各自推進，而是相輔相成。其中的重點就是行政管理體製改革，它的改革尺度決定了經濟體製、社會管理、公共服務改革所可能具有的高度與深度，如果行政改革無法突破，我們就不可能期望其配套改革能獲得廣泛而深入的成就。