1716年（康熙五十五年）年底，策妄阿喇布坦派出以策零敦多布為首的6000名準噶爾軍，自和闐（今新疆維吾爾自治區和田市）出發，翻越昆侖山，經阿裏，直插藏北那曲，對拉藏汗實行突襲。1717年六月，拉藏汗到達和碩特部在藏北的據點達木八旗（今當雄縣）。由於拉藏汗軍毫無戒備，在納木錯湖與準噶爾軍的遭遇戰中被打敗。拉藏汗立即將準噶爾部入侵西藏的情況向清朝報告，請求支援，同時，邀請德高望重的班禪五世從日喀則趕來藏北，商量與準噶爾軍談判，爭取和平解決爭端。
準噶爾軍長途跋涉數千裏，誌在消滅拉藏汗，拉藏汗則一味寄希望於班禪五世的調停，以致失掉以逸待勞、供應充足的戰機。經過一番無效的交涉後，雙方在達木八旗交戰。拉藏汗軍勉強在達木八旗堅持了兩個多月，終於敗退300餘裏，於十月中旬退到拉薩。
1717年（康熙五十六年）十月十九日，由策零敦多布率領的準噶爾軍到達拉薩近郊，受到黃教各大寺院僧人的歡迎。同月二十八日準軍進攻拉薩。雖然拉薩城防堅固，但是由於城內有很多反對拉藏汗的人替準軍通風報信、密切配合，拉薩城很快即被準噶爾部攻陷。十一月初一，拉藏汗自布達拉宮突圍時，被準軍殺死。
準噶爾部攻占拉薩後，燒殺搶掠，無所不為，拉薩城遭受到一場空前的洗劫。此時，西藏人民始覺察到遠路而來的準噶爾軍要比和碩特部蒙古族統治者更為殘暴。班禪五世對準軍的所作所為十分反感，策零敦多布根本不聽他的勸阻，到處肆虐逞凶。十二月初三，班禪五世憤然離開拉薩，返回日喀則紮什倫布寺。
自固始汗於1642年奪取西藏地方政權，至1717年拉藏汗被準噶爾部殺害，蒙古和碩特部在西藏共統治了75年之久。
七、清朝驅逐侵藏準噶爾軍
聖祖十分重視準噶爾部入侵西藏的事件。如果西藏被準部長期霸占，不僅西南邊疆的安定受到威脅，而且還會在內外蒙古地區產生嚴重後果，以致動搖清朝扶持黃教以安定蒙古諸部的既定政策。因此，聖祖決定立即派兵征討入侵西藏的準噶爾部。
1718年（康熙五十七年）秋，聖祖派遣以額倫特和色楞為首的將領，統率數千人的軍隊入藏，是為清朝建國以來第一次在西藏用兵。由於對西藏的地理、氣候及有關情況缺乏必要的了解，進軍前的準備也不夠充分，加以領兵二將關係不協，配合不當，孤軍深入到藏北那曲後，即陷入準噶爾軍的重圍中，糧草補給全被截斷，最後全軍覆沒。
清朝首次用兵西藏的失利，使聖祖深切地認識到事態的嚴重性，也更加堅定了他再一次出兵征討侵藏準軍的決心。
清朝第二次進軍西藏，事前做了充分的準備。聖祖派遣皇十四子允禵為撫遠大將軍，坐鎮青海統一指揮。進藏清軍分為南北二路，南路從四川出兵，由四川總督年羹堯駐守康定，備足糧秣供應，1720年（康熙五十九年）春夏之交，由定西將軍噶爾弼統率的清軍自巴塘渡金沙江西進，沿途未遇準軍的強力抵抗，於八月二十三日進抵拉薩。南路清軍進展順利，主要是因為準噶爾軍惟恐退回準部的後路彼截斷，將兵力都集中到藏北，對南路入藏的清軍便無力防範了。
