6月22日山東分局、山東軍區張雲逸、康生、許世友、袁也烈致三野、中共中央軍委電，提出攻擊長山列島的作戰方案。粟裕、周駿鳴、張震於6月27日複山東軍區並報中共中央軍委電，指出：“奪取長山島之作戰，我們意見，由二十四軍派出一個師，協同警四旅、警五旅攻取，較為穩當，並應詳細偵察島嶼地形及敵岸上部隊布防狀況、工事狀況（強處與弱處），我航渡水情、道路。在器材準備上，特別強調船隻的組織訓練、部隊強渡的訓練。在新區工作作戰指導上，一切應作強渡的組織準備，而在戰術手段上則應盡量爭取偷渡成功，不成功時則繼之以迅速勇猛的強攻”。中共中央軍委於6月30日複電：“同意你們複山東軍區關於奪取長山列島的作戰意見，最主要的是詳查敵情地形，認真準備強渡強攻的戰術和技術，但不放棄對於偷襲的爭取”。參戰部隊經過一個多月準備，於8月11日發起戰鬥，經一天兩夜激戰，攻克長山列島，生俘國民黨守軍1500餘人，繳獲運輸艦1艘、各種炮63門。
6月23日中共中央複上海市委並告南京市委及華中局電，指出：“帝國主義者正在采用利誘和威迫的兩種手法，正在采取爭取合法地位（以便從內部進行破壞）和繼續援助國民黨的兩麵政策，隻有堅決而又適宜的鬥爭，並且需要很長的時間才能鞏固自己戰勝敵人”。“對紫石英號的方針，必須英方承認不得人民解放軍同意擅自侵入中國內河是錯誤的這一點（不著重誰先開槍，因為這是沒有多大關係的，重要的是擅自侵入內河，隻要是擅自侵入，我軍就必須打它和扣留它；也不要著重正當渡江的時機，重要的是擅自侵入人民解放軍控製的內河，不管什麼時機，都是不能許可的），才能釋放，否則決不能釋放”。
6月25日出席華東局會議，討論應對帝國主義和國民黨封鎖、發展城鄉生產問題。
6月26日蔣介石下令組建舟山防衛司令部，決定以4個軍6萬餘人駐守舟山群島，企圖使舟山成為封鎖長江入海口、襲擾京滬杭地區的基地。國民黨海軍對長江口至山東半島沿海實行封鎖。
7月1日在上海紀念中國共產黨成立28周年幹部大會上講話，再次敲響拒腐防變的警鍾，指出：上海是個大熔爐，也是個大染缸。我們要立場堅定，在這裏鍛煉成鋼，而不要跌到汙水坑裏去。
7月2日午時，發出冬午電令：“為完成攻占台灣任務，必須迅速加強海軍，決調趙啟民同誌前往海軍任副政委”。“為迅速完成部隊正規化，打下近代化基礎，必須集中力量培養大批幹部，決以陳士榘為軍大副校長，鍾期光為副政委”。
同日三野第十兵團開始向福建進軍，於7月底到達福建建甌、古田、南平地區集結備戰。
7月3日在上海複旦大學召開的南下服務團歡迎新團員大會上講話。
7月6日上海各界舉行紀念抗日戰爭12周年、慶祝上海解放大遊行。陳毅、饒漱石、粟裕等檢閱遊行隊伍。
7月7日中共中央軍委致總前委並粟裕、張震、周駿鳴電，指出：“在我奪取舟山群島及台灣以前，可能繼續封鎖下去，故你們的立腳點須放在長期被封鎖的情形下考慮並解決問題”。紫石英號如逃走，應堅決打擊。
同日中共中央政治局會議聽取鄧小平關於華東工作及渡江、接收京滬杭情況彙報。
7月9日中共中央軍委致華南分局並告第四、第三野戰軍電：“我第三野戰軍的有力兵團現正在開始由上海南進，大約八、九兩月可占福州、泉州、漳州等地，如有必要，可由該兵團於殲滅閩西、閩南等處敵人之後，以一部協助你們殲滅韓江流域之敵，並占領潮、汕”。
7月10日毛澤東致周恩來信：根據朱德建議，可考慮選派三四百人去蘇聯學習空軍，並購買飛機一百架左右，連同現有的空軍組成一個攻擊部隊，掩護渡海，準備明年夏季奪取台灣。
7月11日與唐亮聯名簽發《上海軍政接管委員會接管工作總結報告》。
同日簽發第三野戰軍調整組織、部署命令。
7月13日率領華東軍區和第三野戰軍指揮機關由上海移駐南京。7月15日電報中共中央軍委：已到南京。
7月20日與張震、周駿鳴聯名發出致中共中央軍委、陳毅、饒漱石電，報告：為準備攻占定海和台灣，調整淞滬地區部署。
7月22日中共中央致華東局、南京市委電，指出：“英美兩國在中國問題上有矛盾，我們應當利用這個矛盾。請你們在確定的一般原則下運用的時候注意到這一點”。
7月26日中共中央軍委電示粟裕、周駿鳴：“你們的沿江炮兵部署甚好”。
7月27日簽發華東軍區、第三野戰軍致各兵團各軍電：八九月份整訓與工作計劃，各兵團重點整訓內容。
7月30日午時，發出複中共中央軍委7月26日指示“海軍機構移青島，並歸軍委指揮”電：為迅速完成攻占台灣的準備，建議華東海軍暫緩北開。中共中央軍委於8月2日複粟裕並告華東局電：“同意粟裕陷午電意見，張愛萍海軍係統暫時不遷青島，並仍歸華東係統即歸粟裕指揮”。同時指出：“你們積極準備攻台是正確的，必須從各方麵準備攻台，打破幹部中的畏難心理”。攻台時間暫不確定，“必須推遲到我方空海兩軍（特別是空軍）條件充分具備之時”。