西奧多·羅斯福總統執政時，司法部對摩根掌管下的北方信托公司提起訴訟並且取得勝利，這讓人們看到《謝爾曼反托拉斯法》並不是做樣子的，美國民眾看到了政府整頓托拉斯的決心。
1908年的總統競選，共和黨候選人威廉·霍華德·塔夫脫獲勝，入主白宮。塔夫脫原是一名律師，早年曾被大資本家譽為精通公司業務的名律師。他做過俄亥俄州高等法院的法官、菲律賓總督和陸軍部長，持有保守的進步主義觀點，一直支持羅斯福的政策。憑借老羅斯福的青睞和以洛克菲勒為首的工業家和金融資本家的支持，他才當選為美國總統。
塔夫脫是一個典型的保守派。老羅斯福很善於處理各種關係，他巧妙地把自己和摩根這樣的華爾街大銀行家的關係隱蔽起來。雖然老羅斯福從一上台開始就對摩根旗下的壟斷公司開刀，但那也不過是做做樣子，是為了阻礙國內反壟斷運動和工人運動的發展。他圓滑的處世手段使他在共和黨中擁有絕對的領導權，能遊刃有餘地調和黨內互相敵對的分子。相比於老羅斯福，塔夫脫的手段顯然嫩了一些，他認為他不必對像摩根這樣的人隱瞞什麼，他要打擊壟斷組織，那他就會下手。
但塔夫脫性格中有一個弱點，就是優柔寡斷，缺乏老道，事事總是要跟國會領袖商議。不久，他便處於共和黨內“反對派”的敵對包圍之中。塔夫脫完全不打算和共和黨的保守派作對，因為這班人是像摩根這樣資本家的真正代表者，而他就是依靠大資本的支持的。在塔夫脫總統任內的頭兩年，共和黨“反對派”如眾議院議長甘農和參議院的老板阿德裏治均勢力大漲。他們公然蔑視民主製度，對爭取自己的正當要求的民眾表示仇恨。
塔夫脫完全依附於反對派的領袖的行為，引起了共和黨人中以拉福萊特為首的集團的憤慨，這一集團代表中西部反抗金融資本壓迫的農民。他們有時和各農業州的民主黨人聯合，結成反對派集團。
1909年，針對《潘恩-阿德裏治關稅法》的問題，共和黨內兩大集團發生了第一次火拚。當時現行的海關稅率助長了托拉斯的進一步發展，使壟斷資本家大發其財。保護稅率使托拉斯得以任意抬高物價，廣大的人民群眾極端不滿，因為他們被迫按壟斷價格來購買工業品。代表西部農業各州的共和黨人要求降低海關稅率。在競選時，塔夫脫曾表示能夠適當降低關稅，減低稅率。因為包括塔夫脫在內的共和黨領袖知道得很清楚，他們如果不走降低關稅這條路，就會失掉城鄉工人和中小資產階級的大量選票。
塔夫脫在其第一次致國會的谘文中說，共和黨必須履行其諾言，對壟斷組織提起調查。在1907年的那場金融危機中，摩根屬下的美國鋼鐵公司收購田納西煤鐵公司事件再次被拿出來說事，摩根遭到了政府的指控。雖然摩根勝訴了，但他遭到了嚴重的打擊。
但是國會依舊抓住這個問題不放手，到1912年，又進行了一次調查，代表國會起訴的是普若委員會，對摩根家族的這場調查也被稱為“金錢信任調查”。
對於經曆過大江大浪的摩根來說，這場調查還不足以使他在出席普若委員會聽證會的前夜輾轉難眠，這個時候，他的幾個合並企業出了麻煩。他出麵組建了一個鐵路公司，壟斷幾家公司和幾條大型鐵路，但實際運營的結果很不好，這個鐵路公司瀕臨破產。他在1902年組織了一個國際商船海員管理公司，這個公司遭到了英國人的抵製，其股票根本沒賣出去，更為嚴重的是，1912年4月14日，白星公司那艘號稱20世紀最豪華的泰坦尼克號郵輪在大西洋撞上了冰山，這次震驚世界的海難造成了1500多人死亡。因為這件事摩根遭到了政治和道義上的雙重危機。