基金管理費的提取，有時候已經不是簡單的幹好幹壞都一樣，旱澇保收的“大鍋飯”問題，甚至出現了“倒掛”的現象。幹得好、淨值增長多、給投資人分紅多的，管理費的提取反而不如淨值下降的、給予投資人分紅少的。這種怪現象不僅影響基金經理人的積極性，也會直接影響投資人的利益。顯然與我國證券市場日趨市場化的大勢不符，基金管理費提取模式急需改革。類似券商傭金浮動製，對基金管理費采取浮動製，賺錢多的、給投資者分紅多的，多提一些管理費；賺錢少的、給投資者分紅少的，少提一些管理費；賠錢的不提管理費，這對基金管理人是一種有效的激勵。
6.3.2治理結構問題嚴重
現有的基金管理公司前身多是券商，其股權結構演變由絕對控股、相對控股到目前的分散的均等型股權為主。從某種程度上來說，較之於集中的股權結構，分散的股權結構杜絕了控股股東“一股獨大”、處於支配地位的弊端，有利於形成合理的法人治理結構，規避基金和控股股東間關聯交易的風險。但是也帶出一些其他問題：
1.董事長一職形同虛設，董事會缺乏獨立性
基金管理公司董事會成員基本上來自各股東單位，與原單位有著千絲萬縷的聯係，董事很容易充當原單位的代言人，不能真正對公司計劃的完成情況以及經營情況進行認真的審查，從而也就不能對公司的重大決策發揮應有的作用。同時，由於力量的製衡，即使是董事長也發揮不了監督的職能。
2.經理人權力過大
由於董事會的虛設，造成了基金管理公司經理人的權力相對集中，從而產生相當大的利益衝突。又由於基金經理的身份既不屬股東，也不是持有人，因而其目標函數與股東不盡一致。為了追求自身利益最大化，在我國目前代理機製不健全的情況下，勢必導致內部人控製。內部人控製問題作為法人治理結構不完善的直接結構，尤為突出，且存在許多表現形式：
基金經理人利用各種可能的手段為自身謀取利益。盡管我國有關證券法規規定證券從業人員不得為自己買賣證券，然而在實際操作中，在利益的驅動下，基金經理人通過各種變通的方法為自己牟取暴利。
基金經理人向關聯人輸送利益。基金公司脫胎於證券公司、信托投資公司等發起單位，運作中難免會受到控股股東的影響和約束，從而嚴重損害基金份額持有人的利益。
基金經理人憑借基金公司龐大的資金實力、詳盡的市場信息優勢，操縱基金賬麵淨資產值，在根據固定比例提及基金管理費情況下，牟取巨額管理費用。
6.3.3基金持有人利益代表缺位
目前我國投資基金均為契約型基金，持有人對基金的監督權隻能通過出席基金持有人大會來行使。雖然《證券投資基金法》規定代表基金份額百分之十以上的持有人有權自行召集持有人大會的做法較以前有了很大進步，但是由於以下一些因素造成持有人大會實際操作性並不強：
（1）根據成本收益原則，隻有對基金治理幹預得到的收益大於采取行動的成本時，參與基金治理才有可能。絕大多數基金持有人熱衷於短線操作以博取差價，根本沒有興趣參加一年一度的基金持有人大會，以至於基金持有人大會流於形式。
（2）持有人人數眾多且高度分散，意見難以統一，協調成本過高，而且監督行為上“搭便車”現象又非常嚴重。
（3）有權召集基金持有人大會的基金份額至少百分之十的規定，很有可能被少數一二家大機構投資者濫用。
6.3.4基金托管人職責缺失
在現行法規以及基金契約中，盡管基金托管人除了保管基金資產外，還負有監督基金管理人投資運作等職責，但是這種監督的實際效果因為一些原因顯得力不從心。一方麵，從目前的情況看，基金管理人通常是基金的發起人（《證券投資基金法》規定基金由基金管理公司發起並管理），因而有權決定基金托管人的選聘，並且經中國證監會和中國銀監會批準後，還有權撤換基金托管人。也就是說，基金管理人往往決定了基金托管人的去留，這就導致了基金托管人實際上受製於基金管理人。托管人的這種地位缺乏獨立性必然導致其監督的軟弱性。另一方麵，基金托管業務目前已成為商業銀行一項重要的中間業務和利潤增長點，市場競爭日趨激烈，作為托管人的商業銀行為搶占市場份額，不會冒很高的監督成本和風險去盡監督職能，在利益的驅動下，有可能縱容、遷就基金管理人違法違規行為，影響其監督效果。
6.3.5監管部門行政監管不力
基金作為一種重要的金融創新產品，持有人眾多，涉及麵甚廣，因而具有一定的準公共性，監管部門必須施以全過程的監督和管理。
目前我們的監管部門主要側重事前（即基金發行）對基金管理人、基金托管人的資格審查，很少關注基金運作層麵上的規範性問題。而且對事後行政處罰常采取暗箱操作的方式，隻是簡單地公布處理結果。這不僅不利於發揮行政處罰的公開曝光的威懾力，也不利於對基金投資者予以保護。因為違法行為得不到曝光，基金持有人無法從證券機關收集到必要的證據，導致基金受益人在基金管理人已受行政處罰的情況下也難以進行民事訴訟；而另一方麵，我國行政處罰僅僅是一種消極的事後懲罰，並不考慮製止該行為的繼續發生。因此，鑒於禁止令訴訟的公開性及事前預防性可以最大限度的保護基金投資者的權益並最大限度的約束基金管理人，我國基金立法應當借鑒美國的禁止令訴訟製度，以改善我國行政主管機關———證監會對證券投資基金的監管。