北路清軍是入藏清軍的主力，領兵的將領是平逆將軍延信（清太宗長子肅親王豪格之孫），青海和碩特部的親王羅卜藏丹津也參加了進軍的行列。北路清軍還負有護送暫時安頓在塔爾寺的達賴七世·格桑嘉措進藏的使命。
1720年（康熙五十九年）四月，達賴七世隨同延信統率的軍隊自青海起程去西藏。行至噶瑪塘（即黃河源頭的星宿海）時，有西藏工布（今工布江達縣）的貴族阿爾布巴前來迎接。阿爾布巴在準噶爾軍騷擾西藏期間，在家鄉擁兵自衛。約在1720年初，阿爾布巴發動了反抗準部的起義，撫遠大將軍允禵隨即邀請他去青海相見。阿爾布巴在噶瑪塘與護送達賴七世一段路程的允禵會見。此後，胤禵回西寧，由延信繼續統軍前進。
北路清軍順利進軍，當清軍經那曲到達木八旗時，與準噶爾軍遭遇，延信接連挫敗準軍。此時侵藏的準軍獲悉清朝大軍壓境，早已無心戀戰，隻想奪路逃生。策零敦多布率領殘兵敗將翻越昆侖山逃回準部，由於戰鬥傷亡和途中嚴酷的自然條件造成的損失，原來6000人的隊伍，隻殘留下500人，幾乎是全軍覆沒了。
準噶爾軍被徹底驅逐後，延信領兵護送達賴七世於1720年九月初八自達木八旗出發，十五日到達劫後滿目瘡痍的拉薩。在行經達木和熱振寺之間的羊熱山口時，他們受到貴族隆布鼐、紮爾鼐等人和一些上層僧侶的歡迎；在到達拉薩郊區時，又受到拉薩各階層僧俗人士的歡迎。
清軍進藏驅逐準噶爾軍，受到西藏人民的熱烈歡迎。因為這次進軍恢複了西藏的社會秩序，維護了國家的統一，解脫了西藏人民的災難，是一次很得人心的正義進軍。
清軍將達賴七世安置妥當後，處治了為首的叛徒，對拉藏汗所立的達賴意希嘉措，一說是被送往內地，一說被處死。隨後清朝著手對西藏政務的改革事宜。
第二章 西藏地方政治製度的變遷
一、噶倫聯合掌政
自1720年秋至1721年（康熙六十至六十一年）春，西藏地方的行政事務臨時由進藏的清軍將領們管理。其間，隨清軍進藏的青海和碩特部重要領袖人物、固始汗之孫羅卜藏丹津，企圖由他恢複和碩特部在西藏的統治。此時清朝已決定加強治理西藏，他的要求遭到清朝的斷然拒絕。
1721年春，清朝決定廢除原來西藏地方政權中總攬大權的第巴一職，設置噶倫數人負責西藏地方的政務。
康濟鼐·索南傑布（？-1727），西藏南木林人，是拉藏汗的女婿，約在1716年初，他被拉藏汗任命為阿裏地區總管，在準噶爾軍侵藏期間，他發動起義，配合清軍進藏有功，清朝封他為貝子，被任命為西藏地方政府噶倫（1725年任首席噶倫），兼管後藏和阿裏地區的事務。其餘的噶倫，一個是曾到青海迎接清軍的工布江達的貴族阿爾布巴·多吉傑布（？-1728），清軍進藏，他任向導，也被封為貝子，任命為噶倫，還負責管理工布以東的地方事務；另一個是拉薩地區的貴族隆布鼐·紮西傑布（？-1728），清軍入藏後，因向導有功，被封為輔國公，任命為噶倫，同時管理拉薩東北一帶的地方事務。
1721年時，噶倫僅由上述3人組成。此外還有一個重要人物頗羅鼐·索南道結（1689-1747），西藏江孜人，原為拉藏汗下級軍官，1717年準噶爾軍入侵西藏時，他率軍在達木與準軍奮力作戰，很得拉藏汗倚重。其後，又聯合康濟鼐發動起義，配合情軍進藏。
