忍者最後的實戰
德川幕府在接到島原—天草農民起義的消息後，急派板倉重昌為幕府專使，赴九州鎮壓起義軍。天草起義軍得消息後，全麵退居原城。板倉到達九州後，對起義軍發動兩次進攻均以失敗告終。因此幕府再派鬆平信綱前往九州督戰。獲知此消息後，板倉深感幕府對自己不信任。寬永十五年的元旦，在鬆平信綱到達九州之前，焦慮的板倉對原城起義軍發動了進攻。在原城天草起義軍的奮力抗戰下，板倉軍隊大敗，板倉重昌本人也在這次戰鬥中戰死。
鬆平信綱到達九州後，麵對天草起義軍堅守的固若金湯的島原城，吸取板倉重昌的教訓，將戰術改變為圍城，準備以逸待勞。共集結12萬大軍以海陸兩麵包圍原城，準備等待城中彈盡糧絕後起義軍自動瓦解。與此同時，鬆平信綱還請求荷蘭人戰艦協助炮擊原城。炮擊雖然因為很多人處於麵子考慮反對外國人幫助而馬上告終，但這對於原城破壞並不大的炮擊，仍然在心理上給予了天草起義軍巨大的恐慌和壓力。在這種狀況下，忍者出動了……
與鬆平信綱一同鎮壓島原之亂的眾大將中，除了戰國名將立花宗茂、黑田長政之子黑田忠之等大名之外，還有時任江戶幕府大目付的中根正盛。中根正盛，正是服部半藏正重的叔父，據傳他本身就是一名忍者。鬆平信綱采取以逸待勞的戰術，就必須對原城的糧草裝備的供給了如指掌。於是，中根正盛派出手下20餘名甲賀忍者潛入原城，探得了原城內部重要的補給情報。就這樣，忍者又一次完美地將“用間”策略的藝術應用在戰場，讓幕府軍隊做到了“知己知彼、百戰百勝”。而又據傳說，甲賀忍者在潛入探聽內情期間，還通過陽忍的策略，成功招降了一個名叫山田右衛門作的教徒。之後成為幕府眼線的山田右衛門作通過弓箭傳信，又陸續向幕府軍隊提供了許多情報。雖然對甲賀忍者是否真的說服山田右衛門作並沒有具體的記載，尚且不能確認其真實性，但一個虔誠的天主教徒為何背叛了天草起義軍，也實在不能不讓人浮想聯翩。
經過長期的圍城，天草起義軍的糧草越來越少。幕府軍又向原城方麵送去了天草四郎的母親與姐妹的勸告投降的書信，但起義軍撕毀書信，拒絕投降。鬆平信綱之後又多次對城中的補給形勢進行刺探，得知原城已經接近彈盡糧絕。在這樣的情況下，基於長時間不能攻克天草起義軍必會影響德川幕府的威信，鬆平信綱下令在2月28日對天草起義軍進行總攻擊。最終在幕府軍壓倒式的攻擊下，起義軍大敗，天草四郎時貞的父親益田好次戰死，原城被破。
幕府軍攻破原城後，生擒了天草四郎時貞，並將天草四郎時貞和其他被俘獲的男女老少全部共37000人一同處以斬首極刑。生還者隻剩下了那個傳說被忍者說服的山田作右衛門一個人。之後天草四郎時貞的首級被送往長崎，原城城堡後被幕府軍隊徹底破壞。
至此，曆時一年的島原之亂終於結束。幕府軍陣亡8000餘人，天草起義軍近4萬人全軍覆沒。
這就是忍者在德川幕府滅亡之前的最後一次內戰中的表現，但忍者並沒有因為這次戰爭中的出色表現而一直繼續燦爛下去。在島原之亂之後，德川幕府懷疑西方傳教士與起義有關，於是驅逐葡萄牙商人，更加嚴格禁絕天主教，並采取鎖國政策。另外，幕府還更加強化了本已十分苛刻的禁絕武器與階層界定的政策。當時第三代將軍德川家光在島原之亂之後頒布了《慶安禦觸書》，規定農民不準抽煙、喝茶，衣服要用木棉製作，要生活儉樸，要交規定的年貢等，確保了江戶幕府的財政收入來源和對農民的控製，更加確保德川幕府政局與社會的穩定。之後，島原藩主鬆倉勝家因為島原之亂一事而被幕府問罪，最後被斬首。此後到18世紀中期，日本本土再也沒有發生大規模的戰爭。忍者隨即也再一次消失在黑暗中……
在島原之亂中，還有這樣一段逸事。日本廣為人知的大劍豪宮本武藏也參加了幕府軍針對天草起義軍的鎮壓。宮本武藏作為小倉城主小笠原忠真的客將，與忠真的外甥中津城城主小笠原長次一同參戰。在島原之亂後，一代劍豪宮本武藏寫給延岡城主有馬直純的書信中，有著這樣的一句話——“我不會再被石頭打到了”。由這封書信記錄可以得知，宮本武藏當時竟然被天草起義軍投石擊中而負傷。一代劍豪都如此，就可見當時天草起義軍的勇猛彪悍了。
或許，不論在任何環境都能夠淡定自若、行動自如的，也隻有把戰鬥當作人生唯一追求的忍者了。
改變日本與忍者命運的黑船來航
在日本神奈川縣橫須賀市的久裏濱，有這樣一座公園。在這座公園裏，有著前日本首相伊藤博文親筆手書的紀念碑。每年這座公園還有許多民間自發組織的活動，這個紀念表演活動，被成為“黑船祭”。