曾國藩麵對太平軍在蘇、滬、杭和寧國、江西、廬州以及撚軍苗沛霖在穎、壽地區發動的強大攻勢，與曾國荃商量進軍策略。曾國荃說“隻有急搗南京，迫使敵軍以全力四救，而後才能進圖蘇、杭。”曾國藩很同意弟弟的意見，於是把攻南京的任務交給了曾國荃，把浙江方麵的常務委托給了左宗棠，而把江蘇交給了李鴻章。李鴻章原出於曾國藩門下，最先以編修任幕僚，後改為道員；這時，曾國藩命他重新招募，另成一軍，並挑選出了部分的將領去協助他。李鴻章由此而組建起的部隊，即後來所謂的“淮軍”。同治元年（公元1862年），曾國藩升任協辦大學士。所有各地止在同太平軍作戰的部隊，例如曾國荃攻南京，李鴻章征蘇、滬，楊載福和彭玉麟的水師，多隆阿取廬州，李續宜援穎州，鮑超攻寧國，張運蘭防衛徽州，以及左宗棠計劃收複浙江，十道並出，全部隸屬於曾國藩。太平天國之所以最後歸於敗亡，除了其他因素外，曾國藩確實起了很重要的作用。
但此時南京的防禦還是夠堅強的，工事很完善，糧食軍械也充足。要想拿下南京，不是一件很容易就能辦到的事情，而官軍又普遍流行疾疫，將士死亡後屍體堆積如山，部隊幾乎失去了戰鬥能力。曾國藩膽戰心驚，主動請求朝廷另派大員前來主持軍事，以便分擔責任。朝廷下詔慰勉他說：“天災流行，哪裏能說是你的罪責？那也許是由於朝政諸多缺失所致吧。我君臣隻有祈禱上天，力圖挽救，為民請命就是了。環顧中外大臣，才力氣量誰能趕得上你呀！時勢艱難，你不要懈怠，好好的繼續幹下去吧。”曾國藩接詔後，感動得五體投地，一邊讀著，一邊哭著。洪秀全因被圍困日久，征召李秀成，李世賢救援南京，號稱六十萬人，圍困了雨花台的官軍。曾國荃頑強應戰，雙方連續激戰達六十四日之久；最後，太平軍撤退。
三年五月，南京城外官軍形成合圍；十月，李鴻章攻克蘇州；四年二月，左宗棠攻克杭州；曾國藩命李鴻章也來參加攻南京，李鴻章尚未來得及出發，南京已被曾國荃攻破。清朝大加褒獎，曾國藩加太子太傅，封一等毅勇侯，清代自開國以來以文臣而封侯的他是第一人。
東南局麵初告穩定，清朝廷的注意力轉向鎮壓撚軍，僧格林沁被擊斃於曹州後，立即下詔命令曾國藩趕赴山東，並節製直隸、山東、河南三省，而以李鴻章接任兩江總督。曾國藩上疏朝廷說：“我原有的部隊以裁撤殆盡，要想招募一支騎兵和在黃河建立水師，都不是一早一晚就能完成得了的。直隸應當自行設防，分守河岸，不宜令河南軍隊兼顧河北。像僧格林沁那樣，帶著軍隊在五個省轉來轉去，我沒有他那個本事。我如果以徐州為老營，隻能負責山東、河南、江蘇、安徽臨近的十三府州，其他地方仍應由各省督撫負責。”又說：“如今賊（撚軍）已形成流寇，倘若他流我亦流，必然跑斷腿也跑不過來。所以我一貫主張以有定之兵，製無定之寇，重迎剿，不重尾追。”很顯然，曾國藩鎮壓撚軍的戰略思想，大不同於僧格林沁，但他督師一年多後，撚軍仍在各地馳突如故。朝臣們責難曾國藩計謀迂腐，議論頗多，不過又誰也提不出什麼更好的辦法來。山東、河南官紳對曾國藩以督兵大臣而安坐徐州無所作為，更為反感“謗議盈路”。曾國藩亦自知奉命鎮壓撚軍而未能取得什麼成績，不好交代，於是主動請求朝廷讓李昌駐徐州，與山東巡撫負責東路；曾國荃駐襄陽，與河南巡撫負責西路，他自己駐周家口，各方策應。這時，又有人劾奏曾國藩、說他驕傲狂妄。曾國藩頓覺權勢地位是貪戀不得的，憂讒畏譏之心更重了，便借口有病，告假數月，主動請求免去職務，削奪侯爵，隻讓他以閑散人員留在軍隊裏為國效力，但朝廷沒有答應。
1865年5月，曾國藩奉命督辦直隸（約今河北）、山東、河南三省軍務，鎮壓撚軍。他駐營徐州，先後采取重點設防，憑河築堵，查辦民圩的方略，企圖在黃河、淮河之間，運河以西、海河、賈魯河以東的區域殲滅撚軍。因師久無功，次年冬清廷改派李鴻章接替，命其回兩江總督本任。1867年，調任直隸總督。1870年6月，天津發生教案，奉命前往查辦，屈從法國勢力，處決、遣戌官民數十人，受到社會輿論譴責。9月，仍還任兩江總督。
第二年，東、西兩支撚軍先後敗亡，曾國藩被授予英武殿大學士銜，調任直隸總督。其時朝臣們議論，為了抵禦外辱，應多購機輪船械，曾國藩都表示讚成，並曾建議選派留學生到歐洲去學習技藝。每同外國訂立條約，朝廷向他征求意見，他總是說，凡是同我爭論空虛禮儀沒什麼實際意義的事，都可以答應；隻要是影響到我國人民生計的事情，就決不能答應。他在直隸時，把練兵、治河和整頓約事官吏作為三大要務，次第興革，並設置了清訟局、禮賢館。