1721年，清朝封之為一等台吉，被任命為仔本，即管理財政事務的官員。至1723年（雍正元年），頗羅鼐升任噶倫。與頗羅鼐同時升任噶倫的還有紮爾鼐·羅迫傑布（？-1728），他任達賴七世的強佐（一作商卓特巴，藏語意為財務總管），是黃教寺院勢力的實權人物。此人亦因向導清軍入藏有功，1721年時，被封為一等台吉。頗羅鼐和紮爾鼐升任噶倫後，噶倫人數由3人增至5人。
但是，在5名噶倫中，康濟鼐和頗羅鼐的貴族地位不及阿爾布巴和隆布鼐高，隆布鼐又與達賴七世之父索南達結有姻戚關係；紮爾鼐雖是一名俗官，但為達賴喇嘛係統的屬員，其思想和行為必然要受索甫達結的支配。於是，阿爾布巴、隆布鼐、紮爾鼐結為一黨，與後藏地區的康濟鼐、頗羅鼐展開了一場爭奪權勢的鬥爭。在這場鬥爭中，達賴七世之父索南達結明顯地支持阿爾布巴一黨。西藏地方的局勢又由暫時的穩定走向貴族內訌引起的紛爭和戰亂。
二、阿爾布巴事件的平定
1722年冬十一月，世宗胤禛即位。此時，由於青藏地區局勢穩定，清朝先後撤走駐軍。1723年（雍正元年）秋，青海和碩特部羅卜藏丹津發動叛亂（見本章第四節），翌年亂平，清朝設西寧辦事大臣，加強了對青海地區的統治。1726年（雍正四年），清朝又將巴塘劃歸四川，中甸、維西、阿墩子（今德欽縣）等地劃歸雲南，削弱了西藏地方當局對這些地區的控製。而此時西藏噶倫內部的矛盾日益明顯，清朝派往西藏的副都統鄂齊，於1726年向世宗奏稱："臣至西藏，審視情形。首領辦事之人互相不睦，每每見於辭色。達賴喇嘛雖甚聰敏，但年紀尚幼，未免有偏向伊父索偌木達爾紮（索甫達結）之處。康濟鼐為人甚好，但恃伊勳績，輕視眾噶隆（倫），為眾所恨。阿爾布巴賦性陰險，行事異於康濟鼐，而索諾木達爾紮因娶隆布奈（鼐）二女，三人合為一黨......隆布奈行止妄亂，劄（紮）爾鼐庸懦無能，應將此二人以噶隆原銜解任，則阿爾布巴無人協助，自然勢孤，無作亂之人矣"。
世宗采納了鄂齊的建議，於1727年（雍正五年）正月派僧格、馬喇（或作瑪拉、馬臘）入藏，宣布敕諭。阿爾布巴一黨獲悉清朝派欽差前來，預料到不利的前景，於六月十八日，先發製人，將康濟鼐殺害，頗羅鼐因妻病返回後藏江孜，幸免於難。事變後，阿爾布巴等人又派兵攻打江孜，被頗羅鼐挫敗。與此同時，頗羅鼐奏報清朝，請求派兵進藏平亂。
這場"衛藏戰爭"進行了將近一年之久。頗羅鼐曾一度處於不利的地位，但是最後頗羅鼐爭取到阿裏和藏北達木八旗和碩特部蒙古族的支援，於1728年（雍正六年）五月，統率9000大軍，自羊八井由北路攻入拉薩，一舉擒獲阿爾布巴、隆布鼐、紮爾鼐及其家屬。頗羅鼐將一幹人等軟禁，待清軍到達後發落。
