德川家康自己也曾表示：“統治農民最好是令他們餓不死又飽不了。”正是德川幕府頒布的這些政策，加強了社會的穩定，將一切叛亂和起義的可能性從根源上抹殺掉。
忍者原來的出身就是農民或手工業者，重農輕商與階級界限，使大多數的忍者回歸農民或手工業者。而剩下的一小部分忍者就步入了早期的警察與特工之路。但隨著社會逐漸步入穩定，這一小部分身懷絕藝的忍者們，也就逐漸失去了“用間”的作用，從曆史上逐漸淡出了。
（第二節）忍者的謝幕演出——最後的任務
當西邊的太陽快要落山時，由於日落時的光線反射，天空會短時間發亮，然後迅速進入黑暗，這種自然現象被稱為回光返照。這種很奇妙的現象在各個方麵都有表現，而不僅僅是一種自然現象。江戶時代逐漸消亡的忍者，也是如此。
忍者，這一在戰國時代獨領風騷、活躍異常的特殊兵種族群，終究也會隨時代發展而消亡。發生在江戶時代的1637年島原之亂與1853年黑船來航，正是忍者這一舊事物在滅亡前表麵上的短暫繁榮。
同時，這些事件本身也就成為忍者們最後的任務。
德川幕府唯一的內戰——島原之亂
發生在1637—1638年的島原之亂，是日本江戶幕府期間的最著名的一次一揆抗爭。因為這次農民起義中，參加者很多都是天主教徒，所以也被看作一個針對宗教信仰的戰爭。另外此戰也是德川幕府滅亡之前的最後一次內戰。
島原之亂的起因，要從天主教傳入日本說起。天主教自1549年由耶穌會教士方濟各·沙勿略首次傳入日本後，教眾人數發展十分迅速。特別是在九州、京都和江戶地區，信教的民眾最多。而天主教在位於九州東南的島原的大名小西行長影響下，傳教活動更是頻繁。
在天主教鼎盛發展的同時，其擴張也引起傳統的佛教和神道教的反對。1587年，豐臣秀吉正式驅逐傳教士，宣布天主教是邪教。然而教徒數量並沒有因此受到影響，反而仍然繼續增加，到17世紀初，天主教信眾已達70萬人。這時，正值德川幕府準備統一日本，對天主教一向反感的德川家康更是把信奉天主教的地方諸侯當作特別征討的對象。時間到了1614年，幕府頒布命令，所有人必須棄教。至此，天主教正式為江戶幕府所不容。到了德川家光時期，天主教眾眾多的島原地區，更是被藩主鬆倉重政和其子鬆倉勝家當成重要敵人與鎮壓對象。
除去宗教原因之外，德川幕府本身的重農輕商的政策也是島原之亂發生的誘因之一。特別是第三代將軍德川家光力主閉關鎖國政策，1633年家光下令鎖國，嚴禁一切對外貿易。特別是長崎的禁港，對倚賴對外貿易的島原地區大名是嚴重的經濟影響。於是失去貿易收入的大名，轉向對領地民眾增加稅收來維持收入。然而禍不單行，1634年起，長崎所在的島原地區連續發生天災，更加重了民眾的負擔。
在宗教和經濟的雙重矛盾下，大規模的農民起義——島原之亂終於發生了。
1637年10月，島原的一名農民交不起租，妻子被領主鬆倉勝家的家臣田中宗夫帶人抓走。舊仇新恨加在一起，村民們憤怒了。幾百名村民放火燒毀了田中的家宅。10月15日，島原有馬村又有一個名叫林兵右衛門的藩吏，在探悉有村民供奉天主像後帶手下破門抓人，結果當場被村民殺死。這一係列事件，促使島原與天草地區的信仰天主教的民眾廣泛地響應了這次一揆抗爭，開始殺藩吏、燒寺廟。最終還推選當時年僅16歲的天草四郎時貞為領袖。
天草四郎時貞，又稱天草四郎，本名益田四郎時貞，教名Jerome。父親益田好次是小西行長的家臣，後來時貞被過繼給天草甚兵衛，因而改名天草四郎。天草自小聰穎過人，並且外表英俊秀美。他還是一位虔誠的天主教徒，常在民眾中宣傳“人人皆都平等，並無尊卑之別”的思想，被教民奉為“天童”、“救世主”。曾經有相士說天草“閣下麵相尊貴，本應掌握天下，隻可惜生在德川時代，難成大事”。
就這樣，“本應掌握天下”的天草四郎在父親益田好次的協助下，率領37000餘名來自島原和天草的天主教徒發動了這場起義，占領島原半島南部的原城，於城上豎立起十字架，掛上畫有十字架和聖像的旗幟。並擊敗了前來鎮壓的3000餘人的武士軍隊，包圍了鬆倉家所躲藏的富岡城，正式向德川幕府宣戰。