九年四月，天津人民擊殺了法國領事豐大業，焚毀教堂，傷教民數十人。通商大臣崇厚準備嚴懲治以取媚外國，引起人民極大憤怒。曾國藩當時正在害眼病，奉命趕赴天津，殺了七人，並遺戌了（流放）府縣官吏。（按：這次事件後來被人們稱之為“天津教案”，其具體過程是這樣的：鹹豐十年，英、法侵略者強迫清朝廷簽定《北條約》後，法國天主教傳教士在天津望海樓設立教堂，吸收地痞流氓入教，並強占土地，拐賣人口。同治九年，市民因發現教堂主辦的育嬰堂虐待兒童致死多達數十人，自動聚集起來到教堂說理。法國領事豐大業與北洋大臣崇厚會晤時，公然開槍恫嚇；並曾向天津知縣劉傑開槍，擊傷一名隨從。群眾怒不可遏，因而打死了豐大業，焚毀了英、法、美教堂和法國領事館。事件發生後，英、法、美等七國軍艦集結於煙台，以武力相威脅。最後以曾國藩和李鴻章協同辦理，他們完全屈服於外國侵略者，不但派崇厚去向法國道歉，還將天津知府和知縣革職充軍，懲辦愛國人民，殺害二十人，充軍二十五人，並賠款修建教堂。）
在曾國藩初抵天津時，天津市民滿以為他會糾正崇厚的錯誤做法，備兵以抗敵，誰知他卻作了那樣的處理，因而使市民群眾大失所望，怨聲載道，就連他的老友舊交，也紛紛寫信給他，給予嚴厲的譴責。省館過去曾張貼著曾圍藩書寫的對聯，這時，大家也把它撕毀掉了。曾國藩本就已經生病了，經過這樣一件事後，“既負重謗”，於是病情加重；朝廷將他調回江南，而以李鴻章繼任直隸總督。
在鎮壓農民起義的過程中，曾國藩重視采用外國軍火，主張“師夷智以造炮製船”1861年，設立安慶軍械所，製造“洋槍洋炮”，後來又試製小火輪船。1863年，造成“黃鶴”號輪船，並派容閎赴美國購買機器。1865至1866年，與李鴻章在上海創辦江南製造總局等軍事工業。後來之積極籌措經費，派譴學童赴美留學，成為清末興辦洋務事業的首創者。曾國藩居官治軍尤重整飭吏治、端正人心，曾作文勸戒州縣：明刑法以清訟，重農事以厚生，崇節儉以養廉，江南任內，在江西、江蘇、安徽等省實行減賦、緩征、免征；從太平天國手中重新占領安慶、蕪湖、南京等地後，即籌複書院、課試土子，對緩和社會矛盾，穩定統治秩序起了重要作用。
曾國藩畢生服膺程朱理學，又主張兼取各家之長，認為義理、考據、經濟、辭章四者不可缺一，但始終將理學放在首要地位。於古文、詩詞也很有造詣，被奉為桐城派後期領袖。
1872年3月在南京病卒。終年61歲。朝廷贈太傅，諡文正。後人輯其所著詩、文、奏章、批牘等為《曾文正公全集》。又有影印《曾文正公手書日記》行世。近年來有《曾國藩全集·家書》出版流行。
【評點解析】
曾國藩是中國近代史上權位顯赫，作用甚大，很有影響的人物，又是一個複雜的人物，近代中國人尤其湖南人，從權貴政要、誌士仁人到青年學子，大多佩服曾國藩，佩服其治學為人和帶兵做事。從李鴻章、張之洞到袁世凱、蔣介石，無不對之頂禮膜拜，尊為“聖哲”；從梁啟超到楊昌濟，從陳獨秀到毛澤東，也無不表示過推崇師法，受過其人的種種影響。
毛澤東受曾國藩的影響，是少年就開始了。他的外婆家在湘鄉，他8歲以前一直住在外婆家，16歲時又在湘鄉東山高小讀過半年書。曾國藩就是湘鄉人。曾國藩以一介書生，危難之際舉兵桑梓，率三湘子弟轉戰半個中國，最終戰勝太平軍，成“同治中興”之名將，死後得到“文正公”這一諡號。清政府稱他“學有來源，器成遠大，忠誠體國，節勁淩霜”。曾國藩平生著述甚豐，繼承程朱之學，為當時人奉為“立德、立言、立功”之楷模。他的著作收入《曾文正公全集》，這部書對後世的影響之大，遠遠超過他的“政績”，所謂“道德文章冠冕一代”，因此他又被稱為中國封建統治階級的最後一尊精神偶像。這一切，對青少年時代的毛澤東不能不有著極大的影響。作為毛澤東的同鄉，曾國藩於他也可能有某種親切感。而曾國藩並“聖賢”（修養）“豪傑”（事功）於一身，容易引起青少年的崇拜。
早在湘鄉東山學堂讀書時，毛澤東就批讀過《曾文正公全集》。現韶山毛主席紀念館尚收藏有清光緒年間傳忠書局木刻本《曾文正全集·家書》的第4、6、7、9卷，每卷的扉頁都有毛澤東手書的“詠芝珍藏”。