先是1727年（雍正五年）八月，僧格、馬喇一行抵達拉薩，受到阿爾布巴和達賴七世之父索南達結的歡迎和接待。阿爾布巴極力誣陷康濟鼐與羅卜藏丹津、策妄阿喇布坦有牽連；詆毀頗羅鼐反對達賴喇嘛，攻擊黃教。當時"衛藏戰爭"正處於僵持局麵。僧格、馬喇將一應情況奏報清廷，世宗當即派人去拉薩密告僧格、馬喇，勿為阿爾布巴所惑，從中講和，更不可受其誆誘，致使頗羅鼐受害。可見世宗對此次西藏噶倫內江事件，明顯地偏袒康濟鼐、頗羅鼐一方。
世宗得知阿爾布巴不能戰勝頗羅鼐，頗羅鼐正在集結軍隊反攻之際，決定抽調陝西、四川、雲南各地兵馬15400人，於1728年（雍正六年）五月初，分北、南二路進軍西藏。在清軍尚未抵達西藏時，頗羅鼐已經攻克拉薩，擒獲阿爾布巴及其黨羽。
是年八月初一，清朝北路軍由左都禦使、吏部尚書查郎阿統率，會同由鑾儀衛使周瑛統率的北路軍，同時進入拉薩。九月三十日，在經過審訊對質之後，清朝將阿爾布巴、隆布鼐、紮爾鼐等人處死，其親屬則被發遣內地為奴。一場由西藏噶倫內訌引起的"阿爾布巴事件"，至此以頗羅鼐得到清朝的信任和支持，全殲阿爾布巴一黨而告結束。
三、頗羅鼐掌政時期
1727年（雍正五年）清朝派僧格、馬喇入藏時、並未宣布他們是駐藏大臣。次年阿爾布巴事件平定後，清朝始明確宣布二人為駐藏大臣的身份，是為清朝在西藏設置駐藏大臣之始。同時留川陝兵丁1000名駐藏，改變了以往不在西藏常川駐軍的做法。
阿爾布巴事件平息後，清朝還對西藏政務作出了重要的部署。
1728年（雍正六年）九月，班禪五世自日喀則到達拉薩，清朝派來西藏的大員查郎阿向他宣讀世宗的敕旨，將後藏直到。阿裏地區都賞賜給班禪管轄。班禪一再辭謝，最後勉強接受了拉孜、昂仁、彭錯林（今屬拉孜）三地。這是清朝旨在削弱、分化西藏統治集團勢力的一項政策。自此西藏地方政權分為前藏的西藏地方政府和後藏的班禪政權，但後者的管轄範圍是很有限的。
對頗羅鼐，清朝隻令他管理後藏和阿裏兩地區的事務，前藏事務則由頗羅鼐推薦的兩名貴族色朱特色布騰和策淩旺紮爾（今譯才仁旺傑）負責，由清朝任命他們為噶倫。由於西藏亂事甫定，清朝要頗羅鼐暫時統管前後藏的事務。顯然，世宗此時對頗羅鼐仍不甚放心，不肯使他一人獨攬大權。
清朝在阿爾布巴事件後，決定將達賴七世移往內地。主要是擔心達賴喇嘛的聲望和影響，足以左右西藏的政局。阿爾布巴事件中，前藏貴族之所以有恃無恐，達賴七世及其父索南達結的支持是眾所皆知的原因。加以準噶爾部入侵西藏的曆史教訓，更令清朝提高了警惕，一旦再生動亂，達賴七世落入敵手，其後果是不堪設想的。
1728年（雍正六年）十一月，達賴七世及其父索南達結在清軍的護送下，移住康區裏塘（今四川省理塘縣），1730年（雍正八年）正月，又移住噶達（今四川省康定縣境）惠遠廟，直到1735年（雍正十三年）三月，清朝在西藏局勢已經全麵安定時，才允許達賴七世返回西藏。達賴七世之父索南達結在達賴七世移住裏塘後，於1729年（雍正七年）六月到達北京，世宗對他幹預西藏政事嚴加責備，在他保證今後再不幹預西藏事務之後，世宗為了安撫達賴七世，封索南達結為輔國公。此後曆代達賴喇嘛之父（或兄）均被封為輔國公的爵位，成為定製。
