公元1723年(清世宗雍正元年）置沙州所。
公元1725年(清雍正三年）置沙州衛，從甘肅五十六州縣移民2405戶，原臨洮知府白訥建築沙州城。
公元1726年(清雍正四年）川陝總督嶽鍾琪巡邊至沙州，派漢興道尤汶督理沙州屯田。公元1727年(清雍正五年）光祿少卿汪隆到敦煌，修官署，建兵房，擴建關廂城，置三堡。公元1731年(請雍正九年）沙州衛守備趙在熊督率戶民，續修新城。
公元1737年(清高宗乾隆二年）撰成《重修肅州新誌》並刊刻。內有《沙州衛誌》二冊。
公元1760年(清乾隆二十五年）改沙州衛為敦煌縣，隸安西同知。置沙州巡防營，隸肅州鎮，設參將統領。
公元1819年(清仁宗嘉慶二十四年）著名史地學家徐鬆考察敦煌莫高窟。
公元1821年(清宜宗道光元年）徐鬆把其在敦煌莫高窟考察研究成果載入《西域水道記》第五卷。
公元1829年(清道光九年）縣教諭曾誠纂成《敦煌縣誌》四卷。
公元1854年(清文宗鹹豐四年）青海黑番數百人至敦煌縣，兵民合禦之，民眾騾馬財物被大掠而去。
公元1865年(清穆宗同治四年）敦煌回民暴動未遂，分赴酒泉、新疆而去。
公元1869年(清同治八年）敦煌牛瘟傳染慘烈，死者十之六七。
公元1870年(清同治九年）白喉症傳染敦煌，患者九死一生，牛瘟再起，十患九死。
清廷調運軍糧至新疆，安西、敦煌、玉門三縣駝馬皆空，民不堪其苦。
公元1873年(清同治十二年）白彥虎率兵萬餘人圍攻敦煌。左宗棠督戰肅州，城破，敦煌撤圍，彥虎竄新疆。
公元1874年(清同治十三年）陝甘總督左宗棠派員到敦煌修築倉廒。
公元1877年(清徳宗光緒三年）左宗棠整頓酒泉書院。
公元1879年(清光緒五年）匈牙利地理學會會長洛克齊，偕斯尼希地質考察至敦煌，莫高窟藝術被外國人窺探。
公元1896年(清光緒二十二年）西寧劉四福至敦煌，萬餘人與官軍交戰，大敗，餘部敗逃羅布淖爾。
公元1900年(清光緒二六年）敦煌莫高窟道士王圓籙發現藏經洞。（又有1899年、1901年、1903年發現之說。）1902年(清光緒二八年）在德國漢堡舉行國際東方學會議，洛克齊向英、德、法、俄等國學者報告了敦煌莫高窟佛教藝術的宏麗、精美，引起與會學者注意。
1904年(消光緒三十年）甘肅省政府下令石室秘籍就地封存。”
1905年(消光緒三一年）俄國奧布魯切夫探險隊來敦煌騙取文獻文物，盜運出國。
1907年(消光緒三十三年）英國斯坦因探險叭來敦煌，騙取大量文獻文物，盜運出國。1908年(請光緒三四年）法國伯希和探險隊來敦煌，騙取大量文獻文物，盜運出國。
1909年(請溥儀宣統元年）伯希和在北京公開展示部分敦煌文獻文物。
羅振玉發表中國學者最早的敦煌學論文《敦煌石室書目及其發現之原始》，蔣斧編印《沙州文錄》，收入少量敦煌遺書。
敦煌縣人呂鍾、朱永鎮考中拔貢生。
1910年(清宜統二年）敦煌知縣奉命將莫高窟文書經卷文物移送北平。
敦煌喉症患者十九不治，死二千餘人。
1911年(清宣統三年）日本人桔瑞超、吉川小一郎等潛來敦煌，盜走莫高窟文獻文物大批。
北平存古學會輯錄的《石室秘寶》，首次刊載了敦煌遺書的原件照片。
1912年（中華民國元年）敦煌抗糧鬥爭首領張鑒銘、李正貴等大赦出獄，謝文等死於獄中。
1914年（中華民國3年）英國人斯坦因再次來敦煌，從莫高窟盜走經卷約六百卷。俄國奧爾坦布魯克探險隊盜走經卷一批。
民國政府捕殺哥老會。
1919年(中華民國8年）北京政府教育部派員至敦煌，尋求唐僧所譯經卷。
1920(中華民國9年）甘肅省教育廳會同敦煌縣政府，淸理地方文獻。從莫高窟第17窟內清理出藏文經卷19捆，帶夾板經書11打。