哈密市的地下水超量開采，在某些超采區地下水位以每年0.5—1米的速度持續下降，水資源的缺乏已成為製約哈密地區發展新型工業化的重要因素。另外，用水結構極不合理，存在低產出、低效益行業消耗水的比例高，高效益、高產出行業用水比例低的問題。近年來圍繞地區優勢資源轉換戰略和新型工業化建設，在水資源的優化配置和加強水資源承載能力等問題上加強了研究和論證工作，通過調整用水結構，優化水資源配置，將用水向高附加值產業傾斜，取得了積極的效果，供水結構比例農業、工業、生活、生態用水也由2006年88.1∶
2.6∶
5.4∶
3.9調整為84∶
4.2∶
6.1∶
5.7，逐步實施“定額管理、總量控製”，並通過新修峽溝水庫、射月溝水庫等水利工程，以保證工業用水，但總體用水緊缺的矛盾依然存在。
（二）交通運輸能力緊張在鐵路運輸方麵，自2005年3月全國鐵路管理體製改革後，原哈密鐵路分局撤銷，鐵路運輸權限統一由烏魯木齊鐵路局管理，極大地削弱了地方政府協調鐵路運輸的綜合能力。根據國家重點物資鐵路運輸計劃，哈密地區除煤以外，其他資源型產品及農副產品都不屬國家重點物資，不列入鐵路運輸計劃。
2007年，根據地區經濟運行調控目標和企業的生產經營計劃安排，預計地區各工業企業產量達到1005.7萬噸。但麵對2006年全年哈密區域地產品鐵路運輸總量僅472.8萬噸的現實，哈密地區計劃2007年出疆鐵路地產品量僅為674.35萬噸。目前，哈密地區的鐵路運輸計劃遠遠不能滿足企業的鐵路運輸需求。在航空運輸方麵，哈密地區正積極籌備機場複航，為進出哈密旅客及物資提供便捷、高效、快速的空中運輸通道，促進和帶動哈密地區相關產業發展，提高對外開放水平。根據國家發改委、總參謀部關於哈密機場複航改擴建工程可行性研究報告的批複、民航新疆管理局和自治區發改委關於哈密機場複航改擴建工程初步設計及概算的批複以及航站樓實際概算（航站樓建設麵積調整為4800平方米），工程投資達17247萬元。其中，安排中央預算內國債資金3820萬元，民航專項基金6000萬元，哈密地區自籌資金7427萬元。此外，根據蘭州軍區空軍和新疆維吾爾自治區人民政府簽訂的《新疆維吾爾自治區人民政府申請國家投資改擴建空軍哈密機場協議》，結合倡導建設的實際情況，地方政府額外還要支付900萬元，用於部隊軍航燈光的恢複，轉場駐訓費用補助和民航用地補償，地方配套資金落實的壓力很大。在道路交通方麵，新疆遠離國內大市場，目前陸路隻有蘭新鐵路和312國道，現有運力已不能滿足當前需求，運輸“瓶頸”問題日益凸顯，嚴重製約了當地經濟社會的進一步發展。
（三）礦藏資源勘探投入不足哈密地區豐富的礦藏資源和相對優越的地緣優勢，為哈密地區大力實施優勢資源轉換戰略和工業強區戰略提供了得天獨厚的條件。但由於曆史和政策原因，對資源的勘探投入嚴重不足，許多礦產勘查程度不高。截至2006年12月底，哈密地區共設置探礦權498個，勘查麵積11594.97平方公裏。按勘查項目階段劃分：預查勘查項目61個，占項目總數的12.25%；普查勘查項目432個，占項目總數的86.75%；詳查勘查項目2個，占項目總數的0.4%；而勘探項目僅3個，占項目總數的0.6%。
2006年，全地區各類地勘投入資金僅
1.43億元，占全疆地勘投入的14.4%。勘探投入不足導致家底不清、儲量不明，在需要時無實質性材料進行招商引資。
（四）管理、技術人才緊缺新型工業化建設需要大量的人才做支撐，但目前哈密地區人才奇缺，尤其缺少工業經濟方麵的專業人才和高級管理人才。全地區專業技術人員中，工程技術人員隻占11%。目前這一矛盾在各企業相當突出，普遍感到在人才交流會上也很難招到合適的技術人才。同時交通、國土、發展計劃、經貿、建設等一些經濟綜合部門也感到缺乏既懂專業又懂管理的人才，以致影響了一些工作的開展。此外，人才隊伍中理論型的人才多，諳熟實踐、善於解決生產難題的人才少。這在地區農牧係統中表現得特別突出。例如地區育種站有技術人員20多人，能搞業務的隻有7—8人；動檢站有40多人，能搞業務的隻有10人左右，全地區有獸醫200多人，隻有20%—30%的人員能獨立進行科技服務。人才結構不合理已嚴重阻礙了哈密地區新型工業化進程的推進。