達賴七世移住康區後，清朝封頗羅鼐為貝子（1729年初），1731年（雍正九年）清朝又封之為貝勒、多羅貝勒的爵位，頗羅鼐的地位扶搖直上，最後晉封為郡王（1740年初）。頗羅鼐的權限亦不僅是管理後藏、阿裏事務，而是管理包括前藏在內的西藏全區事務。
頗羅鼐掌政期間，為整頓長期戰亂帶給西藏社會的生產調敝，人民生活貧困，在減免債務，減輕差稅等方麵做了大量的工作。在他掌政的後期，西藏社會安定，倉廩充實，政績成效突出。在對待藏傳佛教各教派的態度上，他一視同仁，不加排斥。準噶爾部入侵西藏期間，黃教以外各教派的寺院都程度不同地遭到破壞，頗羅鼐盡力加以修複，緩解了黃教和其它教派間的矛盾。他還主持鐫刻藏文大藏經《甘珠爾》、《丹珠爾》，對保存和發展西藏宗教文化作出了貢獻。頗羅鼐晚年與達賴七世發生矛盾。這與阿爾布巴事件中，達賴七世曾支持阿爾布巴一方，以及清朝對頗羅鼐過於信賴，使他大權獨攬有關。高宗弘曆為此曾告誡頗羅鼐"若爾二人稍有不合，以致地方不寧，甚負朕信任期望之恩"，頗羅鼐才與達賴七世緩和了矛盾。
評價頗羅鼐的曆史功績，首先在於他明確西藏是中國的領土，處理事務以維護國家的統一為準則，對清朝的政治態度始終一致。此外，他反對貴族間爭權奪勢的戰亂，為西藏的社會安定，藏族人民的生活幸福，均做了大量的工作。頗羅鼐在藏族史上的地位，應該給以充分的肯定。
四、黃教政教合一地方政權的建立
頗羅鼐去世（1747）後；其次子珠爾默特那木紮勒襲爵。珠爾默特掌權後，與達賴七世的矛盾激化。他表麵聽從駐藏副都統傅清的申飭，表示"海過"，實則密謀叛亂。
1749年（乾隆十四年）十二月，珠爾默特襲殺其兄珠爾默特策布登，占據阿裏。先是，珠爾默特已據有藏北三十九族（今那曲地區東部、昌都地區西北部）和達木八旗。"複通書魏物準噶爾，請兵為外應"。珠爾默特已作好發動叛亂的一切準備。
駐藏大臣傅清、拉布敦對珠爾默特的叛亂形跡早有覺察，而此時通往內地的郵傳已被珠爾默特阻絕。在探知珠爾默特即將發動叛亂，於1750年（乾隆十五年）十月十三日，傅清、拉布敦誘殺珠爾默特於駐藏大臣衙署，而傅清、拉布敦也被珠爾默特的餘黨殺害。事件發生後的次日，達賴七世即組織兵力迅速平息了叛亂，由多仁·班智達（康濟鼐之侄）擒獲羅桑紮西等為首的罪犯。清軍由副都統班第、四川總督策楞率領，分頭由青海、四川兩路進藏。班第於同年十二月二十一日抵拉薩，處決了為首的罪犯。策楞隨後抵藏，遂與班第等人共議善後事宜。
自1751年（乾隆十六年）起，清朝決定廢除由郡王總管西藏地方政務的製度，授權達賴七世正式掌政，建立地方政府的辦事機關，即噶廈。噶廈設噶倫4人，俗官3人，僧官1人。首任噶倫4人是班第達（即多仁·班智達）、策楞旺劄勒、色裕特塞布騰和達賴七世保舉的喇嘛尼瑪嘉木燦。噶倫4人地位平等，處理日常政務，"遇有緊要事務，稟知達賴喇嘛與駐藏大臣，遵其指示而行"。這是清朝對西藏地方政權的一次重大改革。此前清朝從未授權達賴喇嘛掌政，西藏黃教政教合一的地方政權，實始於是年（1751年乾隆十六年）。